Второй день войны, 23 июня начался у Сталина, по крайней мере, в 3 часа 20 минут ночи, когда к нему вошел Молотов. Затем пришли Ворошилов, Берия, Тимошенко, Ватутин и Кузнецов. Совещание продолжалось до 6 часа 10 минут. Затем совещания возобновились вечером с 18.45 и продолжались до 1 часа 15 минут ночи 24 июня. Примерно также прошли и последние дни июня. В то же время эти записи не дают полного впечатления о рабочем дне Сталина, так как здесь не указывается время, когда он говорил по телефону и работал в одиночестве.
Между тем ситуация на фронте продолжала ухудшаться. Надежды на быстрый "сокрушительный удар по агрессору", высказанные в выступлении В.М. Молотова 22 июня, исчезали. В первый же день войны Германия нанесла существенный урон советским вооруженным силам. Потери в авиации составили 1811 самолетов (из них 1489 были уничтожены на земле). Немцы потеряли лишь 35 сбитых машин, и около 100 самолетов было повреждено.
Мощные удары германской авиации и артиллерии в первые же часы войны принесли огромный ущерб и другим видам техники, а быстрое продвижение немецких войск позволило им захватить расположенные у границы склады вооружений. Секретарь Брестского обкома М.Н. Тупицин сообщал И.В. Сталину и П.К. Пономаренко 25 июня, что значительная часть орудий артиллерии резерва Главного командования была разбита бомбами в первые же часы войны, а "все ценные орудия остались у немцев". Секретарь Лунинецкого райкома Пинской области В.И. Анисимов сообщал телеграммой 30 июня, что "нет вооружений и снарядов Шлют самолеты в разобранном виде, а собрать их негде". Утрата значительной части самолетов и другой техники сразу же стало сказываться на боевых действиях советских войск и состоянии боевого духа личного состава. Объясняя быстрое отступление Красной Армии в Прибалтике, член Военного совета Северо-Западного фронта В.Н. Богаткин сообщал Л.З. Мехлису в начале июля 1941 г.: "Если идут в бой танки и пехота, нет авиации; если идет в бой пехота нет артиллерии или танков и т.п.".
Война обнажила многочисленные свидетельства неподготовленности к войне. 26 июня руководители Латвии писали Сталину, что хотя имеется достаточно сил для "успешного отражения наступления противника в штабе (Северо-Западного фронта) не соблюдаются основные правила организации работы. Между отдельными войсковыми соединениями нет связи, нет взаимодействия, также нет взаимодействия между отдельными видами оружия (авиация, пехота). Ввиду того, что разведка поставлена плохо, часто авиация не может бомбить колонны противника, так как штабу не известно, чьи это колонны При неудовлетворительной работе штаба положение на нашем участке фронта остается неудовлетворительным". Не была подготовлена и противовоздушная оборона приграничных районов. 23 июня секретарь Мурманского обкома Старостин телеграфировал Сталину, что "Кандалакша, Кировск и Мончегорск, где расположены апатитовый комбинат, медно-никелевый комбинат, строящийся алюминиевый комбинат и гидростанции Нива-три, совершенно не имеют зенитной обороны и воинских частей".
Особенно тревожные вести поступали из Белоруссии. 25 июня секретарь Брестского обкома партии М.Н. Тупицин писал И.В. Сталину о том, что "руководство 4-й Армии оказалось неподготовленным организовать и руководить военными действиями Ни одна часть и соединение не были готовы принять боя, поэтому вынуждены были или в беспорядке отступать или погибнуть Можно было бы привести много примеров, подтверждающих, что командование 4-й Армии, несмотря на то, что оно находилось в пограничной области, не подготовилось к военным действиям. Вследствие такого состояния с первых же дней военных действий в частях 4-й Армии началась паника. Застигнутые внезапным нападением, командиры растерялись. Можно было наблюдать такую картину, когда тысячи командиров (начиная от майоров и полковников и кончая мл. командирами) и бойцов обращались в бегство. Опасно, что эта паника и дезертирство не прекращаются до последнего времени, а военное руководство не принимает решительных мер".
Сталину непрерывно поступали многочисленные жалобы на растерянность и панику, охвативших многих командиров и бойцов Красной Армии, а также политических руководителей в прифронтовых областях в первые дни войны. В.И.Анисимов из Пинска сообщал, что в этом городе военные "в панике подорвали артсклады и нефтебазы и объявили, что подорвали их бомбами В городе полно командиров из Бреста, Кобрина, не знающих, что им делать, беспрерывно продвигающихся на машинах на Восток без всякой команды, так как никакого старшего войскового командира, который мог бы комбинировать действия войск, нет".