Далее Цонкапа дает общую презентацию данной шастры в системе шести его трактатов мадхьямаки [Ibid., p. 610]. Согласно его классификации, эти шесть трактатов подразделяются на два вида. Во-первых, это трактаты, в которых в качестве главного предмета Нагарджуна объясняет зависимо возникающую таковость (de-kho-na-nyid) и отбрасывает крайние воззрения реификационизм и нигилизм. Во-вторых, это трактаты, в которых главное содержание это объяснение того, что путь, свободный от крайностей существования и несуществования, освобождает от сансары.
Текст «Муламадхьямакакарика», согласно объяснению Цонкапы, как раз объясняет пустоту как зависимо возникающую таковость путем опровержения представлений о реальной сущности вещей (dngos-poi-ngo-bo-nyid) и тезиса (sgrub-bya) о реифицированной природе, связанного с преувеличенным приписыванием [существования] личностям и феноменам. В частности, это воззрение школы ньяя. А в трактате «Вайдалья-пракарана» Нагарджуна подробно опровергает шестнадцать категорий логики школы ньяя, посредством которых они отстаивали истинное существование вещей.
Трактат «Виграхавьявартани» отвечает на контраргументы ньяяиков, выдвинутые в ответ на опровержение их воззрений Нагарджуной в первой главе «Муламадхьямакакарика», и поэтому, как объясняет Цонкапа в предварительном разделе своего комментария, этот текст является дополнением к первой главе «Муламадхьямакакарика». Нагарджуна в этом тексте объясняет, по словам Цонкапы, что слова по природе пусты, их смысл имеет зависимое возникновение, и все же, хотя за ними нет самосущей природы, мы в состоянии доказать тезис, который надлежит доказать, и отвергнуть объект отрицания. Поэтому, согласно Нагарджуне, теория достоверного восприятия и логические операции по отношению к утвердительным и отрицательным объектам достоверного познания являются обоснованными с позиций бессущностности (rang-bzhin-med-pa phyogs-la), а с точки зрения философии, признающей самосущее бытие (rang-bzhin-yod-par smra-ba-la), логика и объекты достоверного познания не поддаются разумному обоснованию. Нагарджуна объяснил, что при отсутствии самосущей природы все действия и деятели имеют полный смысл. Таким образом, в «Виграхавьявартани» Нагарджуна отвергает идею о том, что в системе мадхьямаки невозможно доказать собственную позицию.
Текст «Шуньятасаптати» также является дополнением к тексту «Муламадхьямакакарика», поскольку был сочинен как ответ на возражение оппонентов против положения, сформулированного в седьмой главе «Муламадхьямакакарика»:
Как сновидение, как иллюзия,
Как город гандхарвов,
[Существуют] возникновение, пребывание
И уничтожение, так было сказано [MMK VII: 34].
Цонкапа объясняет, почему неправы те оппоненты Нагарджуны, которые выдвигают возражение, что отрицание самосущей природы рождения, пребывания и уничтожения является некорректным, на том основании, что о них говорится в сутрах. Он указывает на содержание что «Шуньятасаптати», где Нагарджуна объяснял, что «Будда говорил о существовании или несуществовании пребывания, рождения, уничтожения; о [вещах] низких, равных, превосходных в соответствии с мирскими условностями, но не в соответствии с абсолютной реальностью». И Цонкапа повторяет, что Будда говорил о рождении, уничтожении и всех прочих явлениях в соответствии с мирской практикой словоупотребления (tha-snyad-kyi dbang-gyis), но не в соответствии с действительным положением вещей (yang-dag-par grub-pai dbang-gyis). И текст «Шуньятасаптати» после опровержения самосущего существования в рождении, уничтожении и т. д., утверждает:
Все вещи по природе пусты,
Поэтому несравненный Татхагата
Настойчиво учил о зависимом возникновении.
Окончательный смысл именно в этом.
Бхагаван Будда [учил, что] при опоре на мирские соглашения
Для всего разнообразия вещей имеет место корректное наименование [6869].
Цонкапа комментирует, что тем самым Нагарджуна раскрыл абсолютный смысл способа существования вещей именно то, что [их] зависимо возникающая природа пуста. Говорится, что рождение и все прочие явления установлены, будучи обозначенными благодаря условным соглашениям. Поэтому положение Нагарджуны, сформулированное в тексте «Муламадхьямакакарика», «Будды учили Дхарме, опираясь в совершенстве на две истины», согласно комментарию Цонкапы, является принципиально важным для понимания окончательного смысла Учения Будды. Согласно разъяснению Цонкапы, если эти положения, сформулированные Нагарджуной, о пустоте самосущей природы как абсолютном смысле Учения Будды, и о том, что рождение и все прочие феномены являются условными обозначениями, не постигнуты так, как это было объяснено Нагарджуной, то, следовательно, еще отсутствует понимание того, что смысл условного существования устанавливается как существующий просто силою номинального соглашения. Текст «Шуньятасаптати» был сочинен Нагарджуной, чтобы помочь в понимании тем, кто не постиг этих смысловых тонкостей «Муламадхьямакакарика».