Резиденты являлись руководителями небольших шпионских групп, рядовыми участниками которых были китайцы и корейцы. Их вербовали из числа местных бедняков, готовых на трудную и опасную работу за самое грошовое вознаграждение, которое, однако, порой спасало их семьи от угрозы голодной смерти. Японская военная разведка всячески поощряла инициативу и самостоятельность в действиях своих резидентов.
Широко использовалась японскими шпионами беспечность, некомпетентность да и продажность некоторых царских чиновников и офицеров. При этом к началу русско-японской войны противник России имел хорошо подготовленные кадры военных разведчиков и широкую шпионскую сеть. Поэтому всюду, куда вступали японские войска, они находили своих людей, знакомых с местностью и местными условиями. Но еще большее значение имели, конечно, разведывательные группы, оставшиеся в тылу русской армии.
Это были ячейки, состоящие, как правило, из китайцев. Каждый постоянный шпион обслуживался тремя или четырьмя курьерами, через которых он регулярно посылал сведения японскому командованию. Курьерами были бродячие торговцы и носильщики-кули, неграмотные и часто не понимающие смысла того, что они делают. Очень трудно было выявить таких курьеров среди многочисленных толп носильщиков, мелких розничных торговцев, погонщиков скота, нищих и бродяг, которыми были заполнены города и дороги Маньчжурии.
Для доставки разведывательных донесений применялось множество уловок и ухищрений. Донесения помещали в подошвы, в складки одежды, вплетали в традиционные для мужчин-китайцев косы, вставляли в золотые зубы, прятали в телегах, перевозивших домашнюю утварь, товары, продовольствие.
Японский шпионаж против России не ограничивался только пределами Дальнего Востока. Он активно велся и в европейской части страны. Военную разведку Страны восходящего солнца в первую очередь интересовал Российский императорский флот. Так, например, морской офицер Ясуносуки Ямомото долго служил поваром в портовом городе Одессе, собирая сведения о русской Черноморской эскадре.
В сентябре 1904 года в столичном Санкт-Петербурге были арестованы два японца, мелкие служащие одной коммерческой пароходной кампании – Кензо Камакура и Сейко Акиоши. Они приняли православие, регулярно посещали церковные богослужения, а один из них, Камакура, в день своего ареста предполагал обвенчаться с русской невестой. В ходе следствия выяснилось, что под маской служащих скрывались кадровые морские офицеры, длительное время собиравшие разведывательную информацию о русском Балтийском флоте.
Активно использовались и дипломатические каналы добывания разведывательной информации. Военно-морским атташе посольства Японии в России до 1901 года был опытный разведчик Хиросо, свободно владевший русским языком. Затем он был отозван вице-адмиралом Хейхатиро Того обратно на японский военный флот, где активно участвовал в подготовке его к войне.
С 1902 по 1904 год пост японского военного атташе в России занимал полковник Мотодзиро Акаси, опытный разведчик. На этом поприще он сделал блестящую карьеру, став впоследствии начальником полиции Кореи, а в годы Первой мировой войны являлся заместителем начальника Генерального штаба Японии. Последние годы жизни Акаси прошли на Формозе (Тайване), где он был командующим японскими вооруженными силами и одновременно генерал-губернатором этого острова. Умер он, имея чин полного генерала и баронский титул.
С первых дней появления нового военного атташе посольства Японии в Санкт-Петербурге за ним была установлена слежка, которая в конечном итоге привела к разоблачению опытного разведчика.