Прибыв в Челнский монастырь, преподобный поведал братии, что при помощи Божией намерен добраться до Москвы; на это один из старцев ответил: «Не дойдешь, господине, так как время тревожное по случаю казацкого погрома, но если с тобою, как говоришь, помощь Божия, то можно дойти. Направляйся в Новгород Северский к воеводе Петру Песечинскому; счастье твое, если прикажет тебя пропустить, а тут везде великая охрана».
Святой Афанасий послушался этого совета. На пути к Новгород-Северску на ночлеге в постоялом доме, в глухую полночь, на преподобного напал великий страх и ему почудилось, будто кто-то едет с немалой свитой, слышался голос: «Есть, есть, он тут», а когда все утихло, Афанасий разбудил хозяина и, ничего не сказав ему, просил сию же минуту проводить на Новгородскую дорогу. В пути, ночной порой, не зная, куда ехать, преподобный, чтобы разогнать тревогу, начал возглашать акафист Богородице: «Взбранной Воеводе победительная» – с припевами: «Аллилуйя, аллилуйя», а затем под утро вздремнул. «Отряхнувши сон с очей, – пишет святой Афанасий, – я увидал юношу в мантии, сидящего на нашем коне, поглядывающего взад на нас и указывающего дорогу. Юноша сказал: «Я Неемия, диакон, сожитель ваш купятицкий». Затем исчез, а когда взошло солнце, вместе с ним я увидел на небе крест, а в нем – образ Пречистой Богородицы с Младенцем, вроде Купятицкого, пронизанный и окруженный лучами солнечными. И после того, как я в раздумье немало смотрел на него, хотел указать на это чудо послушнику Онисиму, а он, встрепенувшись от сна, начал бить коня, и в тот миг образ стал невидим на небе, и я уже больше не упоминал ему тогда о видении. Приблизившись к пограничному селу перед полуднем, мы чудесно миновали стражу воеводы новгородского: один поселянин того села стоял около дороги, сняв шапку, а когда я поздоровался с ним, сказал мне: «Что это за Госпожа, отче, и куда едет с такой немалой свитой?» Я не знал, что отвечать ему, только сказал: «Но, но» – и отошел к саням».
Из селения проводила иноков большая толпа народа и около церкви во имя святого Афанасия, стоящей за селом в поле, путники волей Божией перешли границу и приехали в первое село Московской Руси Шепелево. Здесь они были приняты ласково. Все изумлялись, как это им удалось пробраться около стражи, видели в этом явную помощь Божию инокам-путникам, а одна женщина прямо сказала: «Воистину с ними едет Богородица, если они миновали охрану».
10 февраля 1638 года святой Афанасий с Онисимом прибыли в Севск, где голова с другим чиновным людом допытывались, для какой нужды явились путники; узнав, что у них нет пропуска к царю, они сказали, что невозможно им добраться до столицы, преподобный на это ответил: «Иду по воле Божией и той иконы, которую даю вам в отпечатке на бумаге». Тогда они поверили ему и отошли, не приняв никакого решения. Когда преподобный при закате солнца был в одном лесу, неподалеку от Севска, явственно услышал следующий голос: «Афанасий! Иди к царю Михаилу и скажи ему: побеждай наших неприятелей, ибо уже пришел час; имей на военных хоругвях образ Пречистой Богородицы Купятицкой для помощи и в битвах храбро защищай каждого человека, именующегося православным».
Поздно ночью, сбившись с дороги, странники попали в деревню Кривцово, в пяти верстах от Севска, и выпросились на ночлег у одного христианина, у которого был сильно болен сын. Севши около страдальца, святой Афанасий обратился к Всевышнему с молитвой об его исцелении. На следующий день пришел к преподобному хозяин и говорит: «Старче великий, если ты священник, помолись Богу о сыне, чтобы он был здоров». Святой Афанасий, отправивши с послушником молебен, знаменал больного бумажным образом Пречистой Богородицы Купятицкой. О, дивные дела Божии! Точно как пробужденный от сна, больной поднялся и вскричал: «Откуда это пришла надежда моя Богородица исцелить меня?» И тотчас встал, возблагодарил Бога и прислуживал путникам за столом, а люди, бывшие при этом, сильно изумлялись в радости и страхе. Отец исцеленного проводил дорогих гостей на Брянскую дорогу и советовал непременно ехать в Москву.
