В период средневековья Православие сохранилось только в некоторых приходах Словакии и в Подкарпатской Руси (Закарпатье). Мукачевская епархия находилась в юрисдикции Константинопольского Патриархата до захвата Константинополя турками в 1453 г., потом поддерживала связь с Киевской митрополией, позже с Молдавской, и наконец с Сербской Церковью.[14] В XIIIXV веках, несмотря на давление католических королей Венгрии, в некоторых местностях Словакии в Спише и Пряшевской Руси существовали православные приходы и монастыри, которые принадлежали Киевской митрополии вместе с Мукачевской епархией.[15]
Изначальная проповедь Православия на территории Чехии и Моравии отразилась на гуситском движении. Ведущие чешские исследователи деятельности Яна Гуса и гуситов в XVI веке не отрицают значения визита Иеронима Пражского в Вильно и Псков для ознакомления с практикой Православия. Подтверждением этому служит посольство части гуситов в Константинополь в 1451 г. с участием чешского иерея Константина Ангелика, в ходе визита которого обсуждалось присоединение Чешских земель к Православной Церкви. Патриарх обещал прислать епископа, однако падение Константинополя в 1453 г. не дало возможности для развития этого диалога. Также имеются сведения о поставлении священников у гуситов православным епископом.[16] Однако попытки установить связи с русским Православием путем отправки посольства Яна Рокиты к Ивану Грозному потерпели неудачу, так как царь расценил гусизм как ересь, худшую чем немецкий протестантизм.
В XVII веке и в Словакии православные оказались под управлением Римского Папы, в 1649 г. была заключена Ужгородская уния. В Подкарпатской Руси она не смогла подорвать среди местного населения верность православным традициям. Поэтому в 1721 г. унию заново пришлось вводить в Марамороше, являвшемся одним из центров православной жизни Закарпатья. Но и после этого Православие еще долго сохранялось в местных монастырях и отдаленных горных селениях. Более ста лет понадобилось, чтобы организационно ликвидировать в этом крае Православную Церковь. В некоторых источниках Мукачевская православная епархия упоминалось еще в XVIII веке.[17]
Ярким представителем православного движения того периода в Подкарпатской Руси был священник Михаил Андрелла (Оросвиговский). Он служил в с. Великие Лучки, в 1669 г. порвал с унией и начинает проповедовать Православие, за что был арестован и заточен в подземельях Мукачевского замка, где подвергли жестоким пыткам. После освобождения о. Михаил отправляется в Мараморош, где на то время уния не имела распространения. Здесь он, кроме пастырского служения, активно занимается литературной деятельностью. На творчество о. М. Андреллы имели большое влияние украинские православные полемисты, в частности, афонский старец Иоанн Вишенский. Священник-писатель прослужил на приходе в с. Иза до своей смерти в 1710 г.[18]
Православие в Подкарпатской Руси продержалось до конца XVIII века, явив миру имена выдающихся исповедников веры. Так в 1735 г. в Хустском замке был замучен до смерти последний закарпатский православный епископ Досифей (Феодорович). Но и после этого Православие продолжало тайно, в подполье, сохраняться в крае. Несмотря на то, что официально власть принадлежала лишь греко-католическим епископам, местное население нередко продолжало обращаться за требами к священникам соседней Румынии, тайно читало запрещенные православные книги. Так продолжалось до начала ХХ века.[19]
В период пребывания чешских и словацких земель в составе Австрийской (Австро-Венгерской) империи Православие там фактически не существовало. Тем ни менее кирилло-мефодиевская традиция вошла в чешский и словацкий католицизм, а в XIX веке стала частью национального возрождения. Именно к этой традиции обратились деятели чешского «католического модернизма» в поисках новых духовных ценностей, возникших на волне стремления к реформированию католицизма.
После многовекового перерыва первое православное богослужение на чешских землях состоялось во время Славянского съезда в Праге 1848 г. Его совершил сербский священник Павел Стаматович под открытым небом на Конном рынке (нынешняя Вацлавская площадь).[20] Усиленный интерес к Православию в Чехии появился со второй половины XIX века в среде чешских интеллигентов, преимущественно в высших политических и культурных слоях, в связи с началом национального возрождения. Этот интерес был также связан с идеей славянской общности, ставшей противовесом гнету со стороны австро-венгерских властей. В 1840-е гг. начался обсуждаться вопрос о возможности появления в Праге православной церкви, об этом, в частности, говорилось в переписке настоятеля российской посольской церкви в Вене протоиерея Михаила Раевского и известного чешского общественного деятеля А. Ганки.