Надо сказать, что материалы, собранные о личности и деятельности патриарха Досифея, Каптерев смог неоднократно использовать в своих работах. Так, части, посвященные Досифею, занимают большой объем в таких его работах, как «Характер отношений России к православному Востоку» и «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством с половины XVI до конца XVIII столетия», и это не говоря уже об отдельном названном выше сочинении, посвященном собственно Досифею, принесшем Каптереву степень доктора церковной истории. Все они представляют набор одних и тех же сведений, одних и тех же цитат, практически не отличаясь друг от друга.
В 1890-х годах к Н.Ф. Каптереву стало приходить не только общественное и научное, но и официальное признание. Может быть, это было связано с ослаблением позиций К.П. Победоносцева и уходом на пенсию Н.И. Субботина.
Масштабные достижения в деле исследования русско-греческих церковных связей принесли Каптереву заслуженную известность в научных кругах. В 1894 г. он избирается действительным членом «Общества истории и древностей российских» при Московском университете. В 1894 г. приходит признание и по другой линии – его избирают старостой Сергиева Посада на четыре года, а в 1898-м переизбирают на следующий срок. На этом посту он предпринял ряд мер по благоустройству города и улучшению его образовательных заведений.
В 1895 г. вышла его книга «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством с половины XVI до конца XVIII столетия», за которую в 1899 г. он получил очередную половинную премию митрополита Макария.
В 1896 году Советом Академии Н.Ф. Каптерев был выдвинут на должность ординарного профессора и, несмотря на происки своих недоброжелателей, утвержден в этой должности 3 января того же года, а спустя два года, 27 января 1898 года, был награжден уже званием заслуженного профессора. С 1896-го и до 1905 года он также состоял членом Совета Академии.
В мае 1896 года Н.Ф. Каптерев как городской староста от имени жителей Сергиева Посада приветствовал августейших паломников, императора Николая II Александровича и императрицу Александру Федоровну, которые после коронации в Москве, по традиции, приехали на богомолье в Свято-Троицкую Сергиеву Лавру.
Николай Федорович Каптерев не состоял членом Императорского Православного Палестинского Общества, созданного с целью поддержания Православия на Святой Земле, организации и помощи русским паломникам в их путешествии в Палестину и пребывании в ней, а также научной и популяризаторской деятельности. Тем не менее круг научных занятий Каптерева тесно соприкасался с историей русско-палестинских связей. Поэтому в «Православном Палестинском сборнике» за 1895 год была опубликована его монография «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством с половины XVI до конца XVIII столетия», а в 1898 году «Сношения Иерусалимских патриархов с Русским Правительством в текущем столетии (1815–1844 гг.)». Летом 1900 года он совершил паломническую поездку во Святую Землю, которая была организована Московской Духовной Академией при активном содействии Общества. Паломническую группу Академии возглавил ее ректор епископ Волоколамский Арсений (Стадницкий).
Русские богомольцы 4 июня 1900 года вышли на пароходе из Одессы и уже 6 июня достигли берегов Турции и сошли на берег в порту Константинополя.
Вместе со своими коллегами, профессорами и преподавателями Московской Духовной Академии, Н.Ф. Каптерев побывал во Святой Софии и поклонился сохранившимся святыням Православия. На следующий день по прибытии, т. е. 7 июня, паломники направились в Халку, где посетили низложенного Иерусалимского патриарха Никодима (1883–1890), бывшего ранее настоятелем Иерусалимского подворья в Москве, который принял Каптерева как старого знакомого. Патриарх Никодим встречался с Николаем Федоровичем в России и был осведомлен о научных трудах русского ученого. Из столицы Османской империи они отбыли на Афон, где находились с 11 по 17 июня и поклонились святыням практически всех обителей Святой Горы. Русская академическая группа паломников присутствовала при освящении Андреевского собора одноименного русского скита, которое совершал Константинопольский патриарх Иоаким III (1878–1884 и 1901–1912) и которому сослужил Волоколамский епископ Арсений.
Из Афона на пароходе паломники отправились в Бейрут, куда прибыли 22 июня. Здесь они познакомились с М.А. Черкасовой, организатором русских школ по линии Палестинского Общества в Бейруте, которые они с удовольствием посетили. А 23 июня они достигли Яффы, где их встретили как почетных гостей руководители русских учреждений во Святой Земле: архимандрит Александр (Головин), начальник Русской Духовной миссии, управляющий подворьями ИППО Н.Г. Михайлов, вице-консул в Яффе Н.И. Стребулаев и его супруга Мария Ивановна. В Яффе и приехавшие, и встречающие сели на поезд и по железной дороге приехали в Иерусалим.
В Иерусалиме паломники из Московской Духовной Академии разместились на Сергиевом подворье, посетили Русскую Духовную миссию, помолились в Троицком соборе, поклонились Гробу Господню и другим святыням Святого Града. Через два дня академическую паломническую группу принял русский генеральный консул А.Г. Яковлев. 28 июня епископ Арсений, Н.Ф. Каптерев и другие участники поездки посетили мастерскую известного архитектора и археолога Конрада Шика, где осмотрели знаменитые макеты-реконструкции иерусалимских храмов. На следующий день они направились в Хеврон, где у дуба Мамврийского епископ Арсений совершил литургию, а Н.Ф. Каптерев читал часы. После литургии отслужили панихиду по архимандриту Антонину (Капустину), четвертому начальнику Русской Духовной миссии в Иерусалиме, выдающемуся церковному деятелю и известному ученому-историку. 30 июня русские богомольцы совершили поездку в русский Горненский женский монастырь в честь Казанской иконы Божией Матери. А 1 июля они участвовали в ночной литургии в храме Воскресения Христова, причем греки впервые разрешили нашим паломникам провести службу у Гроба Господня на русском языке; здесь Н.Ф. Каптерев снова читал часы. В тот же день академическая группа ездила в обитель преподобного Саввы Освященного и поклонилась ее святыням. На другой день они посетили Крестный Иверский монастырь, где их встретил ректор семинарии, известный богослов и ученый архимандрит Хрисостом (Пападопулос), будущий Предстоятель Элладской Церкви (1923–1938). На встрече с греческим духовенством в обители Н.Ф. Каптерев выступил с речью о необходимости развития православного богословия во Святой Земле, о желательности создания здесь греческих духовных академий, а пока таковых нет, необходимо, чтобы Иерусалимская Церковь присылала студентов в русские высшие духовные учебные заведения. В последний день пребывания в Иерусалиме, 3 июля, делегацию Московской Духовной Академии принял Иерусалимский патриарх Дамиан (1897–1931), который благословил всех паломников иконой Воскресения Христова, четками и своим портретом. Н.Ф. Каптерев был благословлен Предстоятелем Иерусалимской Церкви особо – ему был вручен Золотой Крест с частицей Животворящего Креста Господня и присвоено звание кавалера Всесвятого и Животворящего Гроба Господня. Награда и звание были дарованы Н.Ф. Каптереву во внимание к его ученым трудам по истории Греческой Церкви в ее отношении к Русской Церкви. Такая высокая оценка его деятельности чрезвычайно растрогала и умилила сурового русского ученого-историка.