Автор первого проекта сооружений крепости генерал-лейтенант Конович-Горбацкий считал, что Порт-Артур будет осажден противником в самом начале войны. Он предлагал для защиты города и флота от артиллерийского огня с суши вынести пояс фортов дальше к северу и северо-западу, оставив в расположении крепости командные высоты. Чиновники Военного ведомства, рассматривая проект, не согласились с ним. Свое несогласие они мотивировали тем, что удлинение линии фортов потребует много орудий и больших материальных затрат на фортификационные работы.
В итоге был утвержден более дешевый проект, подготовленный военным инженером полковником Величко. По этому проекту на приморском фронте протяженностью до 9 километров намечалось построить 27 батарей долговременного типа, а на сухопутном фронте протяженностью до 22 километров – 8 фортов, 9 укреплений, 6 долговременных батарей и 8 редутов. На вооружении в крепости намечалось иметь 552 орудия различных калибров и 48 пулеметов.
«Экономические соображения» полковника инженерных войск Величко, получившие одобрение российского Военного ведомства и утвержденные императором Николаем II, привели к заметному уменьшению толщины перекрытий бетонных сводов погребов боеприпасов до 1,5 метра, убежищ для гарнизонов фортов и крепостных укреплений – до 0,9 метра. При этом Величко и его прямое начальство исходили из того, что у противника никак не могло быть осадных орудий калибром более 122 миллиметров.
Фортификационные сооружения Порт-Артура строились чрезвычайно медленно. К тому же во главе строительства крепости оказались люди нечестные, привлеченные впоследствии за финансовые злоупотребления к уголовной ответственности. К началу войны на приморском фронте было возведено всего 9 батарей долговременного типа и 12 временных. Хуже обстояло дело на сухопутном фронте крепости: там был построен лишь один форт, 3 временных укрепления и 3 литерные батареи. В постройке находились 3 форта, литерная батарея и несколько других, менее значительных укреплений. Сооружение других фортификационных объектов даже не начиналось.
Неблагополучным было и положение дел с вооружением крепости артиллерией. К февралю 1904 года крепость имела 116 орудий. Из них на морском направлении было установлено 108 орудий, а на сухопутном фронте только 8.
Приморские батареи Порт-Артура проектировались и строились военными инженерами, далекими от флота. В итоге большинство бетонированных сооружений оказались не приспособленными для борьбы с вражеским броненосным флотом. В этих, стоивших миллионы рублей, крепостных сооружениях размещалась, как правило, устаревшая артиллерия. У орудий, установленных на приморском фронте, дальнобойность были меньше, чем у новых японских корабельных систем, а скорострельность не превышала одного выстрела в три минуты. Крепостные батареи располагались открыто и являлись прекрасной мишенью для корабельной артиллерии противника.
Летом 1903 года российский военный министр А.Н. Куропаткин инспектировал войска Дальнего Востока. Он тщательно познакомился с оборонительными сооружениями Порт-Артурской морской крепости. По возвращению в Санкт-Петербург в докладе императору Николаю II генерал от инфантерии писал:
«Укрепления Порт-Артура приходят к концу и сделают его при достаточном гарнизоне и запасах неприступным с моря и с суши. Гарнизон Квантуна усилился в значительной степени. Ныне можно не тревожиться, если даже большая часть, например, японской армии обрушится на Порт-Артур. Мы имеем силы и средства отстоять Порт-Артур, даже борясь один против 5 – 10 врагов…
Дальнейшие работы дадут возможность найти безопасное убежище всей нашей Тихоокеанской эскадре. Уже и ныне эта эскадра может смело мерить свои силы со всем флотом Японии с надеждою на полный успех.