По отъезде из Кривцов послушник Онисим доставил много беспокойства святому Афанасию и даже порывался бежать от него, говоря: «Вернемся в Литву, ибо здесь погибнем. Для чего мы терпим такую беду и добровольно отдаем себя еще большим опасностям? Настойчиво стремишься ты быть в столице Московской, не будешь, не будешь!» Преподобный, обратившись про себя с молитвой к Господу и Пречистой Богородице, тихо сказал своему спутнику: «Милый брат, побойся Бога! Ты ведь сам слышал и видел немало Божиих чудес над нами; зачем же не рассудительно поступаешь?» И обстоятельнее раскрыв перед ним Божественное попечение о них обоих, наконец, сказал: «Нам спутешествуют Пресвятая Богородица по обещанию Своему и Ангел Хранитель наш, которого я ясно видел в лице Неемии, диакона купятицкого».
Выслушав это, Онисим попросил у святого прощения и с того времени спутники ехали в полном согласии.
Когда спутники прибыли в Карачевский Воскресенский монастырь, его игумен принял их с любовью и посоветовал взять пропуск к царю от местного воеводы. Выслушав рассказ путников, воевода произнес: «Дивны судьбы Божии! Я об них выведывать не хочу, а каждому деянию Божию простым сердцем верую». И дал им лист и проводника до самой столицы. «Чудесным образом, – говорит преподобный, – доехавши до Московской столицы, будучи за рекою Москвою, на Ордынской улице, в гостинице, и по всей правде написавши историю того, что происходило по дороге по указанию Божию (как Тому верую по простоте сердца), подал ее царю московскому на укрепление, охрану и распространение православной веры». Вероятно, история чудесного странствования святого Афанасия, поданная Михаилу Феодоровичу, пришлась вполне по душе благочестивому царю, и ее составитель, святой Афанасий, был отпущен домой с богатой милостыней на сооружение церкви во имя Пресвятой Богородицы Купятицкой. Из Москвы преподобный и его спутник выехали в Неделю Вербную (1638 г.) через Можайск и Вязьму до Дорогобужа, а отсюда Днепром на челноке через Смоленск и Оршу до Могилева, из Могилева 16 июня «возом» через Минск на Вильно и прибыли в Купятицы 16 июля 1638 года.
Скоро после того, в 1640 г., монашествующие Брестского Симеонова монастыря просили настоятеля Купятицкого прислать им на игуменство одного из двух лиц: Афанасия Филипповича или Макария Токаревского: Иларион Денисович, не желая пускать от себя ни одного из дорогих трудников, отправил третье лицо, и брестские иноки не приняли его. Тогда решено было кинуть жребий, кому ехать в Брест, Макарию или Афанасию, и по воле Божией жребий пал на святого Афанасия. Расставаясь с ним, Иларион Денисович написал брестским инокам, что «с великой скорбью» отпускает к ним «половину себя самого» и при этом прибавил: «Спостраждите во всем ему, да со Христом воцаритеся».
По прибытии в Брест на игуменство преподобный прежде всего занялся разысканием старинных грамот, епископских и королевских, которыми утверждались разные права и преимущества за вверенным монастырем. Усмотрев из сих грамот, что «уния со старым Римом, принятая вопреки законам Церкви Восточной, проклята навеки, я, – говорит Афанасий, – открыто в церкви и в разных местах объявлял об этом». Открытое заявление произвело столь сильное действие, что, по словам преподобного, «в месте том Берестейском и во всем округе того воеводства униаты начали испытывать величайшую тревогу». В следующем (1641) году, в сентябре, святой Афанасий отправился на сейм, то есть на собрание государственных чиновников, в Варшаву и выхлопотал у короля Владислава IV (1632–1648) за его собственноручной подписью грамоту (привилегий), которой подтверждались все старые преимущества православного братства в Бресте и обеспечивалась на вечное время полная свобода богослужения и обрядов по уставу Восточной Церкви. Но по законам царства Польского королевский привилегий не мог иметь силы без утверждения его печатью коронного канцлера или подканцлера. Святой Афанасий молился об этом и даже предлагал деньги, но напрасно.