Основателями первых буддийских школ чаще всего были монахи, обучавшиеся в Китае. Сами школы, точнее говоря, их учения в готовом виде трансплантировались из Китая на местную почву. Однако в философский "багаж" собственно японского буддизма вошли теоретические разработки всех без исключения шести первых школ, что видно даже при беглом обзоре доктрин Тэндай, Сингон, Нитирэн, Дзэдо, Дзэн во всех их разновидностях. Отсюда следует исключительно важный вывод: философские и догматические положения шести школ являются органической частью японского буддизма. Они стали настолько же японскими, насколько являются китайскими (корейскими, тибетскими и в своих истоках индийскими).
Первые шесть буддийских школ (школа по-японски "сю") это: Санрон-сю (школа "Трех трактатов" название получила по числу канонических текстов, на которых базируется ее учение), Дзедзицусю (школа "Постижения истины" названа по каноническому для нее сочинению буддийского мыслителя Харивармана), Куся-сю ("Куся" сокращенное японское название канонического для школы трактата "Абхидхарма-коша" буддийского мыслителя Васубундху), Хоссо-сю (школа "Вид дхарм" в названии отражена одна из важнейших философских доктрин школы), Риссю (школа Заповедей), Кэгон-сю (школа Величия цветка сокращенное японское именование базисной для школы сутры). Традиция точно указывает годы возникновения каждой школы (от 625 до 753 г.), однако даты не всегда соответствуют действительному времени их появления: процесс становления школ был долгим и сложным, и об их более менее законченном оформлении можно говорить начиная с первых десятилетий 8 в.
Наибольшее влияние на формирование японского буддизма оказали три из первых шести школ: Санрон, Хоссо и Кэгон Будучи по своему характеру махаянистскими, они каждая по своему обосновывали конечную нереальность единичного (отдельного) и истинную реальность абсолютного.
В Санрон-сю все единичное признавалось не имеющим собственной сущности (выражаясь языком школы, "собственной природы"), поскольку единичное выявляется только относительно чего-то другого (второго единичного). Например, черное есть черное лишь в противопоставлению нечерному, самого по себе черного нет, поэтому оно не является истинно реальным. Таковым может быть нечто безотносительное, не имеющее каких-либо границ (ограничений), другими словами Абсолют. Следовательно, утверждается истинная реальность абсолютного, которое, как уже говорилось, в махаяне отождествляется с Буддой в "теле Закона". Представители Хоссо признавали реальным только некое единое сознание, эквивалентное для них Абсолюту. Все феномены объявлялись мыслительными конструкциями. Идеологи Кэгон-сю доказывали конечное тождество между абсолютным и феноменальным уровнями бытия и отсутствие сущностных различий между феноменами. Подобные теоретические выкладки стали органическим элементом доктринальных комплексов позднейших буддийских школ.
В начале 9 в. в Японии появляются две школы Тэндай и Сингон, превратившиеся со временем в крупнейшие на островах буддийские объединения. В деятельности этих школ как в зеркале отразились все перипетии истории страны и общественной мысли 9-12 вв; в конце же 12 начале 13 в. завершился (о чем речь пойдет ниже) важнейший этап социального развития островного государства.
Школа Тэндай была основана Сайте (767-822), посмертное имя Дэнгэ-дайси, после его поездки в Китай в 804 г. Базисные догматические и философские положения школы были разработаны и систематизированы видным китайским буддистом Чжии (528 597) и его учеником Мяолэ. Организационное оформление ее произошло в храмах на горе Тяньтай, по имени которого школа получила название (Тэндай японское произношение китайского Тяньтай). Тяньтайское учение составило ядро доктринального комплекса Тэндай-сю, хотя уже во времена Сайте большую роль здесь играли элементы эзотерического буддизма и амидаизма, удельный вес которых с середины 9 в. все более усиливался. Вся сила рассуждений Чжии была направлена на доказательство наличия "природы" (естества) Будды во всем сущем человеке и окружающем его мире.
В конце 8 века Японию потрясали политические кризисы, связанные с престолонаследием. Крупные феодальные кланы боролись за монопольное влияние на императорскую семью. В результате в 794 г. после десятилетнего строительства начинает функционировать новая столица страны город Хэйан (совр. Киото), куда переезжает императорский двор и правительство. Кроме того, в 70-х годах 8 в. сложились достаточно напряженные отношения между государством и буддийской церковью, вызванные с точки зрения двора, непомерно большими претензиями буддийской монашеской элиты и зависимостью от последней светских властей. Именно поэтому в новую столицу не были перенесены даже главные храмы, находившиеся в прежней столице Нара, хотя подобная акция вполне соответствовала бы предшествующей традиции.