До 1941 г. Чешская епархия находилась в юрисдикции Сербского Патриархата, хотя была тесно связана с русскими общинами. В годы II Мировой войны эта епархия, как и общины епископа Сергия, вошли в состав Средне-Европейского митрополичьего округа Русской Православной Церкви за границей. Особенно большая помощь чешским православным верующим была оказана русским духовенством после разгрома в 1942 г. Чешской и Моравской епархии гестапо, в связи с укрывательством в православном соборе Праге борцов сопротивления, смертельно ранивших рейхспротектора Богемии и Моравии Рейнхарда Гейдриха. Декретом рейхспротектора от 26 сентября 1942 г. та часть Православной Церкви Протектората, которую возглавлял епископ Горазд, была запрещена, ее храмы закрыты и разграблены, имущество конфисковано в пользу III рейха, все священники и многие миряне отправлены в концлагерь или на принудительные работы в Германию. Часть чешских православных общин сохранилась в подполье.
В 19441945 гг. при русских храмах в Судетах проживало несколько групп православных архиереев и сопровождавших их лиц, эвакуированных с оккупированной территории СССР и из Югославии, в том числе в Карловых Варах Архиерейский Синод Русской Православной Церкви за границей во главе с митрополитом Анастасием (Грибановским).
В 19451946 гг. уже Московская Патриархия помогла возрождению и становлению Чехословацкой Православной Церкви. 10 января 1946 г. в Москву прибыла делегация Чешской епархии во главе с епископским администратором протоиереем Честмиром Крачмаром. Он высказала просьбу Патриарху Алексию о принятии епархии в юрисдикцию Московского Патриархата. 14 января Первосвятитель дал принципиальное согласие, начались переговоры с Сербским Патриархатом. 2 апреля 1946 г. главой учрежденного в Чехословакии экзархата Русской Церкви с титулом архиепископа Пражского и Чешского был назначен Владыка Елевферий (Воронцов). Окончательно Сербская Православная Церковь отпустила Чешскую епархию в юрисдикцию Московского Патриархата решением своего Архиерейского Собора от 15 мая 1948 г.
23 ноября 1951 г. Русская Православная Церковь даровала автокефалию Чехословацкой Православной Церкви, которую первоначально возглавил Елевферий (Воронцов). В последующие годы межцерковные связи Праги и Москвы еще более упрочились, регулярно происходил обмен церковными делегациями, согласовывалась внешняя церковная политика (правда, до начала 1990-х гг. в этой сфере ощущалось сильное давление советских государственных органов). В целом влияние Русского Православия в Чехии и Словакии в XX веке было огромно, и его трудно переоценить. В настоящее время братские отношения Русской Церкви с Православной Церковью Чешских земель и Словакии с продолжают успешно развиваться.
Историография избранной темы не очень велика. С 1990-х гг. в России стали появляться труды, рассматривающие те или иные аспекты избранной темы. История русских православных церквей и монастыря в Чехии и Словакии, в том числе в дореволюционный период, вызывала интерес российских историков. Из основных работ по этой теме следует назвать книги и статьи протоиерея Алексия Мальцева, Д.В. Быстрова, В. Черкасова-Георгиевского, В.В. Антонова, А.В. Кобака, В.А. Гаврилова и др.,[1] а также работы чешских историков Р. Швандрлика и К. Иберл (Шарфовой).[2]
Значительный вклад в изучение истории Поместных Православных Церквей, в том числе Чехословацкой, внес преподаватель Московской Духовной Академии К.Е. Скурат.[3] Религиозную политику коммунистических властей в Чехословакии после окончания Второй мировой войны исследовали в своей коллективной монографии Т.В. Волокитина, Г.П. Мурашко и А.Ф. Носкова.[4] Некоторые сюжеты взаимоотношений Русской и Чехословацкой Церквей освятил протоиерей Владислав Цыпин.[5] Нацистскую политику в отношении Русской Православной Церкви в Германии и на некоторых оккупированных немецкими войсками территориях, в том числе чешских, исследовал московский историк А.К. Никитин.[6] Ведущим специалистом по истории Православной Церкви Чешских земель и Словакии на постсоветской территории является украинский историк В.В. Бурега, написавший большое количество статей и монографию совместно с чешским исследователем П. Мареком.[7] Несколько работ по данной теме, в том числе в соавторстве с украинскими учеными, написал и автор монографии М.В. Шкаровский.[8]