Выше уже говорилось, что в 11-12 вв. Японию потрясали серьезные общественно-политические и экономические катаклизмы. В окончательный упадок пришла введенная в 7 в. надельная система землепользования (вся земля принадлежала государству и распределялась в виде наделов), составлявшая экономическую основу существования аристократии во главе с императорской семьей. Правда, уже в самом законодательстве о надельной системе крылись возможности его нарушения (в бессрочное пользование земли могли получать буддийские храмы, синтоистские святилища, а также некоторые категории лиц). В 10-11 вв. происходил интенсивный процесс превращения государственных земель в частные, в результате чего появились крупные феодальные кланы, владевшие огромными угодьями частновладельческого типа. Как правило, это были провинциальные (в силу ряда исторических обстоятельств), сильные в военном отношении, поскольку имели собственные вооруженные отряды, но весьма бесправные в политическом. В конечном счете разгорелась борьба за власть. Сначала ее захватил в 1156 г. клан Тайра, формально представлявший императорский дом, однако после ожесточенной тридцатилетней междоусобной войны победу одержал могущественный род ТайраТайра объявил себя военным правителем страны сёгуном. Новый режим, просуществовавший вплоть до конца 60 г. 19 в., получил в исторической литературе название "сёгунат". Фактической столицей страны стал г. Камакура, в котором обосновалось военное правительство бакуфу. Среди победившего военного дворянства (самурайства) единства, однако не было. Борьба между враждовавшими группировками привела к тому, что с первых десятилетий 13 в. страной управлял не сёгун, а сиккэн, нечто подобное канцлеру.
Еритомо, как и его последователи, не решился посягнуть на императорский трон и сделаться монархом как это часто бывало в Китае. Император и императорская система правления нужны были новым правителям прежде всего как идеологическое подспорье. Несмотря на распространение буддизма в японском обществе того времени вглубь и вширь, ни сегуны, ни сиккэны не могли себе позволить лишиться формального благословения своим действиям со стороны "сына Неба". Конечно, это только одна из причин нежелания действительных правителей Японии прервать цепочку потомков богини Солнца, каковыми считались монархи, на императорском троне.
Монархи не всегда мирились со своим бесправным положением. И императоры, и аристократия смотрели на сёгуна и его сподвижников, как на варваров, узурпировавших законную власть. Довольно сильная оппозиция сегунату ждала удобного случая для выступления против бакуфу распрей между кланами Минамото и Ходзе. Экс-император Готоба со своими сторонниками попытался возвратить власть императорскому дому. Вооруженная борьба продолжалась три года, но в конце концов сиккэну Готоба удалось подавить выступление мятежного императора. События 1219-1221 гг. получили название "смуты годов Дзеэй". Для предотвращения подобных выступлений в будущем бакуфу поставило в Хэйане гарнизон войск со специальным уполномоченным. Наместнику сиккэна при императорском дворе вменялось в обязанность следить за лояльным отношением императора и аристократии к правительству в Камакура. Кроме того, сиккэн конфисковал большое количество земель, принадлежавших мятежникам, и разделил их между своими приверженцами, главным образом между теми, кто участвовал в походах против восставших. В результате принятых бакуфу мер императоры не имели реальной возможности претендовать на власть более ста лет, экономическое положение старой аристократии (не говоря уже о политическом статусе) было серьезно подорвано.
Вследствие указанных причин старая буддийская церковь, можно сказать кровными узами связанная с аристократией, не могла быть идеологической опорой нового режима. Бакуфу не стеснялось расправляться с монахами, слишком рьяно поддерживавшими старые порядки и пропагандировавшими реставрацию императорской власти. Данное обстоятельство еще раз подчеркивает тот важный факт, что сёгунат не шел ни на какие компромиссы с аристократией (в данном случае мы имеем в виду прежде всего императора и императорскую семью). Некоторые уступки не меняли общей картины. Объединение Тэндай было слишком сильно экономически и имело хорошо вооруженные отряды самообороны, состоявшие из монахов и подчиненных им крестьян. Поэтому монастыри находились в относительной безопасности от прямого военного нападения со стороны бакуфу. К этому времени культовые учреждения Тэндай-сю (например, монастыри на горе Хиэй) и в меньшей степени Сингон-сю превратились в государства и стали центрами потенциальной оппозиции, политической и военной, сегунату. Равновесие сил сохранялось до второй половины 16 в., когда феодал Ода Нобунага, сторонник сильного центрального правительства, сжег все монастыри и храмы Тэндай- сю на горе Хиэй.