Древние послания из Шумер, Вавилона, Ассирии и Египта наделяют сновидения пророческими функциями, присущими феномену божественного происхождения.
И только в античной Греции появляются первые попытки научного объяснения сущности сновидений: Антифон принципиально отклоняет возможность божественного происхождения сновидений; Гераклит указывает на значение памяти для формирования образов сновидений; Демокрит отмечает зависимость сновидений от того, что было воспринято человеком перед сном и от репродукции увиденных образов.
По мнению великого натурфилософа Аристотеля, «непосредственная причина сна содержится в поедаемой нами пище, которая выделяет духи, перетекающие из нее в вены. Тепло тела направляет эти духи в голову, где они накапливаются и вызывают сонливость.
В России учёные занимались изучением проблем, связанных со сном. Среди них русская ученая Мария Михайловна Манасеина (18431903), ученица физиолога И. Р. Тарханова, которая стала, в сущности, основоположником «науки о сне» сомнологии. В 1870-х годах она пришла к выводу, что сон для организма важнее пищи. Манасеина подробно описала физиологические изменения в организме и макро-анатомические признаки нарушения мозгового кровообращения и дегенерации клеток головного мозга. Несмотря на блестящие работы Манасеиной, в начале XX века сон как важный процесс, заслуживающий изучения ничуть не меньше, чем бодрствование, все еще не был признан. Опыты по длительному лишению сна были в наше время выполнены лишь в 1983 году А. Рекшаффеном с сотрудниками, т. е. через 100 лет после Манасеиной. Они использовали методику «карусели», которая позволяла лишать крысу до 90 % суточного времени сна. Такие опыты подтвердили, что длительное лишение сна действительно приводит к гибели животных в течение нескольких недель. Причины тому разрушение иммунной системы и развитие сепсиса.
В XIX веке ученый Кельшюттер установил, что более крепким и глубоким сон является в первые часы после засыпания. Ближе к утру он становится поверхностным.
Научную теорию сна создал И. П. Павлов, показавший, что действительной причиной сна являются особые нервные процессы возбуждения и торможения, происходящие в головном мозге.
Появление электроэнцефалографии привело к целому ряду открытий в изучении сна.
Современные представления о природе сна сформировались во второй половине XX века, после появления методов регистрации биоэлектрической активности головного мозга (электроэнцефалограмма, ЭЭГ), мышц (электромиограмма, ЭМГ) и глаз (электроокулограмма, ЭОГ).
Крупным достижением в этой области было открытие в 1950-е годах Н. Клейтманом. Клейтман увлекся проблемой сна в то время, когда эта тема, кажется, еще никого не интересовала. В 1939 году он впервые сформулировал концепцию существования «основного цикла покоя активности». Эта гипотеза, намного опередившая время, в последние десятилетия получила многочисленные подтверждения в исследованиях на людях и экспериментах на животных. Сейчас концепция Клейтмана составляет основу одного из наиболее плодотворных и бурно развивающихся направлений в психофизиологии изучении внутрисуточных биоритмов человека.
Крупнейшим специалистом по физиологии сна был профессор, один из крупнейших ученых Франции, член Национальной Академии наук, лауреат многих национальных и международных научных премий, Мишель Жуве. Он первым понял, что сон с быстрыми движениями глаз не просто одна из стадий обычного (медленноволнового сна), а отдельное функциональное состояние. Жуве сформировал современное представление о трех принципиально различных состояниях организма: ортодоксальном (обычном) сне, парадоксальном и бодрствовании. Жуве стал одним из первых учёных, кто в конце 1950-х годов наблюдал и регистрировал электрофизиологические проявления парадоксального сна, то есть сна с быстрыми движениями глаз, сна со сновидениями у кошки.
Во второй половине XX века произошло еще одно великое событие в сомнологии: была обнаружена (и в последующем интерпретирована как отдельное функциональное состояние) фаза быстрого сна. Особую роль в открытии быстрого сна в ХХ в. сыграли советские исследователи М. П. Денисова и Н. Л. Фигурин. В 1926 году они впервые описали у детей (в возрасте от двух месяцев до двух лет) движения глазных яблок каждые 50 минут, учащенное дыхание и сниженную общую двигательную активность.
Открытие сна с быстрыми движениями глаз произошло через несколько лет, и связано оно с именем аспиранта Клейтмана В. Демента. Именно Демент впервые непрерывно записал электроэнцефалограммы сна 33 человек в течение всей ночи. На основании таких регистраций было установлено, что после засыпания электроэнцефалографические признаки постепенно изменяются в сторону глубокого сна, но примерно через час-полтора возникает первый эпизод сна с быстрыми движениями глаз. Затем такие циклы повторяются несколько раз в течение ночи, и длительность их составляет в среднем 90100 минут. Продолжительность этих эпизодов и интенсивность быстрых движений глаз нарастают от вечера к утру.