Медленно перестраивалась в соответствии с новыми требованиями реальной практики и отечественная военная наука. Русский военный историк Н.Н. Головин писал:
«Научная организация требует не только выдающихся представителей науки – она требует также достаточно высокого уровня социальной среды. Без этого мысли выдающихся ученых уподобляются колесам, не сцепленным с остальным сложным механизмом. Они могут вертеться, но вся работа для данного механизма происходит впустую… Этим и объясняется, что русская военная наука, насчитывавшая в своих рядах многих выдающихся ученых, тоже часто уподоблялась ведущему колесу без сцепления».
Основные силы сухопутной армии в предвидении войны с Германией и Австро-Венгрией российское правительство держало в европейской части страны – у западной и южной границ государства. Военно-морские силы реально наращивались прежде всего в Балтийском море. Вплоть до самого конца XIX века внимание обороне дальневосточных границ почти не уделялось. Наблюдение за побережьем Тихого океана в Приморье в 1895 году вели 2 батальона пехоты и казачья сотня, обеспеченные двумя артиллерийскими батареями.
Лишь после обострения противоречий с Англией в Средней Азии российским Военным ведомством был поднят вопрос об увеличении русских войск на Дальнем Востоке. Поскольку Великобритания в случае войны с Россией могла совершить высадку своих войск в том районе, командовавший Приамурским военным округом генерал А.Н. Корф разработал план мероприятий по укреплению безопасности дальневосточных границ.
Однако этот жизненно необходимый план реализован не был даже частично. В Санкт-Петербурге посчитали, что на Дальнем Востоке «всегда более следует уповать на стойкость наших войск, которым выпадает славная доля показать миру, что русский дух и русская отвага равно сильны как в сердце самой России, так и на далеком востоке Азии».
Необходимость принятия определенных мер по усилению вооруженных сил на Дальнем Востоке наглядно показала японо-китайская война 1894 – 1895 годов. Не желая отправлять кадровые части из Центральной России, Военное министерство начало проводить постепенное усиление войск на Тихоокеанской окраине империи за счет переформирования сил Приамурского военного округа и призыва на службу прежде всего местных запасников.
В результате проведения таких организационных мероприятий на больших пространствах Приамурского военного округа и Квантунского укрепленного района к началу русско-японской войны насчитывалось 68 пехотных батальонов, 35 казачьих сотен и кавалерийских эскадронов, 13 инженерных рот, крепостной пехотный батальон, 5 крепостных инженерных рот, 4, 5 батальона крепостной артиллерии. Эти войска имели на вооружении 120 полевых, 16 горных и 12 конных орудия. Войска Приамурского военного округа перед войной организационно были сведены в 1-й и 2-й Сибирский корпуса.
При 3-й Восточно-Сибирской стрелковой бригаде была сформирована опытная пехотная пулеметная рота, вооруженная восемью пулеметами системы «Максим». Ее штат состоял из 5 офицеров, 98 нижних чинов и 37 лошадей. Первые пулеметы в русской армии перевозились на лошадях и использовались как вооружение крепостей.
Ни количество войск (98 тысяч человек регулярной армии и 24 тысячи человек охранной стражи), ни качество их боевой подготовки не соответствовали времени. В российской столице были озабочены обеспечением безопасности границ в Европе, Дальний же Восток все получал в самую последнюю очередь. Здесь ставка в немалой степени делалась на мощь русских морских крепостей – Порт-Артура и Владивостока. Главную их силу составляла крупнокалиберная артиллерия. Русская крепостная артиллерия состояла из 4 батальонов, крепостной артиллерийской роты и 3 команд.