К сожалению, огромный и кропотливый труд американских криптослужб не смог предупредить нападение Японии на военно-морскую базу в Пёрл-Харборе, который произошло в тринадцать часов (по Вашингтонскому времени) 7 декабря 1941 года. Во-первых, несмотря на большой объём дешифрованной японской переписки, ни в одной телеграмме не шла речь о нападении на Пёрл-Харбор. Во-вторых, американская военно-морская разведка не имела никакой информации о местонахождении и движении японского флота из-за его радиомолчания и других мер по безопасности связи.
Кстати, на территории базы работало подразделение радиоразведки, которое обслуживало Тихоокеанский флот США и состояло из 30 офицеров и рядовых. Его начальником был Джозеф Рошфор, перед которым стояла задача перехвата и прочтения японских радиограмм, зашифрованных военно-морским кодом «JN-25» (англ. Japanese Navy code 25).
После нападения японцев на Филиппинские острова генералу Дугласу Маккартуру было приказано покинуть Филиппины и создать базу для Армии США в Австралии. Он, понимая необходимость службы радиоразведки, своим приказом 15 апреля 1942 года создал Центральное бюро радиоразведки в Мельбурне (впоследствии оно было перебазировано в Брисбен).
В июле 1942 года капитан «SIS» Абрахам Синков прибыл в Мельбурн как руководитель американского подразделения Центрального бюро. Его формально возглавлял генерал С. Эйкин, но в действительности он редко появлялся в этой организации, поэтому фактически руководство бюро осуществлял Синков.
Он проявил хорошие организаторские способности и сумел в короткий срок сформировать единую профессиональную команду из американцев и австралийцев. Деятельность бюро радиоразведки способствовала успеху действий американской армии в воздушной войне против японцев и позволила одержать ряд побед в операциях на Новой Гвинее и Филиппинах.
После начала войны объём работы «SIS» стремительно возрос. Численность службы за предыдущие 2 года увеличилась в 9 раз и продолжала расти, в связи с чем в августе 1942 года личный состав службы перебрался из Вашингтона в Арлингтон-Холл просторное здание прежней частной школы, расположенной в одном из предместьев штата Вирджиния на побережье реки Потомак. Практически одновременно с переездом состоялись организационные изменения в Управлении начальника войск связи Армии США.
«SIS» была реорганизована в Направление безопасности связи «SSB» (англ. Signal Security Branch). В её состав вошли батальон радиоразведки, школа радиоразведки и криптологии и 4 секции, имевшие литерные обозначения: «А» административная, «В» радиоразведки и криптоанализа, «С» безопасности связи и криптографии, «D» тайнописи. С целью координации деятельности полевых постов радиоперехвата в составе «SSB» была сформирована секция «Е», а в декабре 1942 году секция «F», основным назначением которой стала организация работ по созданию новой шифровальной аппаратуры для Армии США.
Основными «поставщиками» материалов радиоперехвата для криптоаналитиков Арлингтон-Холла были подразделения Второго батальона радиоразведки, созданного 2 апреля 1942 года в результате увеличения численности и изменения структуры Второй роты. При участии личного состава батальона в сентябре того же года был создан новый стационарный пост радиоперехвата в Винт Хилл Фармс (штат Вирджиния), а немного позже еще 2 поста, в штате Калифорния и на Аляске. В период Второй Мировой войны численность батальона существенно возросла и одно время достигала около 5 тысяч человек.
В 1942 году военно-морская радиоразведка «Op-20-G» была реорганизована, на базе которой была создана Организация разведки коммуникаций ВМФ «CIO» (англ. Communications Intelligence Organization) под руководством капитана 3-го ранга Саффорда, ставшая центром спецслужб ВМФ.
Она должна была разрабатывать военно-морские шифры, перехватывать проводные и радиосообщения, пеленговать радиостанции и осуществлять криптоанализ шифров противника. Часть отмеченных функций предусматривалось выполнять только в случае ведения армией боевых действий.
Деятельность «CIO» распределялась между подразделениями в Вашингтоне, на Гавайях и Филиппинах. Филиппинское подразделение размещалось в тоннеле крепости Корехидор и было оснащено 26 радиоприёмниками, аппаратурой для перехвата передачи данных и автоматического производства схем и таблиц. Из 700 офицеров и рядовых военно-морских учреждений радиоразведки 2 трети были заняты перехватом сообщений и только одна треть криптоанализом и переводами.
Саффорд распределил свой персонал таким образом: в Пёрл-Харборе служили наилучшие офицеры, большинство из которых имели по четыре-пять лет опыта радиоразведки; команда в Корехидоре имела всего 3 или 4 года опыта; в Вашингтоне отвечали за общее наблюдение и учёбу здесь служили самые опытные со стажем более 10 лет. Но до 90 % сотрудников не имели и годового опыта.
Саффорд разделил «CIO» на 3 секции. Руководитель 1-й, капитан второго ранга Джордж Уэлкер занимался радиоперехватом и пеленгацией, 2-й Ли Парк криптоанализом, 3-й Крамер переводом и рассылкой материалов. Самой первой задачей подразделений было добывание материалов для обработки его криптоаналитиками.