Наследие Фонда в ВОЗ проявилось и в пропаганде институционализации международного здравоохранения, и в доминировании технической модели искоренения болезней и практике внешнего контроля за разработкой программ. Именно у МОЗ была перенята практика, положенная в основу важных вертикальных кампаний ВОЗ по искоренению малярии, оспы и других болезней.
Вертикальная программа представляет собой утверждённый план действий, направленный на достижение конкретного результата по индивидуально взятому заболеванию, и специально созданное для этих целей структурное подразделение. Их преимущество заключается в чётком формулировании цели, а определённый риск в том, что направление в страны групп специалистов для борьбы с каким-либо заболеванием могло привести к тому, что национальные средства, изначально предназначенные на эти цели, могли быть перенаправлены в друге области. В таком случае получалось, что ВОЗ брала на себя часть расходов по национальному здравоохранению.
Первой масштабной программой, предпринятой ВОЗ в 1955 г., стала кампания по искоренению малярии, важной фигурой в организации которой стал Сопер, глава Панамериканской организации здравоохранения. Но она потерпела неудачу. Зато следующая программа по искоренению оспы, начатая в 1966 г., стала главным успехом, достигнутым ВОЗ в её деятельности. Но во многом это была заслуга СССР.
С возвращением СССР в ВОЗ и возрастанием его влияния в международных организациях, а также в связи с ростом числа новых, освободившихся от колониальной зависимости стран Африки и Азии, а позднее и стран Карибского бассейна, Фонд начал всё больше удаляться от ВОЗ. Причём кажется парадоксом, что произошло это именно тогда, когда у руководства этой организации, с 1953 по 1973 гг., стоял Марколино Гомес Кандау, бразильский доктор, бывший стипендиат Фонда Рокфеллера, работавший в своё время в МОЗ, то есть человек из его круга. Но, опять же, Фонд исходил из того, что, поскольку его подход борьбы с болезнями здесь прочно укоренился, активное присутствие его было излишним.
Усилия по борьбе с малярией финансировались теперь в основном правительством США (и некоторыми другими), за счёт «добровольных» взносов, а не регулярных взносов стран-членов, что ещё дальше отодвинуло Фонд от ВОЗ. Период, когда он был главным советником, закончился, и ВОЗ превратился из организации, руководствующейся приоритетами и повесткой дня Фонда, в организацию, подчиняющуюся влиятельным, гораздо более крупным донорам, в первую очередь самим США.
В целом деятельность ВОЗ всё больше усложнялась. В условиях холодной войны к её структурам присоединились двусторонние учреждения, международные финансовые учреждения и другие учреждения ООН, а также большой круг гуманитарных и неправительственных организаций (НПО). В рамках своего политического и идеологического соперничества страны-представители двух систем инвестировали в создание инфраструктуры здравоохранения, строили больницы, клиники и фармацевтические заводы, спонсировали тысячи научных стипендий и участвовали в кампаниях по борьбе с болезнями, сопоставимых с кампаниями, проводимыми Фондом Рокфеллера.
Советские специалисты принимали всё более активное участие в создании и осуществлении подавляющего большинства программ ВОЗ, работая в качестве экспертов, консультантов и сотрудников этой организации в штаб-квартире ВОЗ, её региональных бюро и непосредственно в странах-членах организации. По инициативе СССР IX Всемирная ассамблея здравоохранения в 1958 г. приняла программу ликвидации в мире оспы, а в 1980 г. XXXIII сессия ассамблеи провозгласила победу над этим заболеванием. СССР внёс существенный вклад в это дело, направляя в ВОЗ и в некоторые страны экспертов и консультантов, а также безвозмездно поставляя им на протяжении многих лет противооспенную вакцину.
Деятельность ВОЗ состояла в помощи странам в развитии национальных служб здравоохранения, в подготовке и усовершенствовании медперсонала, в организации сотрудничества по вопросам, представлявшим всеобщий интерес (борьба с инфекционными болезнями, международный карантин, международная классификация болезней, травм и причин смерти, распространение статистической информации, разработка спецификации фармацевтических препаратов и контроль за их качеством, медицинские аспекты международного контроля за наркотиками и пр.), содействии в проведении научных исследований по наиболее важным проблемам медицины и их координации[49].
ВОЗ помогала развивающимся странам в создании и реорганизации органов и учреждений здравоохранения и в планирования этой системы. По предложению советской делегации и делегаций соцстран в 1970 г. была принята резолюция об основных принципах развития национальных служб здравоохранения, жизненность и эффективность которых была подтверждена многолетним опытом социалистического здравоохранения. Успешному решению проблемы подготовки кадров здравоохранения призваны были способствовать и принятые по инициативе советских делегаций в 1971 и 1972 гг. основные принципы подготовки национальных медицинских кадров и определение понятия «врач». На базе советских НИИ функционировало 110 сотрудничающих с ВОЗ центров и осуществлялась разработка международных научных программ и проектов. Советские НИИ активно сотрудничали с ВОЗ также по проблемам тропических болезней, гигиены, репродукции человека, иммунологии, генетики, психиатрии, стандартизации медицинских биологических препаратов, зоонозов и др[50].