Голованов остался верен Верховному до конца своих дней. Не пошел (хотя возможность такая была) на поклон к Н. С. Хрущеву, которого презирал. Получив в 1958 году скромную должность заместителя начальника по летной службе в ГосНИИ Гражданской авиации, Александр Евгеньевич все силы отдавал работе, летал и в 60 лет. Любил родной для него Аэрофлот, в своих воспоминаниях не раз подчеркивал, что именно летчики Гражданского воздушного флота стали поначалу основой АДД.
Но и в ГосНИИ Голованов неугоден, не вписывался в обстановку начинавшегося «застоя» своей богатырской фигурой. С 1966 года на пенсии. Горькими были для полководца те годы. До конца испил он горькую чашу унижения и зависти На приветствие одного из бывших подчиненных фронтовых лет, ставшего генералом, у Александра Евгеньевича вырвалось: «Какой я теперь Главный маршал?! Я теперь никто, ничто» Правда, на это генерал В. Я. Белошицкий, совершивший в годы войны в качестве штурмана более ста боевых вылетов, ответил: «Александр Евгеньевич, вы для нас всегда были, есть и будете Главным маршалом и самым уважаемым человеком!»
Последние годы жизни А. Е. Голованов отдает работе над мемуарами. Работает так, как привык, с полной отдачей сил. Неделю за неделей в Подольске изучает документы Центрального архива Министерства обороны. Главы из рукописи Александр Евгеньевич показывал М. А. Шолохову, московская квартира которого находилась в «маршальском» доме на Сивцевом Вражке. Автор «Тихого Дона» дал рукописи высокую оценку и советовал продолжать работу.
Отдельные главы книги «Дальняя бомбардировочная» были напечатаны в пяти номерах (в течение 19691972 годов, с большими перерывами) журнала «Октябрь». Голованов, обладавший умением увлечь читателя, ярко описал свои встречи с И. В. Сталиным. Это вызвало шумные кулуарные споры, потоки восторженных и критических писем. А власти поры так называемого «застоя», как известно, больше всего боялись «шума», то есть живого столкновения мнений.
Наверное, лишь в последнее время появилась возможность более спокойного осмысления ушедшего XX века, в том числе и деятельности Верховного главнокомандующего личности трагической, стоявшей в эпицентре поистине шекспировских страстей
На машинописном экземпляре рукописи, побывавшей в Главпуре (Главное политическое управление Советской армии и Военно-морского флота), читаем замечания на полях: «Согласовать в ЦК КПСС (Институт марксизма-ленинизма при ЦК КПСС)» (там, где Голованов пишет о словах Сталина в отношении Берии: «Видишь змея!»); «Проконсультировать в МИД СССР» (там, где Голованов говорит о Тегеранской конференции, бомбардировках Финляндии и других вопросах, касавшихся внешней политики); «Оценку фронтов давать по опубликованным материалам, см. кн. «Великая Отечественная война Советского Союза», «Курская битва» и др.»; «Нельзя противопоставлять Рокоссовского другим советским полководцам»; «Надо ли об этом, сейчас принято другое научное определение» (там, где пишется о десяти сталинских ударах); «Желательно опустить» (там, где цитируется обращение югославских партизан к летчикам АДД «Да здравствуют наши любимые вожди маршал Сталин и маршал Тито!» и «Да здравствует сталинское племя крылатых!»); «Не надо противопоставлений»; «Это целесообразно опустить»; «Зачем историю АДД давать по немецким данным?»; «Учесть суверенность Чехословацкого государства»; «См. решения 24-го съезда КПСС» и т. д. и т. п.
Уже набранная в издательстве «Советская Россия» книга, которая готовилась к 70-летию автора, так и не вышла в свет. Александр Евгеньевич отказался учесть ряд письменных указаний Главпура и настойчивое устное «пожелание» включить в повествование фамилию Л. И. Брежнева. Последовало наказание глухое умолчание как собственной деятельности, так и всего вклада АДД в Победу Единственному из советских военачальников Голованову было отказано в публикации воспоминаний! Сравнима с судьбой его книги, наверно, лишь судьба мемуаров конструктора артиллерийских орудий В. Г. Грабина «Оружие Победы» (М., 2000), где откровенно показана борьба мнений и страстей, а также решающая роль И. В. Сталина в принятии на вооружение лучших советских пушек.
Удар был слишком тяжел. Еще очень крепкий физически, Александр Евгеньевич смертельно заболевает. Операция не помогла. Как вспоминает друг маршала летчик-испытатель Герой России В. Ч. Мезох: «Военные врачи сказали, что такого человека еще не видели. Видно, что боль жуткая, зрачки расширились, а он молчит».