Еще в 1938 году его внезапно, без объяснения причин, отчислили с Высших курсов комсостава при Учебном отряде подводного плавания имени С. М. Кирова, демобилизовали. Он попробовал было наняться в торговый флот - не взяли, видимо, и туда поступило соответствующее указание. Вскоре Маринеско столь же неожиданно вернули в кадры флота, назначили командиром новой лодки, но обида осталась.
...Ночь 1945 года многие балтийские подводники встречали в финском порту Турку. Им своевременно растолковали, что они пребывают на территории страны, еще 4 месяца назад воевавшей с Советским Союзом, поэтому настоятельно рекомендовали быть бдительными, пореже ходить в увольнения и поменьше общаться с местным населением. Но моряки пережили три тяжелых военных года, особенно 1943-й, когда немцы и финны перегородили Финский залив минами и противолодочными сетями, и немало наших субмарин, отправившись в боевой поход, погибало "при невыясненных обстоятельствах". Нелегко было и Маринеско. "Была огромная усталость от непрерывной ответственности и нервного перенапряжения, желание хоть на короткое время отвлечься, отвести душу, кутнуть хорошенько",- писал драматург А. А. Крон, в войну работавший во флотской газете, знавший Маринеско и рассказавший об его одиссее в документальной повести "Капитан дальнего плавания". Маринеско с приятелем отводили душу двое суток... Самовольная отлучка в военное время, да еще в порту недавнего противника, застолье в компании с иностранками грозили трибуналом и в лучшем случае разжалованием и штрафбатом. К счастью, командир дивизиона капитан 1 ранга А. Е. Орел все понял и отправил провинившегося в очередной поход. Он был удачным. Маринеско реабилитировался, но наказания не избежал - снизили награды ему и его подчиненным. Маринеско понимал, что ему припомнили приключение в Турку, но недоумевал: "За что команде скостили, она-то тут причем?"20 апреля 1945 года С-13 вышла в последний поход. На ней находился обеспечивающий контр-адмирал А. М. Стеценко. Обычно обеспечивающего приставляют к неопытному командиру, чтобы помочь тому избежать ошибок и принимать верные решения. Очередная обида... На этот раз С-13 ничего не потопила, поэтому наградили двоих - юнгу медалью, а Стеценко получил орден Нахимова. Им отмечают флотских командиров "за выдающиеся успехи в разработке, проведении и обеспечении морских операций, в результате которых была отражена наступательная операция противника или обеспечены активные операции флота, нанесен врагу значительный урон и сохранены свои собственные силы...".В марте - июле 1945 года пяти командирам-подводникам присвоили звание Героя Советского Союза. Маринеско среди них не было. Видимо, это оказалось решающим, и он, что называется, "пошел в разнос". Однако, как отмечал Крон, "пил и безобразничал уже больной человек. Только этим я объясняю, что Маринеско, всегда верный данному слову, дважды давал командованию и парткомиссии слово исправиться и дважды его не сдерживал".Об очередном проступке командир бригады подводных лодок капитан 1 ранга Л. Курников доложил командующему Балтийским флотом адмиралу В. Ф. Трибуну, провинившегося постановили разжаловать в старшие лейтенанты (то есть вернуть в предвоенное состояние) и назначить помощником командира другой лодки. В ответ вспыливший Маринеско подал рапорт с просьбой уволить его с флота.В тот период он встретился с наркомом ВМФ Н. Г. Кузнецовым, который посоветовал Маринеско прослужить год командиром тральщика и вернуться в подплав. Но тот уже "закусил удила". "Он попал в заколдованный круг, а мы, нужно признаться, не помогли ему из него выбраться, хотя Маринеско это заслужил,- позже с излишней самокритичностью писал Кузнецов,- ведь именно он предложил лучшее в той обстановке решение".