Султан Османской империи Мустафа III, который уже двадцать лет находился у власти, был очень обеспокоен положением в европейской части своей империи. По его приказу с Дунайского театра военных действий была отозвана крупная часть резерва предназначенных для отражения атаки русских войск. Принятие данного решения способствовало успехам русской армии, возглавляемой генерал-фельдмаршалом Петром Александровичем Румянцевым38, на севере. В частности, при сражении на Ларге 25-тысячный русский корпус встретился с 80-тысячным османским, составленным большей частью из турков и татар, но численность сил неприятеля вызывает сомнение, так как подтверждена лишь русскими источниками.
Прибывшие на Пелопоннес, для стабилизации ситуации, албанские войска, преданные Мустафе III, не встречая серьезного сопротивления, очистили от повстанцев города: Месолонги, Патры и Анжелику, где вырезали практически всё население, и тем самым сломив даже мысли о каком ли ни было сопротивлении, так как делать было решительно некому. Такой жестокий был век.
Несмотря на эвакуацию русских войск из Мореи, греческие отряды не прекратили борьбу. Вскоре они взяли крепость Гостуны, где находился турецкий гарнизон общей численностью до 650 человек. Отряд македонян численностью в пять тысяч человек захватил Коринф и пресек сообщение османов в Мореи с городовЭпир и регионами: Албанией и Македонией.
Но партизанская война, не смотря на локальные успехи, носит временный характер. Вскоре османские войска заняли большую часть Пелопоннеса и вторглись на пиратский полуостров Мани. Но греки смогли обманным маневром захватить крепость Арт, и упорной обороной сохранить контроль над пиратской вольницей Мани.
В остальной части Мореи продолжали сражаться остатки Западного и Восточного легионов, возглавляемые Стефаном Мавромихали39 и Антонием Псаро40. Оба русские агенты офицеры. Но вскоре в неравной битве с янычарами, а османы умели сосредотачивать в нужное время в нужном месте свои силы, отряд Антония Псаро был разбит, впрочем, как и отряд Стефана Мавромихали. Те, кому удалось выйти из окружения и благополучно достичь берега, а это была лишь небольшая часть, были взяты на корабли подошедшей русской эскадры. За спасение знамен легионов Антоний Псаро был награждён орденом Святого Георгия 4-го класса, что еще раз говорит, о сопротивлении не именно греков, а иностранной военной силы на территории суверенной Османской империи.
После разгрома отрядов Псаро и Мавромихали многие участники восстания бежали в горы и там продолжили борьбу за то, чтобы жить в своей стране по своим законам. И если на побережье османские отряды восстановили порядок практически сразу, то в горах Пелопоннеса их присутствие долгое время было чисто иллюзорным. Повстанцы, контролируя ключевые крепости Триполис и Мистрас, могли не особенно беспокоиться о судьбе полуострова Мани.
Основными причинами провала восстания, в ходе первой Архипелагской экспедиции, была недооценка Алексеем и Федором Орловыми сил османов в Морее и преувеличенная надежда на местное население. Повстанцы, несмотря намногочисленность, были отвратительно организованы при атаке, сражались толпой, и плохо вооружены для боя с янычарами. Немногочисленные присланные русские войска, не смогли организовать снабжение греческих повстанцев оружием, боеприпасами, что вообще было ахиллесовой пятой41 нашей армии, да еще организовать обучение греков не представлялось возможным.
Причем, стоит заметить, даже имевшиеся в распоряжение русского командования силы использовались, крайне нерационально, что тоже часть случалось в войнах 18-19 веков. Вместо того чтобы нарастить силы, атакующие османов во внутренних районах Морей, русские десантные войска, совместно с наиболее боеспособными из греков маниотами, безуспешно осаждали турецкие крепости на юге Пелопоннеса.
Алексей Орлов сам после проводил анализ своих неудач: «нужно было начать с того, чтобы утвердиться во внутренности Морей; береговые крепости пали бы тогда сами собою, ибо русский флот преграждал бы им сообщение с морем, а турецкий флот не был ещё снаряжен и находился в Константинополе и Дарданеллах».
Поддержка восстания инспирированного из заграницы, и окончившегося неудачей, имело тяжелые последствия для всего населения Пелопоннеса. Богатая и плодородная греческая провинция, подверглась опустошению от действий османской армии, многие её жители стали жертвами насилий и террора, так как в глазах султана являлись отступниками и предателями. Были разрушеныи разграблены в ходе военных действий многие города, сожжены тысячи оливковых и тутовых деревьев, остались необработанными поля, что нанесло долгосрочный негативный эффект. Спасая свою жизнь, тысячи греков укрылись в горах, или бежали на острова и даже в Малую Азию, откуда затем через сто пятьдесят лет вынуждены были бежать обратно. По подсчетам греческого исследователя МихаилаСакеллариоса42, было убито, продано в рабство или покинуло страну до 40000 человек, или каждый седьмой отгреческого населения Мореи, на момент восстания.