А затем началась война, которая отняла у них старшую дочь: в 1942 году она погибла в ленинградскую блокаду вместе с дедушкой - тестем Николая Черкасова.
В первые месяцы войны Черкасов попал в числе других эвакуированных жителей Ленинграда в Новосибирск. Там он создал концертную бригаду из артистов Театра имени А. С. Пушкина и отправился с гастролями на корабли Балтийского флота. В апреле 1943 года актера вызвали в Алма-Ату для съемок в фильме "Иван Грозный" (режиссер С. Эйзенштейн). 28 октября 1944 года состоялся просмотр первой серии фильма на большом художественном совете. Картину посмотрел Сталин и остался доволен ею. 20 января 1945 года в московском кинотеатре "Ударник" состоялась широкая премьера фильма.
На волне этого успеха съемочный коллектив приступил к работе над второй серией картины. Однако судьба этой части фильма оказалась печальной. Еще в процессе работы над ней у Черкасова и Эйзенштейна появились существенные разногласия. По мнению актера, во второй части Иван Грозный начал превращаться в человека нерешительного, слабохарактерного, безвольного. Такое же мнение выразил по этому поводу и Сталин, который 25 февраля 1947 года принял в Кремле Эйзенштейна и Черкасова. Эта беседа протекала в форме дружественной критики, однако на судьбе картины это отразилось плачевно: фильм положили на полку, где он пролежал 11 лет.
На следующий день после беседы в Кремле Николаю Черкасову было присвоено звание народного артиста СССР. А С. Эйзенштейн оказался не у дел и ровно через год скончался.
Весной 1946 года состоялась первая заграничная поездка Черкасова - в составе делегации деятелей советской кинематографии он вылетел в Чехословакию на фестиваль советских фильмов. Через несколько месяцев после этого судьба вновь забросила его в эту страну: режиссер Григорий Александров предложил актеру одну из главных ролей в своем новом фильме "Весна", съемки которого должны были проходить в Чехословакии. Именно во время этих съемок актер едва не погиб. В тот роковой день он сидел за рулем автомобиля, в котором, кроме него, находились еще двое: Любовь Орлова и Григорий Александров. На одном из поворотов машину занесло, и она врезалась в дерево. В результате Александров сломал ключицу, Черкасову выбило несколько зубов и сильно повредило лицо. И только сидевшая на заднем сиденье Орлова практически не пострадала. Именно из-за этой аварии Черкасову пришлось отказаться от главной роли доктора Петрова в фильме "Во имя жизни" и сняться в эпизоде - в роли старого сторожа Лукича.
На рубеже 40 - 50-х годов (когда на 16 советских киностудиях снималось всего 10 - 15 картин в год) Черкасов без дела не сидел. Правда, и фильмы, в которых он тогда снимался, ничего выдающегося собой не представляли. Это в основном были историко-биографические картины: "Адмирал Нахимов" (1946), "Пирогов" (1947), "Академик Иван Павлов", "Александр Попов", "Счастливого плавания" (все - 1949-й), "Мусоргский", "Жуковский" (оба - 1950-й), "Белинский" (1951), "Римский-Корсаков" (1953), "Они знали Маяковского" (1955). Из этих фильмов только в трех ("Александр Попов", "Счастливого плавания" и "Мусоргский") актеру достались главные роли. В 1950 году, за роль Левашова в картине "Счастливого плавания", Черкасову была присуждена пятая по счету (последняя в его карьере) Сталинская премия.
Стоит отметить, что если загруженность Черкасова в кино в те годы была достаточно высокой, то в Театре имени А. С. Пушкина новых ролей у него практически не было. Он играл только в четырех спектаклях: "Великий государь", "Жизнь в цвету", "Борис Годунов" и "Ревизор". На большее у него просто не хватало ни времени, ни сил. Ведь актер занимался еще и общественной деятельностью как член Советского комитета защиты мира. В этом качестве он тогда объездил чуть ли не полмира.