Найвищої активності морські походи досягли в 16001620 роках за гетьмана Петра Конашевича-Сагайдачного (1578(?)-1622). Під його керівництвом козаки у 1605 році взяли турецьку фортецю Варну, а наступного року Кафу. До 1616 року він здійснив ще кілька успішних походів проти султанської Туреччини та Кримського ханства, захопив Очаків, Перекоп, Синоп, Трапезунд та знову Кафу. Особливо успішним було взяття Кафи: козаки захопили фортецю, знищили 14-тисячний турецький гарнізон, спалили флот та звільнили тисячі українських невільників, адже в місті знаходився головний невільничий ринок Криму.
Петро Сагайдачний
Відзначився гетьман Сагайдачний і у сухопутних битвах. В 16201621 роках він очолив 40-тисячне військо, яке разом із польською армією завдало поразки турецько-татарському війську під Хотином. Але у ході цієї битви визначного полководця було поранено отруйною стрілою, і 20 квітня 1622 року він помер. Сьогодні неподалік від колись неприступних стін Хотинської фортеці на високих дністрових кручах йому встановлено памятник.
В Донецькій області, на кордоні з Росією, є незвичайний археологічний памятник Савур-Могила (Саур-Могила). Як розповідає легенда, це могила козака Савура (Сави, Савки), який загинув у цих місцях у нерівному бою з ординцями.
Козаки були чудовими зброярами, уміли навіть виготовляти порох. З 1511 року вони користувалися рушницями, а окрім того пістолями, списами, шаблями, самопалами, бойовими молотами, пищалями та гарматами.
Козацька зброя
Француз Гійом де Боплан, який побував в Україні і бачив козаків, писав про них: «Вони кмітливі та щирі, вимогливі та щедрі, не жадібні до багатства, але надзвичайно цінують волю. Міцні тілом легко переносять спеку та холод, голод та спрагу. На війні стійкі, відчайдушні, сміливі і навіть легковажні, бо не цінують свого життя В більшості випадків закінчують життя на ложі слави убитими на війні».
Козацтво нерідко брало участь у селянських повстаннях, спрямованих проти гніту польської шляхти. Перше з них, яким керував український шляхтич та гетьман реєстрових козаків Криштоф Косинський, спалахнуло в 1591 році, але не увінчалося успіхом в травні 1593 року Косинський загинув у битві з військами князя Олександра Вишневецького. Більш потужним було повстання 1596 року під керівництвом сина ремісника Северина Наливайка. Поляки вважали його своїм найстрашнішим ворогом, а українська біднота національним героєм. Він розправився з магнатами і шляхтою на Волині та рушив на обєднання з білоруськими повстанцями. Наливайко провів дві значні битви проти армії Речі Посполитої під Білою Церквою і в урочищі Гострий Камінь і побудував під Лубнами укріплений табір. Але верхівка реєстрового козацтва зрадила вождя та його соратників: поляки увірвались до табору та вирізали майже усіх повстанців, а самого Наливайка після полону і тортур стратили у квітні 1597 року на майдані у Варшаві.
Криштоф Косинський
Северин Наливайко
Польська шляхта найжорстокішим чином розправлялася не тільки із очільниками повстань, але й з усіма, хто так чи інакше підтримував козаків. Особливо лютував князь Ієремія (Ярема Михайло) Вишневецький один з найбагатших магнатів України. Він володів тисячами садиб по обидва боки Дніпра. Однією з них був Вишневець (нині Тернопільської області). Жителі його й досі розповідають про «шалені шахи», в які полюбляв грати господар садиби. Гра відбувалася на велетенській, вимощеній чорним та білим камінням шаховій дошці. В ролі фігур виступали кріпаки Вишневецького. «Виграні» фігури одразу ставали власністю того з вельможних шахістів, хто їх «вигравав». Так знатний шляхтич розважався в мирний час, а дізнавшись про погроми та розорення польських садиб, скоєні повстанцями, він зі своєю 6-тисячною армією пройшов «вогнем і мечем» з Лівобережної України на захід, лишаючи на своєму шляху гори трупів.
В 30-ті роки XVII століття практично усю Україну було охоплено численними козацько-селянськими повстаннями. Ними керували козацькі гетьмани та кошові отамани Тарас Федорович (Трясило), Павло Бут, Яків Острянин, Дмитро Гуня, Іван Сулима. Останньому навіть вдалося у 1635 році знищити польську фортецю Кодак, побудовану на північ від Запорозької Січі спеціально для протидії запорожцям. Але щоразу мужні повстанці наражалися на зраду козацької старшини. Польська влада не тільки придушила усі повстання, але і ввела з 1638 року більш суворі умови організації козацького війська: було відмінено козацькі привілеї та самоуправління, козаків позбавлено права обирати старшину, а замість гетьмана уряд призначав польського старосту. Такий стан речей зберігався до 1648 року часу, коли почалася Національно-визвольна війна українського народу під керівництвом Богдана Хмельницького.
Цікавим фактом біографії Б. Хмельницького стала його домовленість у 1646 році з французьким послом де Бержі про відправку козацького війська до Дюнкерка. В штурмі цього міста взяли участь близько 2400 запорожців на чолі з полковниками Сірком та Солтенком.
Богдана Хмельницького (15951657) в 1648 році було обрано гетьманом України, після чого він одразу ж почав готуватися до військових дій проти Польщі. Маючи усього лише три тисячі козаків та три гармати, він завчасно заручився підтримкою кримського хана, який прислав йому 6-тисячне татарське військо (за іншими даними, навіть 20-тисячне) на чолі з видатним полководцем Тугай-беєм. Гетьман також умовив перейти на свій бік полки реєстрових козаків під керівництвом Ф. Джалалія, який відтоді став його вірним соратником. А от польський коронний гетьман Н. Потоцький недооцінював сили та боєздатність українського війська. Відправляючи в похід проти козаків свого сина Станіслава, він зверхньо заявив: «Соромно відправляти велике військо проти мерзенної зграї підступних холопів». Цей прорахунок дорого обійшовся полякам: у першій же битві, яка відбулася в кінці квітня 1648 року неподалік від села Григорівка (Дніпропетровська область) на березі ріки Жовті Води, польське військо було повністю розбите. За переказом, у живих лишився лише один жовнір, який, перевдягнувшись селянином, приніс коронному гетьману сумну звістку про те, що його син у полоні.