Получив вызов с извещением о зачислении, «шинель снял и в фуфайке поехал» на учебу[13]. В 1946 году в Семинарию было принято 79 учащихся, и среди них будущий архимандрит Кирилл[14]. Отец Кирилл пишет: «Мы занимались в классах Новодевичьего монастыря, в храме. Надо сказать, что обстановка тогда была нелегкая: после войны разруха, была карточная система»[15]. С самого начала обучения Батюшка отличался «скромностью, постоянной молитвой и частым посещением богослужения»[16].
После окончания 1-го класса отец Кирилл находился в Псково-Печерском монастыре (с 27 июня по 27 августа 1947 года), «жил и работал в обители, неся клиросное и общие послушания». Постепенно студент Павлов начинает обращать на себя внимание начальствующих. Один из воспитателей отметил: «Следует сказать о Павлове: он едва ли не единственный пожалел, что на 2-й, 3-й, 5-й и 6-й седмицах (Великого поста) разрешается рыба. По его мнению, трапеза в Семинарии и без того чересчур обильна для поста. В посещении богослужений Павлов может служить примером»[17]. В 1948 году духовная школа сменила место своего пребывания, переместившись из Москвы в Троице-Сергиеву Лавру, и возобновила свою деятельность под кровом Преподобного Сергия[18]. Вскоре, в 1950 году, отец Кирилл окончил Духовную Семинарию, выпуск состоялся 20 июня. Выпускникам вручили аттестаты и Библии, в которых были сделаны памятные записи: «Согласно постановлению Совета Московской Духовной Семинарии, окончивший Семинарию в 1950 году (фамилия, имя) награждается этою Святой Библией для постоянного жизненного руководства и назидания»[19]. Это благопожелание было весьма близко Батюшке, и он пронес его через всю жизнь.
Затем выпускник Семинарии поступил в Московскую Духовную Академию, которую окончил в 1954 году, представив работу «Учение о Таинствах в творениях отцов Церкви III веков христианства». В характеристике выпускника было отмечено: «на протяжении всего времени его занятий в Московских духовных школах был безупречного поведения. Его трудолюбие и прилежание в занятиях, его дружественное, по-товарищески отзывчивое обращение с сокурсниками всегда и всеми отмечались как основные черты его характера». Последний экзамен в Академии был 15 июня, а выпуск 17 июня. Выпускникам была вручена книга «Патриарх Сергий и его духовное наследие»[20].
В день последнего экзамена выпускник Академии пишет прошение наместнику Лавры, архимандриту Пимену (Извекову): «Имея давнее влечение к иноческому образу жизни, я имею сердечное желание в настоящее время после окончания Духовной Академии поступить в обитель Преподобного Сергия и нести все послушания, какие будут на меня возлагаться. Поэтому прошу Вас, о. наместник, принять меня в число послушников братии Троице-Сергиевой Лавры». Вскоре последовало прошение отца наместника на имя Патриарха о пострижении послушника в монашество. Двадцать пятого августа 1954 года архимандритом Пименом выпускник Академии был пострижен в монашество и назван в честь преподобного Кирилла Белоезерского (память 9/22 июня). Так промыслительно монашеские именины отца Кирилла приходились на день начала Великой Отечественной войны. В этом же году осенью, на праздник Преподобного Сергия, митрополит Ростовский и Каменский Вениамин (Федченков) в Успенском соборе рукоположил Батюшку в сан иеродиакона, а 30 ноября епископ Иоанн, Псковский и Порховский (Разумов), в Трапезном храме рукоположил отца Кирилла в сан иеромонаха[21]. В 19541955 годах старец был пономарем в Троицком соборе, затем лаврским кассиром, помощником казначея и, наконец, казначеем Лавры. В 1956 году последовало награждение набедренником, в 1957 году наперсным крестом. Тридцатого октября 1959 года епископ Дмитровский Пимен (Извеков) возвел иеромонаха Кирилла в Трапезном храме Лавры в сан игумена. В 1962 году игумен был награжден крестом с украшением. В 1961 году епископ Афанасий (Сахаров) в письме лаврскому духовнику, архимандриту Феодориту, поздравил двух новых лаврских архимандритов и при этом написал: «Передайте от меня приветствие и всечестному Батюшке игумену Кириллу, которому желаю поскорее уподобиться своим друзьям»[22]. Седьмого октября 1965 года Святейший Патриарх Алексий I возвел отца Кирилла в сан архимандрита.
Личные подвиги приносятся Богу, и они мало известны людям. Епископ Афанасий (Сахаров) писал в 1962 году: «Сказали мне, что очень слабеет отец Кирилл Берегите его и наложите на него строгое послушание: беречь себя, лучше питаться, уменьшить подвиги свои. А Вас прошу, нельзя ли поставить вопрос об освобождении его от всяких нагрузок, особенно нагрузок хозяйственно-административных?»[23]. А в это время начались публичные нападки на отца Кирилла. Один из современных исследователей отмечает, что в «1960-е годы мало кому из епископов удавалось избежать заказной газетной травли»[24]. Это в полной мере коснулось и отца Кирилла. В местной газете «Вперед» во время хрущевских «заморозков», в 19641965 годах, был опубликован ряд клеветнических статей, в которых отец Кирилл публично обвинялся в безнравственном поведении[25]. Во время Великого поста в 1964 году, на Пассии, отец Кирилл произнес проповедь на тему «О необходимости молитвы среди искушений». Говоря о страданиях и крестной смерти Христа Спасителя, он отмечает: «При этом воспоминании само собою возбуждается усердие и пламенение к молитве, возникает сознание необходимости для нас молитвы и уверенность в ее благоуспешности. Необходимость высшей помощи, а вместе и молитвы для испрашивания этой помощи у Бога с наибольшей силой осознается душой христианина, когда он с особой ясностью и живостью представляет, с одной стороны, тяжесть и опасность искушений, посещающих его на пути земной жизни, и особенно в трудные минуты крестоношения, и, с другой стороны, крайнюю немощь нашего обреченного на это крестоношение естества»[26].