В начале 1768 года значительно обострились русско-турецкие отношения. В Санкт-Петербурге началось активное обсуждение возможности привлечения греков к борьбе против турок, чтобы заиметь еще дополнительно союзника, так как османская империя сама готова была перейти в наступление. Противником подобной инициативы оказался руководитель русской внешней политики Никита Панин12. Однако, Екатерина принимает сторону братьев Орловых, так как они имели на нее большее влияние. Весной 1768 года она направляет в Венецию в качестве поверенного в делах России при Венецианской республике и итальянских дворах маркиза Пано Маруцци13, в том числе поручив ему информировать русское правительство о положении дел в подконтрольных Османской империи христианских землях. Как-то вовремя появляется всего за два года в России этот грек, причем создается впечатление, что генералом и графом могла назначить сама Екатерина II, а князем с титулом светлости, только Мария-Терезия, тоже императрица, приверженец просвещённого абсолютизма и инициатор большого количества реформ. Таким образом, не управляет ли Екатерина II, частью Австрийской империи, восточного рейха так сказать? Тогда и посылка кораблей в Морею, а также морские победы на средиземноморье служат интересам и укреплению именно империи Габсбургов, раз они даруют титулы лицам в них участвующим?
Ранней весной 1768 года, под видом лечения, в Италию с тайной миссией отправляется и сам Алексей Орлов, по совместительству председатель вольного экономического общества14. С ним едет брат Федор15 и два офицера, один из которых вскоре оказался в Черногории, где попытался провести набор воинских отрядов, предназначенных поддержать российские операции в Средиземноморье. Следовательно, уже тогда признавался недостаток собственных сил. Оказавшись в Италии в окружении греков, Алексей Орлов писал своему брату Григорию: «Труда же для меня, по-видимому, как мне кажется, очень мало стоить будет привесть этот народ против турчан и чтоб они у меня в послушании были. Они храбры, любят меня и товарищей моих много за единоверие; все повеленное мною хотят делать».
Деятельность русской агентуры не ограничивалась только Пелопоннесом, но и распространялась также и на Черногорию, Албанию и Дунайские княжества, где русские агенты подбивали местное население к восстанию, а значит с точки зрения султана законного правителя занимались экстремистской деятельностью с целью отторгнуть часть земель от его владений.
В начале ноября 1768 года, ещё до подписания манифеста об объявлении войны, Григорий Орлов высказал предложение послать эскадру к берегам Эгейского моря, поднять и поддержать восстание проживавших там православных народов против османов. Существует мнение, что идея впервые была высказана будущим руководителем экспедиции графом Алексеем Орловым, братом Григория, а Григорий лишь поддержал её и донёс до Екатерины, так как ему ничего другого не оставалось делать.
12 ноября 1768 года на заседании Совета, Григорий Орлов уже обстоятельно изложил своё мнение об экспедиции в Средиземное море. Предложение по отправке кораблей на данном заседании и было принято. Алексей Орлов был назначен командующим экспедицией в должности генерала-аншефа, с самыми широкими полномочиями.
Алексей Орлов писал Григорию о задачах подобной экспедиции и войны в целом: «Если уж ехать, то ехать до Константинополя и освободить всех православных и благочестивых от ига тяжкого. И скажу так, как в грамоте государь Пётр I сказал: а их неверных магометан согнать в степи песчаные на прежние их жилища. А тут опять заведется благочестие, и скажем, слава Богу, нашему и всемогущему».
При внесении проекта экспедиции в Совет при императрице Григорий Орлов формулировал своё предложение так: «послать, в виде вояжа, в Средиземное море несколько судов и оттуда сделать диверсию неприятелю». То есть никакой конкретики не о привлекаемых судах, не звучало, видимо рассчитывали действовать по обстоятельствам, видимо организаторы и идеиАрхипелагской экспедиции постоянно колебались относительно её назначения. Если Орловы действительно стремились, прежде всего, к освобождению христианских народов, по доброте душевной или подсказке из Вены, титулы надо отрабатывать, и объединению их под российским протекторатом, то Екатерина II изначально рассматривала посылку флота и подготавливаемые восстания во вражеском тылу скорее как военную диверсию. В своем письме она указывала Ивану Григорьевичу Чернышеву16: «Я турецкую империю подпаливаю с четырех углов».