Очень ценным архивохранилищем является Политический архив Министерства иностранных дел в Бонне (Politisches Archiv des Auswärtigen Amts Bonn АА), где хранятся десятки дел с аналитическими записками, отчетами, письмами, телеграммами немецких дипломатических служб о религиозной ситуации в странах Восточной и Центральной Европы, в том числе в Греции (Inland I-D, 47404742, 47974800 и др.).
В архиве Института современной истории в Мюнхене (Institut für Zeitgeschichte München IfZ) сведения о церковной ситуации в оккупированной Греции содержатся в материалах немецкого военного командования (MA 1039), Главного управления имперской безопасности (МА 447, 558, Fа 231/3) и Внешнеполитической службы «Восток» (МА 128).
С помощью греческих исследователей автору удалось посмотреть хранящиеся в Историческом архиве Священного Синода Элладской Православной Церкви (Historical Archives of the Holy Synod of the Greek Church HAHS) в Афинах материалы Синода этой Церкви за годы Второй мировой войны.
Кроме того, была предпринята поездка в Софию, где автор работал в Государственном архиве Болгарии. Здесь были изучены как фонды занимавшихся церковными делами учреждений и ведомств этой страны, так и документы самой Болгарской Православной Церкви 1930-х 1945 гг., в том числе переписка ее Священного Синода с русскими и болгарскими обителями на Святой Горе (ф. 791к).
Историю русских обителей Афона и русских церковных общин на территории Греции и Турции можно изучать и по материалам советских или русских эмигрантских организаций, хранящимся в трех московских архивах Государственном архиве Российской Федерации (ГАРФ), Российском государственном архиве социально-политической истории (РГАСПИ) и Российском государственном военном архиве в Москве (РГВА). В ГАРФе в этом плане особенный интерес представляют обширные фонды Совета по делам Русской православной церкви (ф. 6991) и Архиерейского Синода Русской Православной Церкви за границей (ф. 6343), в РГАСПИ фонд Центрального Комитета ВКП(б) КПСС (ф. 17), а в РГВА фонд Главного управления имперской безопасности (ф. 500).
Также был изучен обширный документальный материал, хранящийся в Центральном государственном архиве Санкт-Петербурга и некоторых других архивах города по истории Санкт-Петербургского подворья Свято-Андреевского скита. Основное внимание уделялось изучению документов административных подразделений органов советской власти, которые осуществляли контроль за деятельностью Церкви: административных отделов Петрогубисполкома, Ленгорисполкома, Леноблисполкома, Володарского райисполкома и т. д. Некоторые документы о репрессированных афонских иноках Петербургского подворья были изучены в архиве Управления Федеральной службы безопасности Российской Федерации по Санкт-Петербургу и Ленинградской области и в Архиве Санкт-Петербургской епархии.
Автор работал и в двух содержащих русские церковные документы архивах американских университетов. Первый из них Бахметьевский архив русской и восточноевропейской истории и культуры находится в Колумбийском университете г. Нью-Йорка (The Bakhmeteff Archive of Russian and East European History and Culture, New York). Другой архив принадлежит Стенфордскому университету, расположенному в Селиконовой долине вблизи г. Сан-Франциско (Калифорния). Одна часть архива хранится в Гуверовском институте войны, революции и мира (Hoover Institution on war, revolution and peace Archives, Stanford University), а вторая в специальной коллекции университетской библиотеки (Stanford University, Special collections Librarian). Здесь особенный интерес представляет фонд епископа Григория (Граббе).
Вторую группу образуют четыре церковных архива, прежде всего Синодальный архив Русской Православной Церкви за границей в г. Нью-Йорке (CA). Из его документов для подготовки издания использовались материалы нескольких дел: с протоколами заседаний Архиерейского Синода РПЦЗ за 28 ноября 1940 18 сентября 1946 г., протоколами Архиерейских Соборов 19211949 гг., перепиской Первоиерарха РПЦЗ митрополита Анастасия (Грибановского) с некоторыми афонскими монахами, а также личные дела митрополита Анастасия (Грибановского), епископа Георгия (Граббе) и т. д.
На севере штата Нью-Йорк, в небольшом городке Джорданвилле находится Архив Свято-Троицкой Духовной семинарии Русской Православной Церкви за границей. Здесь были использованы личные фонды генерала П.Н. Краснова, церковного писателя В.А. Маевского (собравшего большое количество документов русских обителей на Святой Горе Афон), историка В.И. Алексеева, протопресвитера Михаила Польского, журналиста В.К. Абданк-Коссовского, содержащие материалы по истории русской церковной эмиграции, в том числе в Греции.
Эти материалы дополняет Архив Германской епархии Русской Православной Церкви за границей в г. Мюнхене (АГЕ). Здесь хранятся дело «Разная переписка. Военные годы» с документами начальника канцелярии Архиерейского Синода РПЦЗ до начала 1930-х гг. Е.И. Махараблидзе, дело «Указы Архиерейского Синода РПЦЗ. Распоряжения Патриархии. 19231951 гг.», в котором собраны различные материалы по истории Православной Церкви, в том числе на Балканах.