Еще при Богдане Хмельницком духовенство неохотно шло под московскую протекцию. Привычные к польскому образу управления и польскому обряду, происходя из шляхты, духовные, особенно знатные, слишком много имели в себе польского образование их роднило с Польшею и удаляло от Москвы. Религиозные распри на время вооружали их против католической Польши, но когда дело дошло до отторжения от Польши, тут увидели они, что, несмотря на единство веры, они далее отстоят нравственно от единоверной Москвы, чем от католической Польши. В эпоху присоединения кое-как заглушались нерасположение и боязнь, но вскоре начались с московской стороны такие движения, которые возбудили прежнее недоверие. Сильвестр Коссов умер, Бутурлин, по наказу московского правительства, сейчас же изъявил духовным епископу Лазарю Бараиовичу и, печерскому архимандриту Гизелю царское желание, чтоб духовенство малороссийское «поискало милости государя и показало совершенно правду свою к великому государю: захотело бы идти в послушание к святейшему патриарху московскому». Украине предстоял выбор митрополита. По древним обычаям, не нарушаемым со стороны поляков, надобно было избирать нового архипастыря вольными голосами. Воеводы настаивали, чтоб избрания не было, пока не испросят благословения патриарха и царского дозволения. Лазарь и архимандрит печерский должны были поневоле показать вид согласия. Это было тотчас по смерти Хмельницкого, еще до погребения его тела. Но сам покойный Хмельницкий на дело это смотрел не так, и по стародавним обычаям написал к епископам луцкому, перемышльскому и львовскому, чтоб они ехали для выбора нового митрополита в Киев. Украина с Киевом отдалась московскому государю, а эти русские епископы остались под польским владением, но в то же время под духовным первенством киевского митрополита. Признать над собой власть московского патриарха они ни за что не хотели, да и не могли, если б даже и захотели. Требование московского правительства должно было разорвать связь в южнорусской Церкви. В то время, как Бутурлин в Киеве старался склонить Лазаря и киевское духовенство к зависимости Никону, польско-русские епископы испрашивали у короля дозволение ехать в Киев для избрания митрополита, и король дозволил им по старым их обычаям, за которые они всегда так крепко держались. Еще тело Хмельницкого не было погребено, Бутурлин писал к Выговскому, выставляя указ государя, чтоб не допускать епископов до избрания митрополита, а писарь ссылался на старые права, и, не говоря о покорности Никону, извещал, что пошлет козацких послов на избранье митрополита, а потом уже о новоизбранном напишет к государю.
Наконец, пристать к союзу готовы были богатые мещане в городах для сохранения своих магдебургских прав, которые боялись потерять, если Украина будет отдана во власть поляков без всяких условий. Вообще же надобно сказать, что украинцы, страшась Польши, прибегали к Польше.
Другая партия если можно всю массу народа назвать партиею держалась царя московского. К этому побуждало отвращение к Польше; федеративная партия могла своими действиями вызвать в народе только большую решимость оставаться под властью царя, для избежания грозящей опасности попасть в подданство полякам. От соединения Украины с Польшею простой народ мог ожидать только того, что значные козаки сделаются тем, чем были в Польше шляхтичи, а простые козаки и все посольство будут отданы в безусловное порабощение новому панству; напротив, при соединении с Московщиною самодержавная воля царя представлялась защитою слабых от своеволия сильных. Из старшин отличался тогда горячею враждою к значным и вместе преданностью Московщине Мартын Пушкарь или Пушкаренко, полтавский полковник, любимый подчиненными и всем простым народом: Запорожье, ненавидевшее шляхетных и значных, из которых состояла федеративная партия, разделяло в то время эту склонность оставаться в повиновении московскому государю. Очевидно, что число преданных русскому престолу было так велико, что противная федеративная партия не могла ничего сделать, тем более, что и сами федератисты не прочь были от того, чтобы московский царь скорее сделался польским королем Но народ всегда мог быть увлечен в противную сторону своими руководителями, даже такими, которых не любил, хотя бы на время, не зная хорошо, куда его ведут; а разрыв виленского договора сделал этих двусмысленных руководителей врагами царя и протекции. Притом же малорусский народ не любил москалей. Несмотря на единство веры и племени, между двумя ветвями русского народа было слишком много различия в нравах, характере, понятиях и приемах жизни. История целого ряда предшествовавших веков, в продолжение которых эти ветви развивались отдельно друг от друга, не прошла даром. Малорусы видели в москалях слишком много не только чуждого, но противоположного. Дикие и своевольные поступки царских ратных людей раздражали народ, возбуждали ненависть и боязнь и уже в то время народ пугали слухи, что Москва хочет запрудить Украину своими людьми и насильственно вводить между малорусами свои московские обычаи.