Но сии личные милости были ничто в сравнении с теми, коими Феодор осыпал своего шурина, дав ему все, что подданный мог иметь в самодержавии: не только древний знатный сан Конюшего, в течение семнадцати лет никому не жалованный, но и титло Ближнего Великого Боярина , наместника двух Царств, Казанского и Астраханского. Беспримерному сану ответствовало и богатство беспримерное: Годунову дали, или Годунов взял себе, лучшие земли и поместья, доходы области Двинской, Ваги, — все прекрасные луга на берегах Москвы-реки, с лесами и пчельниками, — разные казенные сборы Московские, Рязанские, Тверские, Северские, сверх особенного денежного жалованья: что, вместе с доходом его родовых отчин в Вязьме и Дорогобуже, приносило ему ежегодно не менее осьми или девяти сот тысяч нынешних рублей серебряных: богатство, какого от начала России до наших времен не имел ни один Вельможа, так, что Годунов мог на собственном иждивении выводить в поле до ста тысяч воинов! Он был уже не временщик, не любимец, но Властитель Царства. Уверенный в Феодоре, Борис еще опасался завистников и врагов: для того хотел изумить их своим величием, чтобы они не дерзали и мыслить об его низвержении с такой высокой степени, недоступной для обыкновенного честолюбия Вельмож-Царедворцев. Действительно изумленные, сии завистники и враги несколько времени злобились втайне, безмолвствуя, но вымышляя удар; а Годунов, со рвением души славолюбивой, устремился к великой цели: делами общественной пользы оправдать доверенность Царя, заслужить доверенность народа и признательность отечества. Пентархия , учрежденная Иоанном, как тень исчезла: осталась древняя Дума Царская, где Мстиславский, Юрьев, Шуйский судили наряду с иными Боярами, следуя мановению Правителя : ибо так современники именовали Бориса, который один, в глазах России, смело правил рулем государственным, повелевал именем Царским, но действовал своим умом, имея советников, но не имея ни совместников, ни товарищей.
Когда Феодор, утомленный мирским великолепием, искал отдохновения в набожности; когда, прервав блестящие забавы и пиры, в виде смиренного богомольца ходил пешком из монастыря в монастырь, в Лавру Сергиеву и в иные Святые Обители, вместе с супругою, провождаемою знатнейшими Боярынями и целым полком особенных Царицыных телохранителей (пышность новая, изобретенная Годуновым, чтобы вселить в народ более уважения к Ирине и к ее роду)… в то время Правительство уже неусыпно занималось важными делами государственными, исправляло злоупотребления власти, утверждало безопасность внутреннюю и внешнюю. Во всей России, как в счастливые времена Князя Ивана Бельского и Адашева, сменили худых наместников, Воевод и судей, избрав лучших; грозя казнию за неправду, удвоили жалованье чиновников, чтобы они могли пристойно жить без лихоимства; вновь устроили войско и двинули туда, где надлежало восстановить честь оружия или спокойствие отечества. Начали с Казани. Еще лилась кровь Россиян на берегах Волги, и бунт кипел в земле Черемисской: Годунов более умом, нежели мечем, смирил мятежников, уверив их, что новый Царь, забывая старые преступления, готов, как добрый отец, миловать и виновных в случае искреннего раскаяния; они прислали старейшин в Москву и дали клятву в верности. Тогда же Борис велел строить крепости на Горной и Луговой стороне Волги, Цывильск, Уржум, Царев-город на Кокшаге, Санчурек и другие, населил оные Россиянами, и тем водворил тишину в сей земле, столь долго для нас бедственной.
Усмирив Казанское Царство, Годунов довершил завоевание Сибирского. Еще не зная о гибели Ермака, но зная уменьшение его сил от болезней и голода, он немедленно послал туда Воеводу Ивана Мансурова с отрядом стрельцов, а вслед за ним и других, Василия Сукина, Ивана Мясного, Данила Чулкова с знатным числом ратников и с огнестрельным снарядом. Первый встретил наших Сибирских витязей, Атамана Матвея Мещеряка с остатком Ермаковых сподвижников, на реке Type. «Доблие Козаки ожили радостию», — говорит Летописец: не боясь новых опасностей и битв, ужасаясь единственно мысли явиться в отечестве бедными изгнанниками, с вестию о завоевании утраченном, они, исполненные мужества и надежды, возвратились к устью Тобола, но не могли взять Искера, где властвовал уже не старец Кучюм, а юный, бодрый Князь Сейдяк, его победитель: сведав о бегстве Козаков, он собрал толпы ногаев, преданных ему Татар Сибирских, выгнал Кучюма и, слыша о новом приближении Россиян, стоял на берегу Иртыша с войском многочисленным, готовый к усильному бою.