С 1 января 1898 года розыскная деятельность Третьего делопроизводства была передана в Особый отдел. Он стал ведать внутренней и заграничной агентурой, вести негласное наблюдение за корреспонденцией подданных, высших сановников государства, членов императорской семьи, подозреваемых в нежелательных связях.
Особый отдел следил за политическим настроением всех слоев русского общества, за деятельностью политических партий, других организаций, вел регистрацию произведений нелегальной печати, ведал политическим сыском.
Первоначально Особый отдел состоял из 4-х отделений. На январь 1905 года распределение обязанностей между ними выглядело следующим образом: 1-е отделение руководило НН, 2-е внутренней агентурой, 3-е осуществляло контроль над учебными заведениями и общественными организациями, в ведении 4-го отделения находились вопросы, связанные с военным шпионажем и государственной изменой, т. е. вопросы контрразведки.
4-е делопроизводство ДП наблюдало за ходом политического дознания в губернских жандармских управлениях (далее ГЖУ), осуществляло надзор за рабочим и крестьянским движением, за легальными структурами самоуправления. 5-е делопроизводство ведало гласным и негласным надзором.
6-е делопроизводство следило за изготовлением, хранением и перевозкой взрывчатых веществ, фабрично-заводским законодательством и его выполнением, выдачей справок о политической благонадежности лицам, поступающим на государственную и земскую службу.
7-е делопроизводство дублировало 4-е. 8-е делопроизводство заведовало уголовным розыском и сыскным отделением. 9-е делопроизводство занималось контрразведкой и надзором за военнопленными. ДП имел гласную и негласную агентуру, особый денежный фонд, не подлежащий государственному контролю.
В 1902 году ДП предпринял определённые шаги по усилению в ГЖУ работы с секретной агентурой и издал циркуляр об организации при жандармских управлениях агентурно-наблюдательных пунктов.
С осени во многих городах были созданы розыскные пункты и охранные отделения. В таких условиях функции ГЖУ стали меняться и за ними остались, главным образом, обязанности по производству дознаний по политическим делам. Политический розыск переходит в охранные отделения.
ГЖУ во всех городах империи производили аресты, производили следствие по государственным и политическим делам. Жандармы боролись с массовым крестьянским и рабочим движением, осуществляли сыск революционных организаций, сопровождали особо опасных преступников, докладывали царю о настроениях в обществе. В России действовали 150 жандармских команд, жандармские полки в армии, лейб-гвардии жандармский полуэскадрон.
6 июля 1908 года был принят закон «Об организации сыскной части», которым официально учреждались сыскные отделения полиции во всех крупных губернских городах Российской империи. В уездах создавались сыскные отделения 4-х разрядов в зависимости от количества жителей города. В соответствии с разрядом определялась штатная численность сыскного отделения.
9 августа 1910 года вышла «Инструкция чинам сыскных отделений». В инструкции было отмечено, что «основной целью деятельности сыскных отделений является негласное расследование и производство дознаний в целях предупреждения и пресечения, раскрытия и преследования преступных деяний общеуголовного характера, путём систематического надзора преступными и порочными элементами, используя негласную агентуру и НН».
12 августа 1902 года Министр внутренних дел В.К. Плеве утвердил Положение о начальниках розыскных отделений, по которому они прикомандировались к местным ГЖУ, но в оперативном отношении оставались в подчинении ДП.
Штаб ОКЖ видел в реформе усиливающееся влияние ДП. Часть офицеров уходила из-под его власти, и в корпус вливалось штатское начало, так как весь уклад службы и обихода охранных отделений резко отличался от жандармских управлений.
Талантливым контрразведчиком был ротмистр В.Н. Лавров, который в то время на должности адъютанта в Тифлисском ГЖУ занимался организацией оперативно-розыскной работы. 13 августа 1902 года он был назначен первым начальником Тифлисского розыскного отделения.
С августа 1902 по конец мая 1903 года Лавров выполнял обязанности руководителя русской секретной полиции в Грузии. 4 июня 1903 года приказом 63 по ОКЖ Лавров был переведен в распоряжение начальника Главного штаба русской армии.
Вместе с ним по межведомственной договоренности из Тифлиса в Петербург прибыли два наблюдательных агента: запасные сверхсрочные унтер-офицеры Александр Зацаринский и Анисим Исаенко. А впоследствии в составе «разведочного» отделения стал работать и старший наблюдательный агент того же охранного отделения губернский секретарь Перешивкин.
Контрразведывательное подразделение Главного Штаба быстро становилось «на ноги». В своем первом отчёте «Об организации и деятельности разведочного отделения за 1903 год» Лавров отмечал:
«постепенным ознакомлением с делом выяснилось, что для установления деятельности военных шпионов одного наружного наблюдения совершенно не достаточно является необходимой в помощь наружному наблюдению хорошая внутренняя агентура Наружные агенты работают на улице, а внутренние на квартирах, в разных правительственных учреждениях, в гостиницах, ресторанах и проч[ее]. В объем деятельности внутренних агентов входит и наблюдение за корреспонденцией»