В первые сто лет экспансии ислама было много противоречий, из-за которых возникали недовольство, обиды и притязания, выражавшиеся в сектантских разногласиях и бунтах. Распространение ислама путем перехода в него из другой веры привело в исламскую общину большое количество новообращенных, которые из своей христианской, иудейской и иранской жизни принесли религиозные идеи и отношения, неизвестные первым арабам-мусульманам. Эти новообращенные хоть и были мусульманами, но не были арабами, и еще меньше аристократами. Низкий общественный и экономический статус, установленный для них доминирующей арабской аристократией, вызывал чувство несправедливости и делал их готовыми новобранцами в различные движения, которые ставили под вопрос законность существующего порядка. Да и сами арабы-завоеватели не были невосприимчивы к такому недовольству. Благочестивые арабы осуждали мирскую суетную жизнь халифов и правящих групп; арабов-кочевников возмущала агрессия власти; и многие другие люди, страдавшие от острых экономических и общественных противоречий, которые сопровождали завоевание и накопление богатств, стали разделять обиды и надежды новообращенных. Многие из них имели традиции политического и религиозного легитимизма: иудеи и христиане верили в святость и окончательную победу царского дома Давида благодаря миропомазанному Мессии; зороастрийцы ожидали пришествия Саошияна спасителя, который восстанет в конце времен из святого семени Зороастра. После принятия ислама их привлекли притязания представителей рода Пророка, которые обещали положить конец несправедливости существующего порядка и исполнить обещания ислама.
В превращении шиизма из группы людей в секту два события имеют особое значение, и оба стали следствием попыток шиитов свергнуть халифат Омейядов. Первую попытку в 680 году возглавил Хусейн сын Али и его жены Фатимы, дочери Пророка. В десятый день месяца Мухаррам в местечке Карбала в Ираке Хусейн, члены его семьи и его последователи столкнулись с вооруженным отрядом Омейядов и были жестоко перебиты. В этой бойне погибли около семидесяти человек; выжил лишь больной мальчик Али ибн Хусейн, которого оставили лежать в палатке. Эта трагическая мученическая смерть родственника Пророка и волна страданий и покаяния, последовавшая за ней, добавили религиозного пыла шиитам, воодушевленным мощными токами страдания, страсти и искупления.
Второе событие имело место в конце VII начале VIII века. В 685 году некий Мухтар, араб из Куфы, возглавил бунт от имени сына имама Али, известного как Мухаммад ибн аль-Ханафия, который, по его словам, был имамом истинным праведным главой мусульман. Мухтар потерпел поражение и был убит в 687 году, но его движение не угасло. Когда сам Мухаммад ибн аль-Ханафия умер приблизительно в 700 году, нашлись такие, кто сказал, что имамат перешел к его сыну. Другие утверждали, что он на самом деле не умер, а скрылся на горе Радва недалеко от Мекки; оттуда в указанное Богом время он возвратится и одержит победу над своими врагами. Такого имама-мессию называют Mahdi (Махди) «ведомый Богом по истинному пути».
Эти события послужили началом длинной череды религиозных бунтарских движений. В таком движении есть две центральные фигуры: имам, который иногда является Махди и праведным вождем и приходит, чтобы уничтожить тиранию и установить справедливость, и dai «призыватель», который проповедует, а зачастую и придумывает его послание, привлекает к нему учеников и, наконец, возможно, ведет их к победе или мученической смерти. В середине VIII века одно из таких движений даже добилось временного успеха: свергло Омейядов и заменило их на Аббасидов другую ветвь рода, к которому принадлежали и Пророк, и Али. Но в час своего триумфа халифы Аббасиды отреклись от этой секты и dais, которые привели их к власти, и избрали путь стабильности и преемственности в религии и политике. Последовавший крах революционных надежд дал толчок новому ожесточенному недовольству и новой волне экстремистских и мессианских движений.
На начальном этапе и вероучение, и организации шиитов подвергались изменениям. Появлялись многочисленные претенденты, утверждавшие с различной степенью правдоподобия, что являются членами или посланниками рода Пророка, и, обогатив мифическое описание ожидаемого искупителя какими-то новыми подробностями, исчезали из поля зрения. Их программы варьировались от умеренной, более или менее династической оппозиции до экстремального религиозного инакомыслия, очень далекого от общепринятого учения ислама. Повторяющейся чертой является культ святого человека имамов и dais, обладавших, как считалось, чудесными силами и вероучения которых отражают мистические и просветительские идеи, взятые из гностицизма, манихейства и различных иранских и иудейско-христианских ересей. Среди приписываемых им верований есть вера в реинкарнацию, обожествление имамов и иногда даже dais и присущий им либертинизм отрицание всех законов и ограничений. В некоторых случаях например, среди крестьян и кочевников в отдельных регионах Персии и Сирии возникали самобытные местные религии в результате взаимовлияния шиитских учений и более древних местных культов и верований.