Религиозную ситуацию на оккупированных Германией территориях, в том числе в Юго-Восточной Европе, и историю русской церковной эмиграции можно изучать и по материалам Российского государственного архива социально-политической истории в Москве (РГАСПИ), в частности в фонде Центрального Комитета ВКП(б) КПСС (ф. 17), а также в Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга, используя фонд Ленинградского уполномоченного Совета по делам Русской Православной Церкви (ф. 9324).
В Германии прежде всего следует указать Федеральный архив в Берлине (Bundesarchiv Berlin ВА), где наибольшее значение для избранной темы имеет фонд Рейхсминистерства иностранных дел, в котором хранятся дела, содержащие донесения немецких посольств и уполномоченных МИД о религиозной ситуации в европейских странах. В двух подобных делах, в частности, имеются сведения о положении русских обителей на Святой Горе Афон (R 901). Фонд Рейхсминистерства занятых восточных территорий содержит важнейшие акты, разработанные в министерстве и определившие церковную политику гражданской администрации на занятой германскими войсками территории СССР (R 6). В фонде Главного управления имперской безопасности имеется богатейшая информация о положении Русской Православной Церкви на оккупированной территории Восточной Европы и СССР: в трех группах сообщений представителей этого ведомства за 22 июня 1941-21 мая 1943 гг. (R 58).
Фонд Рейхсминистерства церковных дел содержит прежде всего материалы о положении приходов Русской Православной Церкви на территории Германии, однако с информативной целью министерство также получало различные сообщения и докладные записки о религиозной ситуации на оккупированной территории СССР и на Балканах. Таким образом, в этом фонде отложились дела, содержащие богатую информацию о Православных Церквах в Греции (в том числе на Святой Горе Афон), Протекторате Богемия и Моравия, Болгарии, Румынии и Сербии (R 5101). Кроме того, в Федеральном архиве отдельные акты, относящиеся к германской церковной политике в Юго-Восточной Европе, содержатся в фондах Имперской канцелярии (R 43/II), Рейхсминистерства юстиции (R 22), Рейхсминистерства финансов (R 2), Внешнеполитической службы национал-социалистической германской рабочей партии (NS 43) и др.
Очень ценным архивохранилищем является Политический архив Министерства иностранных дел в Бонне (Politisches Archiv des Auswärtigen Amts Bonn АА), где хранятся десятки дел с аналитическими записками, отчетами, письмами, телеграммами немецких дипломатических служб о религиозной ситуации в странах Восточной и Центральной Европы, в том числе в Сербии, Хорватии, Греции, Словакии, Венгрии и т. д. (Inland I-D, 47404742, 47974800 и др.).
Третьим использованным германским архивом был архив Института современной истории в Мюнхене (Institut für Zeitgeschichte München IfZ). В нем также как и в Федеральном архиве Берлина имеется фонд Рейхсминистерства занятых восточных территорий. Он меньше по объему, но содержит много важных документов, отсутствующих в Берлине. Определенную ценность в этом плане представляет большая их подборка, рассказывающая о германской политике по отношению к Русской Церкви. (МА 794, 795, 797). О церковной ситуации в Хорватии и Сербии и других странах Восточной Европы говорится в материалах немецкого военного командования (MA 1039), Главного управления имперской безопасности (МА 447, 558, Еа 231/3) и Внешнеполитической службы «Восток» (МА 128).
Следует отметить, что материалы аналогичных фондов в германских и российских архивах в основной массе не повторяются и взаимно дополняют друг друга. Дело в том, что только часть документации различных ведомств Третьего рейха была вывезена в СССР, другая же часть осталась в Германии. И если довоенный период национал-социалистической политики по отношению к Русской Церкви лучше документирован в российских архивах, то военный, напротив, в германских. Поэтому исследователям необходимо работать и в тех и в других. Трофейные же немецкие акты, вывезенные в США, в настоящее время скопированы, и их можно просмотреть в Федеральном архиве Берлина и Институте современной истории в Мюнхене.
Были использованы документы из четырех сербских архивов: Архива Югославии в Белграде (АрхивJугославиje, Београд), Архива Сербии в Белграде (Архив Србије, Београд) фонд Г/3 Министерства просвещения и религии (Министерство просвете и вера), Архива города Белграда (Архив града Београда) фонд Немецкой службы безопасности (Немачка служба безбедности) и Музея Сербской Православной Церкви в Белграде (Музеј Српске Православие Цркве Београд) фонд Загребской митрополии (Митрополита Загребачска Хрватска Православна Црква).