В Бухару он отправился в 1810 году, с личным посланием Александра I к бухарскому эмиру. Добравшись до эмирата Абдулнасыр с встретился с кушбеги первым министром двора, передал ему заверения в дружественном расположении русского правительства к эмиру и пожелания российского правительства увеличить торговлю между двумя странами, особо упирая на обеспечение безопасности торговых караванов. Было у поручика и секретное задание выяснить взаимоотношения Бухары с Хивой и Персией и узнать есть ли судоходство на Амударье. По возвращении Субханкулов представил подробный отчет о внутриполитической ситуации в Бухаре, о войне эмира с Хивой, о торговле и русских невольниках. За успешное выполнение задания Абдулнасыр Субханкулов был награжден «золотой медалью на красной ленте» и денежной выплатой в 750 рублей.
В своем отчете разведчик, в частности, сообщал, что в Бухаре в последнее время усилился приток водным путем английских купцов «с немалым своим коварным умыслом», которые всюду скупают «разные вещи и хлеб для себя высокою ценою, а продают оные в народе со значительным для себя убытком». Купцы, упоминаемые поручиком, были не совсем англичане, это были индийцы, представители Ост-Индийской компании. Так как, по словам Субханкулова торговали они себе в убыток, речь скорей всего идёт о попытках компании прощупать можно ли вытеснить с рынка российских купцов. Интересно, что в записках Субханкулова от 1818 года, о посещении Хивы, английское проникновение в регион уже не упоминается. В Хиве, куда поручик был послан как официальный представитель оренбургских властей, он собрал подробные сведения о городе, нравах, настроениях и междоусобных распрях местной аристократии.
В отделении Генерального штаба Оренбургского отдельного корпуса сосредоточивались сведения главным образом военно-стратегического характера: о вооруженных силах соседей, их военных укреплениях и гарнизонах, боеспособности, о караванных путях и наиболее благоприятных маршрутах для движения войск, о топографии местности, характере рельефа, растительности и водных ресурсах. Под военным прикрытием велась топографическая съёмка местности, всё дальше и дальше продвигаясь в глубь Центральной Азии. Проводилась и агентурная работа, её осуществляли коменданты укреплений военной линии. Вербовались лазутчики, которые под прикрытием курьеров и торговцев, приносили сведения о положении в сопредельных странах.
Третий орган таможенный, занимался сбором информации опрашивая караванщиков, купцов, приказчиков. Проведение такого опроса было обязательным для всех таможенных застав Оренбуржья. Это был вид «пассивной разведки», когда информация поступала практически без затрат, без активного поиска конкретной информации, необходимой в данный момент.
С вступлением в должность генерал-губернатора В. А. Перовского, разведка, осуществляемая Оренбургской пограничной комиссией, стала приобретать более наступательный характер. Как уже было сказано выше, Василий Алексеевич являлся сторонником активной политики России в Средней Азии, и придавал организации разведывательной деятельности очень большое значение. Уже через несколько месяцев после вступления в должность Оренбургского генерал-губернатора, в 1832 году, Перовский направляет в Азиатский департамент МИДа письмо, в котором пишет: «рассказы азиатцев бывают почти всегда неудовлетворительны по невежеству их и часто неверны по свойственной им недоверчивости, а потому весьма было бы полезно послать, по крайней мере в Бухарию, людей образованных и свободных от предубеждений, служащих причиной неискренности азиатцев. Потребность сия кажется сделалась еще необходимее с появлением в Бухарии и Хиве двух путешествовавших англичан». И далее предлагал направить от своего имени посланца к Хаким-бею первому министру бухарского эмира для переговоров об обеспечении безопасности караванов в качестве официального прикрытия его конфиденциальной миссии.
Англичане, о которых упоминает Перовский, это служащие Ост-Индийской компании Уильям Муркрофт и Джордж Требек, которые прибыли в Бухару 25 февраля 1825 года. Муркрофт, ветеринарный хирург на службе Ост-Индийской компании заведовал там конезаводами. В поисках племенных лошадей, он совершил несколько путешествий в Кашмир, Тибет и Афганистан. Глава Политического и Секретного отдела Ост-Индской Компании, то есть фактический начальник разведки, Чарльз Меткаф решил использовать одержимость и романтизм, свойственные Муркрофту, в своих целях. Он предложил тому продолжить работу по поиску племенных лошадей, но при этом попутно собирать географические и политические сведения о посещаемых им землях. Для этого он исхлопотал разрешение Ост-Индской компании и частично профинансировал экспедицию в Бухару. Муркрофт использует эту поездку, чтобы попытаться найти в Бухаре туркменских ахалтекинских скакунов, но, также, выполняет и разведывательные задания Меткафа.