И всё же на помощь снова пришло партийное руководство. Конечно, организаторы ГКЧП ставили перед собой задачи, никак не связанные с футболом, хотя и в их рядах наверняка были футбольные болельщики. Но так уж получилось, что события августа 1991 года привели к развалу СССР – об этом бывшие партийные руководители трёх союзных республик договорились в Беловежской пуще. Большинство жителей страны не ждали от этого решения ничего хорошего, а вот «Зениту» повезло – чемпионат СССР приказал долго жить, динамовские команды Минска, Киева и Тбилиси стали чужаками, как и ташкентский «Пахтакор» с ереванским «Араратом». И вот «Зенит» вместо того, чтобы оказаться во второй лиге СССР, получил право выступать в высшей лиге чемпионата России, впрочем, как оказалось, ненадолго.
Дело в том, что по мере ухудшения финансового положения страны нищали и футбольные команды – кому-то удалось найти поддержку в частных структурах, а вот руководство «Зенита» не сумело найти спонсора. Команду покинули опытные игроки, и она на три года обосновалась в первой лиге. Только после того, как появился благодетель в лице пивоваренной компании «Балтика», команда нашла в себе силы вернуться в высшую лигу.
Появление спонсора не принесло успеха в борьбе за медали чемпионата, однако «Зениту» удалось завоевать Кубок страны, победив в финальном матче московское «Динамо». Матч проходил на стадионе в Лужниках, но вот зигзаг судьбы – в составе «Зенита» выступал бывший капитан «Динамо» Андрей Кобелев, а в составе «Динамо» – воспитанник петербургского футбола Владислав Радимов.
Символично, что становление команды, которая радовала питерских болельщиков в течение последующих нескольких лет, началось в новом тысячелетии. В 2000 году в «Зенит» возвратился Юрий Морозов, а затем пришли молодые талантливые игроки, воспитанники питерского футбола. В том же 2000 году – Андрей Аршавин, в 2001 году – Александр Кержаков, в 2002 году – Владимир Быстров. Эти игроки позже стали лидерами атак команды и без них невозможно представить себе достижения «Зенита» тех лет. В 2000 году «Зенит» занял седьмое место, в следующем завоевал бронзовые медали, а Кержаков был признан лучшим молодым игроком России. Ещё через год практически полновластным владельцем клуба стало ЗАО «Банкирский дом "Санкт-Петербург" – как ни крути, но без рачительного хозяина ни один футбольный клуб не сможет существовать в нынешние времена.
В 2003 году по инициативе Виталия Мутко главным тренером команды был назначен Властимил Петржела – с собой он привёз пять чешских и словацких игроков. Однако эффект от такого обновления команды никак не соответствовал надеждам руководства и владельцев клуба – 10 мая команда потерпела сокрушительное поражение от московского «Динамо» со счётом 1:7. Пришлось ввести в состав молодых футболистов – помимо Аршавина, Кержакова и Быстрова на поле вышел Игорь Денисов. Результат не замедлил себя ждать – в том сезоне команда завоевала «серебро». Впрочем, в 2004 году «Зенит» занял лишь четвёртое место, но это тоже неплохо для кардинально обновлённой команды. Лучшим бомбардиром чемпионата России стал Кержаков, забивший в ворота соперников восемнадцать мячей.
К сожалению, у Быстрова не сложились отношения с главным тренером, поэтому пришлось лучшему молодому игроку России перейти в стан принципиального соперника «Зенита», в московский «Спартак». Сам Быстров объяснил свой уход тем, что Петржела «проводит целенаправленную политику выживания из клуба российских футболистов». В «Спартаке» мог оказаться и Аршавин, но, к счастью для «Зенита», не сбылось. Вот до чего доводят конфликты с главным тренером – хорошая команда рискует развалиться из-за чьих-то амбиций или обид, а в результате моральные потери понесут тысячи болельщиков. В 2004 Аршавин получил титул лучшего ассистента чемпионата России, разделив его с Дмитрием Лоськовым из «Локомотива» – оба сделали по шестнадцать голевых передач.
