К концу ХIХ века, когда в Глуховской пустыни поселился Серафим, это был процветающий монастырь Курской епархии. В центре обители высился собор Рождества Богородицы, а всего храмов было пять, два из них в скитах. Монастырь имел большую библиотеку, включавшую множество литургических, богослужебных и аскетических книг.
Глинская чудотворная икона Рождества Пресвятой Богородицы все эти века находилась в монастыре и существует множество свидетельств чудесных исцелений, которые обрели перед нею верующие. После прихода советской власти, в 1922 году, монастырь был закрыт, а чудотворная икона вывезена и бесследно исчезла. Сегодня известны лишь списки с нее.
В Глинской пустыни
В монастыре Серафиму очень воспомоществовал помощник братского духовника Домн (Агеев). Он к тому времени прожил в пустыни уже много лет, стал иеромонахом (монахом, имеющим сан священника). Домн не уставал помогать молодому собрату.
Каждый вечер они вели духовные беседы, и Домн часто на конкретных примерах показывал Серафиму, сколь благостно служить Господу, сколь мерзок бывает человек, когда начинает думать только своем благе и достатке. Помогали становлению Серафима как священнослужителя и совместные молитвы с мудрым иеромонахом. Домн давал советы, рассказывал о постижении истинного смысла молитв, уберегал от соблазнов.
Так, однажды Серафим сильно занемог и не захотел вставать на молитву, сказав, что раз он болен, значит, Господь разлюбил его. Но Домн очень быстро смог убедить молодого послушника, что именно обращение к Богу поможет ему ощутить в себе силы к восстановлению здоровья. Подивился тогда Серафим, но так и сделал. И уже через день он был абсолютно здоров.
В другой раз он, сославшись на занятость службой, решил отказать в беседе пришедшим в монастырь страждущим православным. Сурово укорил его за это иеромонах Домн, сказав, что наставление на путь истинный и спасительные для души верующего беседы и есть суть служения Господу. Постыдился тогда Серафим и больше никогда так не делал.
Впрочем, не одними беседами жил в монастыре Серафим. Это был начитанный и высокообразованный инок. В Глинской пустыни у него открылся иконописный талант, и много дней проводил он за этим богоугодным занятием. Кроме того, он имел замечательный певческий голос, за который его очень ценили и братья-монахи, и прихожане.
Но наставником его все эти годы оставался иеромонах Домн. Постоянное наставничество Домна очень помогало духовно окрепнуть Серафиму и понять истинную суть благообразной жизни. Жизни во имя Иисуса Христа.
Но наставником его все эти годы оставался иеромонах Домн. Постоянное наставничество Домна очень помогало духовно окрепнуть Серафиму и понять истинную суть благообразной жизни. Жизни во имя Иисуса Христа.
И даже когда почтенный иеромонах скончался, связь духовная между ними не прекращалась.
Так, был случай, уже после отречения Николая II от престола в 1917 году, послушница Феоктиста пошла в скит к отцу Серафиму. И не успела она дверь в келью открыть, а батюшка ее уже встречает на пороге и говорит: «Знаю, зачем пришла. Мне Домн сказал: Серафиме, Царя убрали и скорыми, скорыми шагами все пойдет к погибели» .
Произошло это уже в скиту близ города Верного (ныне Алматы). Как же оказался здесь отец Серафим, так далеко от Курской губернии?
Иссык-Кульская служба
В начале ХХ века Серафим вместе с монахами Феогностом, Анатолием и другими был приглашен в Свято-Троицкий Иссык-Кульский миссионерский монастырь, что находился в киргизских горах. Иноков из Глинской пустыни пригласили, потому что монастырь к тому времени уже не мог выполнять своих основных миссионерских функций, не справляясь с объемом выпавших на его долю забот, ведь тяга к православию в этих краях все росла.
Еще в 1880-х годах с целью распространения Православной веры в Туркестанском крае и духовного просвещения азиатских кочевников, Святитель Туркестанской кафедры Преосвященный Епископ Александр (Кульчицкий) вознамерился зажечь на берегах Иссык-Кульского озера миссионерскую путеводную звезду.
Монастырь был основан 1 мая 1881 года. В этот день было освящено место в долине Курменты на берегу узкого залива озера Иссык-Куль, в 12 верстах от села Преображенского. В тот день был возведен деревянный крест. Монастырь освятили в честь Святой Троицы, так как приезд его основателя архиепископа Александра на Иссык-Куль совпал с праздником Троицы. Будущему монастырю были отведены 530 десятин 1100 сажен плодородной земли.
Первые насельники монастыря приложили много трудов для возведения монастырских стен и зданий и устроения хозяйства, терпя недоброжелательное отношение кочующих племен, оборачивающееся нередко открытым нападением на послушников и потравой монастырских пастбищ.
Умножение братии последовало в 1886 году, когда в монастырь приехали 11 иноков из Свято-Михайловской Закубанской пустыни, а в 1894 году на берега величественного Иссык-Кульского озера решили отправиться с острова Валаам восемь иноков во глав с игуменом Севастианом, неся с собой дух Валаамской обители.
Несколько лет спустя, уже в начале ХХ столетия, в монастырь были приглашены из Рождество-Богородицкой Глинской пустыни Курской епархии несколько иноков, в числе которых были монахи Серафим, Феогност и Анатолий.