Выход войск ГА «Юг» на Днепр, на дальние подступы к Крымскому полуострову заставил задуматься о дальнейшем усилении его обороны. 14 августа 1941 г. директивой Ставки ВГК 00931 формируется 51-я отдельная армия (на правах фронта), непосредственно подчиненная Ставке. Надо сказать, что в директиве 00931 было прямо сказано: «немедленно развернуть с привлечением местного населения инженерные работы по усилению обороны территории полуострова, прочно закрыв в первую очередь пути на полуостров фронтом на север»[11]. Возглавил 51-ю армию Ф.И. Кузнецов, фактически пониженный с должности командующего Северо-Западным фронтом в Прибалтике. Тем не менее в Прибалтике Кузнецов продемонстрировал самостоятельность принимаемых решений. В состав 51-й армии помимо корпуса П.И. Батова включили свежесформированные 271-ю и 276-ю стрелковые, 40, 42 и 48-ю кавалерийские дивизии. Помимо этого в Крыму из местных ресурсов (в том числе НКВД) формировались еще четыре дивизии. Первоначально они имели свою, крымскую, нумерацию (с 1-й по 4-ю), позднее получили общеармейские номера.
Принято считать, что советское командование увлеклось противодесантной обороной Крыма, и удар на Перекопе оказался неожиданным. Это мнение сильно упрощает реальную ситуацию. Во-первых, в приказе 1 51-й армии от 17 августа 1941 г., с которого начал свою деятельность в Крыму новый командарм, ясно сказано: «9 ск (106, 156 и 271 сд) с 6.00 21.8.41 оборонять Чонгарский полуостров, Перекопский перешеек и Евпаторийский полуостров во взаимодействии с береговой обороной Черноморского флота»[12]. Командиру 9-го ск предписывалось лишь до сформирования новых дивизий оставить на евпаторийском побережье полк 106-й сд и батальон 156-й сд в Феодосии. А.В. Басов в своей фундаментальной работе по истории Крыма в ВОВ ошибается, приписывая Ф.И. Кузнецову решение оставить в районе Феодосии и Евпатории 156-ю сд и 106-ю сд целиком, в полном составе[13]. Вновь прибывающую свежесформированную 276-ю сд командующий 51-й армии первоначально как резерв размещал в районах Джанкой, Симферополь, Карасубазар. Т. е. в узлах дорог, откуда она могла быть переброшена на угрожаемое направление, причем с явным тяготением к северу Крыма.
Во-вторых, в своем докладе Верховному Главнокомандующему о плане обороны Крыма 28 августа 1941 г. Ф.И. Кузнецов прямо писал, что в «ближайшее время крупных морских десантов противник не сможет высадить в Крым с моря»[14] ввиду господства на море Черноморского флота. Более вероятной считалась высадка воздушного десанта, для которого вся равнинная центральная часть Крыма была одной огромной посадочной площадкой. В отношении северного направления (т. е. Перекопа и Чонгара) было четко сказано: «По количеству ожидаемых сил противника оно самое опасное»[15]. Главным критерием при расстановке сил Ф.И. Кузнецовым являлась боеспособность вверенных ему соединений. На оборону Перекопа и прикрытие Сиваша он поставил лучшие дивизии довоенного формирования 156-ю и 106-ю стрелковые дивизии. Последняя при этом была растянута на фронте в 70 км за Сивашем. 276-я дивизия нового формирования прикрывала Чонгар и Геническ. Остальные соединения 51-й армии, оцениваемые как «слабо сколоченные», получили противодесантные задачи, а кавдивизии стали подвижным резервом. 1 сентября 1941 г. 40, 42 и 48-я кавдивизии были приказом Ф.И. Кузнецова объединены в конную группу под руководством командира 48-й кд генерал-майора Д.И. Аверкина[16]. Крымские дивизии на тот момент не имели в достаточном количестве вооружения и снаряжения, и их боевая ценность была достаточно условной. Кроме того, Ставка и Генштаб требовали «всемерно усилить оборону северного участка, не ослабляя противодесантную оборону полуострова». Собственно, как показала борьба за Крым в последующие периоды, германское командование, несмотря на господство на Черном море, вовсе не чуралось десантных операций локального характера.
Причем Ф.И. Кузнецов в докладе Б.М. Шапошникову признавал, что на Перекопе и Чонгаре уже к его приезду в качестве командующего 51-й армии было четыре батальона, однако «оборона не была подготовлена». Новый командующий сразу же энергично берется за дело. 18 августа следует его приказ, первым пунктом которого идет: «Оборону Чонгарского и Перекопского перешейков строить непрерывно днем и ночью»[17]. Далее указывается: «Чонгарский перешеек занять и оборонять 276 сд»[18]. Ярче же всего свое отношение к возможным десантам Ф.И. Кузнецов обозначил фразой: «106 сд оборонять малыми силами Евпаторийский полуостров, а два полка этой дивизии иметь вторым эшелоном для действий на Перекопском или Евпаторийском направлениях»[19]. Завершает картину настроений Ф.И. Кузнецова фраза «Приказа об отступлении не будет». Также командарм приказывает привлечь для «работы по укреплению севера» 2025 тысяч человек рабочей силы, в том числе местного населения, и уже 20 августа следует выволочка П.И. Батову за невыполнение этого распоряжения. По мере готовности крымских дивизий Ф.И. Кузнецов полностью нацеливает 106-ю сд в состав первого эшелона обороны входов и выходов Сиваша.