В сезоне 2005 года «Зенит» смог занять только шестое место, но зато осенью того же года произошло знаменательное событие – контрольный пакет акций футбольного клуба «Зенит» приобрело ОАО «Газпром», могучая, несокрушимая компания, снабжающая газом чуть ли не всю Европу. С этого момента началось восхождение «Зенита» к футбольному Олимпу. Впрочем, новый президент клуба Сергей Фурсенко слегка поторопился с обещаниями, огласив план на ближайшие десять лет:
«За этот срок планируется войти в десятку сильнейших клубов Европы, трижды завоевать Кубок УЕФА, неоднократно выигрывать чемпионат России».
Как известно, скоро сказка сказывается, да не скоро дело делается. В 2006 году «Зенит» занял только четвёртое место, но к достижениям клуба можно отнести то, что Аршавин был признан лучшим футболистом года. «Газпром» тут, конечно, ни при чём – его роль свелась к выделению финансовых средств, что позволило клубу предложить Аршавину невиданный при тогдашних российских реалиях контракт на четыре года.
Понятно, что пребывание команды вдали от пьедестала почёта не устраивало ни болельщиков, ни владельцев команды – статусу «Газпрома» в мировой экономической элите соответствовало только «золото» чемпионата. А если к этому добавить неудачное выступление «Зенита» в розыгрыше Кубка УЕФА, вполне логично, что возникли сомнения в возможности успешной реализации плана, озвученного Фурсенко. Требовалось радикальное решение, и на смену Петржеле прибыл голландский тренер Дик Адвокат, до этого времени тренировавший сборную Кореи. Как водится в таких случаях, с новым тренером в команду пришли два корейца и два голландца, а двух чехов продали.
Однако в сезоне 2006 года «Зенит» снова остался без медалей. К неудачам можно отнести и то, что лучший бомбардир команды Кержаков нацелился на испанскую Ла Лигу и по окончании сезона перешёл в «Севилью» – скорее всего, мечтал сыграть за «Барселону», но для этого надо было показать себя во всей красе. Мечты сбылись, но лишь частично – в составе клуба Кержаков завоевал бронзовые медали чемпионата Испании, Кубок Испании и Кубок УЕФА 2006/2007. Увы, желания игрока не всегда соответствуют намерениям тренера, и с приходом в «Севилью» нового наставника Кержаков оказался на скамейке запасных.
А между тем, несмотря на потерю лучшего бомбардира, «Зенит» стал прибавлять в игре. Видимо, руководители «Газпрома» поняли – сейчас или никогда, поскольку вслед за Быстровым и Кержаковым могли уйти Денисов и Аршавин, и тогда бы пришлось заново создавать команду. Удержать лучших игроков помогло бы не только увеличение зарплат, но и реализация поставленной перед командой цели, а для этого требовалось усиление состава. И вот перед началом сезона 2007 года «Газпром» стал скупать лучших игроков России и Украины – пришли Павел Погребняк и Константин Зырянов, пришёл Алехандро Домингес из казанского «Рубина» и капитан донецкого «Шахтёра» Анатолий Тимощук. Стоимость последнего трансфера потрясла спортивную общественность страны – двадцать миллионов долларов! Однако средства, выделенные спонсором, обеспечили нужный результат – «Зенит» стал чемпионом России.
Почувствовав вкус к победам и осознав, что цель вполне оправдывает затраченные средства, владельцы клуба продолжили скупать игроков. В межсезонье состав команды пополнили Томаш Губочан, Роман Широков и Виктор Файзулин, а летом «Зенит» совершил самую громкую покупку тех лет – за тридцать миллионов евро был куплен лучший нападающий «Динамо» Мигель Данни. По сути, «Газпром» обокрал одного из конкурентов в борьбе за медали – добро бы скупал игроков на Украине, но тут ведь получился двойной эффект! Болельщики «Зенита» должны поставить памятник той умной голове, в которой родилось столь остроумное решение – одним росчерком пера в платёжном документе была усилена своя команда, и в то же время ослабленное «Динамо» должно было потерять шансы в борьбе за медали чемпионата. Но это произошло чуть позже, после того, как «Зенит» купил Игоря Семшова, ну а в сезоне 2008 года, несмотря на то, что летом из команды ушёл Данни, «Динамо» завоевало бронзовые медали. Конечно, это достижение не сравнить с успехом питерской команды – в тот год «Зенит» победил в розыгрыше Кубка УЕФА. Но в чемпионате питерцы не смогли порадовать своих болельщиков – команда уступила даже «Динамо», заняв лишь пятое место.