Состоявшаяся в апреле 1988 г. встреча Генерального секретаря ЦК КПСС М. С. Горбачева с Патриархом Пименом может быть названа пограничьем двух крупных этапов в развитии отечественной историографии государственно-церковных отношений. Религия впервые в советский период стала рассматриваться не как враждебный институт, а как некий социокультурный феномен27. Сказалось это и в области научных исследований. Увидевшие свет в конце 1980-х -начале 1990-х гг. работы отличались более уравновешенным, а то и критическим по отношению к государственной линии подходом со стороны историков. В фокусе внимания оказались отдельные методологические аспекты советской церковной политики, в том числе была высказана мысль и об отсутствии у советских и партийных лидеров единой линии в религиозном вопросе28.
На региональный уровень появление новых тенденций отечественной историографии в конце 1980-х гг. особого влияния не оказало. Работы местных ученых (Н. Е. Адушкина, В. А. Балашова и др.) по-прежнему носили более комплексный характер, без вычленения религиозного компонента и государственно-церковных отношений в качестве самостоятельного объекта изучения29.
«Архивная революция» 1990-х гг. привела к открытости и вовлечению в научный оборот огромного пласта ранее не доступных источников и активизировала научную деятельность, позволяя ученым рассматривать различные аспекты государственно-церковных отношений, в т. ч. и ранее неизучавшиеся отечественной историографией. За два истекших десятилетия сформировался новый взгляд на советскую конфессиональную политику. Появились обобщающие труды А. Н. Кашеварова, М. В. Шкаровского, О. Ю. Васильевой, М. Ю. Крапивина, И. А. Курляндского, А. А. Слезина и др.30 Детальной проработке подверглись проблемы внедрения атеизма в народное сознание31, изменения уклада повседневной жизни32, реформирования образовательного процесса33, кампании по вскрытию мощей34, изъятия церковных ценностей35, обновленческого и иных расколов36, репрессивной политики в отношении духовенства и верующих37 и др. Появились отдельные биографические исследования38. Со стороны профессиональных историков внимание стало уделяться не только изучению собственно государственно-церковных отношений, но и источниковедческим и историографическим вопросам39.
Одним из проявлений либерализации исторической науки в 19902000-е гг. стал выход разнонаправленных трудов. Авторы одних преследовали цель «разоблачения большевизма». Показательны в этом отношении работы Д. А. Волкогонова, А. Н. Яковлева и А. Арутюнова, в которых при недостаточном внимании к источниковедческому обоснованию тезисов делаются громкие заявления о «патологическом мракобесии» лидеров СССР40. Другие, напротив, прикладывали усилия к «отбеливанию» советской конфессиональной политики и ее идеологов. Так, в конце 1990-х гг. в ряде периодических изданий появились публикации документов, «свидетельствующие» чуть ли не о кардинальном повороте И. В. Сталина в сторону религии в конце 1930-х гг. Позднее указанные документы легли в основу утверждений целого ряда просталински настроенных авторов41, что вызвало острую критику со стороны профессионального сообщества42.
В марийской, мордовской и чувашской исторической науке период 1990-х начала 2010-х гг. также отмечен активизацией исследовательской деятельности, причем с середины 1990-х гг. отдельные стороны государственно-церковных отношений становятся и самостоятельным объектом изучения. Сравнивая региональную историографию, необходимо отметить, что более активно религиозная (в широком понимании этого термина) проблематика разрабатывается мордовскими учеными. Усилиями последних к настоящему времени создана целостная картина эволюции религиозных представлений мордвы от языческих до христианских традиций43, дано историкофилософское, этнологическое и культурологическое осмысление места Православия в мордовском крае44, показана роль духовенства в культурно-просветительской деятельности земств45, проанализированы отдельные аспекты государственной церковной политики через призму развития образования46 и в период коллективизации47 и отдельные моменты репрессивной политики в отношении духовенства и верующих48, отражена конкретно-монастырская история на примере обители Серафима Саровского49, подготовлены развернутые биографические исследования по отдельным персоналиям духовных лиц и мартирологи репрессированного духовенства50, предприняты попытки обобщения отдельных эпизодов экономического подавления РПЦ (изъятие церковных ценностей)51, рассмотрены межконфессиональные отношения на современном этапе с экскурсами в прошлое52. Кроме того, продолжается изучение отдельных сторон государственно-церковных отношений и в рамках общих исследований истории мордовского этноса53.