У Бабу было два выпуска фильма в 2003 году, первый из которых «Единственный» (Оккаду) в паре с Бхумикой Чавлой. Фильм стал важным этапом в карьере Махеша, став самым кассовым телугу фильмом года и собрав Р23 крора в прокате. Актер получил свою первую премию Filmfare Awards South за лучшую мужскую роль на телугу. Другой релиз был ленты «Nijam» (Правда). Хотя фильм был коммерческим провалом, Бабу получил похвалу от критиков за свою роль в фильме, а Виджаялакшми из Rediff.com назвала его единственной причиной посмотреть вторую половину фильма, которую она назвала обычным рассказом о вендетте. Он получил свою первую премию Нанди за лучшую мужскую роль. Затем в 2015 году появилась болливудская версия этого фильма с Арджуном Капуром и Сонакши Синхой «Тевар», но эта копия провалилась в прокате.
Другой фильм этого же года «Арджун» был сделан при участии его брата Рамеша и принёс актёру очередную специальную премию Nandi. После релиза фильма, южный комедийный ведущий Манодж сравнил Махеша с Катриной Каиф, что оба играть не умеют и даже эмоции не могут выразить, всегда с одним и тем же выражением снимаются в любых сценах. Но фанаты актера так взбунтовались, даже стали слать ему угрозы, что Маноджу пришлось перед ними извиняться за свое сравнение.
В 2004 году Махеш снялся вместе с Амишей Патель в фильме Naani, продюсером которого была его сестра Манджула. В то время как его одновременно снятая тамильская версия New с другим составом имела коммерческий успех, Naani провалилась в прокате. Провал «Нани» так угнетал Бабу и Манджулу, что они поехали расслабиться в Гоа, прежде чем возобновить свои другие обязательства.
В 2005 году Махеш появился в паре с Тришей Кришнан в киноленте «Под прицелом» (Athadu). Этой ролью он снова заработал положительную оценку критиков и вторую Nandi Award за лучшую мужскую роль наемного убийцы. Этот фильм Athadu собрал Р22 крора в прокате. Критик из Idlebrain помянул, что Махеш Бабу тут выглядит очень стильным профессиональным убийцей.
B этом же году 10 февраля он женился на своей девушке, актрисе Намрате Широдкар. А 31 августа 2006 родился их первенец Гаутам Кришна. А в 2014 мальчик сыграл с отцом роль персонажа Махеша в юности. Дочь Ситара родилась 20 июля 2012. Многие осуждали Махеша, что он выбрал в спутницы девушку старше его на три года.
В 2006 году Махеш снялся в фильме «Покири» (Вооружён и очень опасен) в паре с Илеаной де Круз, стал самым кассовым фильмом на телугу, побив все предыдущие рекорды. Его прокат длился более 100 дней в 200 кинотеатрах штата. Фильм имел успех не только в Андхра-Прадеш, но также по всей Индии и за рубежом. Продюсером была его сестра Манджула. Сделанный с бюджетом в 100 миллионов рупий и снятый всего за шесть месяцев, «Покири» стал самым кассовым фильмом на телугу и был показан на 7-й церемонии награждения IIFA Awards в Дубае. Бабу получил похвалу за свое выступление, при этом Сунита Чоудари из The Hindu высказала мнение, что «игра Махеша позволяет ему легко вернуть титул звезды, затмив более сомнительные недавние ленты». Он выиграл награду Filmfare за лучшую мужскую роль телугу во второй раз. А Pokiri собрал Р67 крор в прокате.
Такой успех заитересовал и болливудских кинопроизводителей, и тогда решили переснять его на хинди с участием Шахрукхк Кхана, но, узнав, что в оригинале снялся Махеш, Шах отказался и отдал роль Салману Кхану. Фильм «Особо опасен» стал тоже хитом и спас карьеру Салмана, продлив ее еще на десятилетие.
В следующем 2007 году Бабу снялся в фильме Athidhi (Атиди), в котором Амрита Рао снялась в главной роли, что стало ее дебютом на телугу. Продюсировал фильм Рамеш, брат Махеша. UTV Motion Pictures приобрела права на распространение фильма за 185 миллионов рупий, что стало ее первым предприятием по производству фильмов на телугу. После этого Махеш сделал перерыв в карьере по семейным обстоятельствам. Единственное, над чем он работал за этот период озвучил фильм «Забава» (Джальса) (2008) с Паваном Кальяном в главной роли.
После «Атиди» Бабу взял перерыв от фильмов на семь месяцев, а затем подписал контракт на фильм Khaleja (Махеш Кхаледжа), но перерыв был непреднамеренно продлен еще на два года из-за нескольких отсрочек. За это время умерли бабушка Бабу и родители его жены Намраты. Махеш очень переживал потерю родного человека, потому что у бабушки жил все свое детство. Отец Кришна переживал за карьеру сына, так как съемки фильма откладывались так долго. Но Махеш продолжал часто сниматься в рекламах, так что проблем с финансами не возникало. После выпуска Khaleja получил неоднозначные отзывы критиков и коммерческий провал в Индии. Тем не менее, Бабу удалось хорошо зарекомендовать себя зарубежом. И тем не менее из Rediff.com дали фильму и игре актера оценку 3 из 5 и отметили: «Дуэт Махеш-Тривикрам представляет собой продукт, который можно смотреть, развлекательный с хорошим юмором, с хорошими песнями. Махеш душа фильма, будь то его диалоги, его действия, его танцы или эмоции, он не требует усилий. Фильм считается одним из 25 Величайших фильмов десятилетия на телугу».