Спасо-Андроников монастырь в полной мере разделил трагическую участь многих архитектурных ансамблей и памятников России в указанный период. В начале 1918 года немногочисленная монастырская братия была выселена или разогнана, монастырь упразднен и национализирован. Храмы обители были переданы приходским общинам мирян. Церковная утварь, иконы частично – отданы во вновь образованные или соседние приходы, частично – переданы Государственному историческому музею.
Советская Россия погрузилась во мрак Гражданской войны, разрухи и голода. Борьба с инакомыслием, с врагами советской власти была поставлена на первый план. Вот тогда в 1918 году в северо-западной части монастырского ансамбля разместился и концентрационный лагерь. В годы Гражданской войны многие выдающиеся монастырские ансамбли XV–XVII веков были утилизированы или стали использоваться в качестве концлагерей и тюрем, как средства подавления и ликвидации политической оппозиции советской власти. Концентрационный лагерь в Спасо-Андрониковом монастыре был отгорожен от приходских храмов деревянным забором, колючей проволокой, а со стороны города и Курской железной дороги линией каменной стены XVII–XVIII вв. Существуют вполне конкретные свидетельства, что именно у этой стены и происходили расстрелы заключённых, подлежащих ликвидации. Свидетельствами такого рода являются многочисленные человеческие останки (кости и черепа) поднятые из раскопов, шурфов и котлованов, производимых, как внутри, так и снаружи близ северных стен монастыря. Отдельные черепа имеют отверстия, явно свидетельствующие о смертельных пулевых ранениях. К числу свидетельств принадлежат многочисленные винтовочные и револьверные пули начала XX века, (с явными следами проникновения в человеческое тело) найденные в этих раскопах.
Использование монастырских ансамблей и памятников оборонного зодчества в виде укреплений и ограждений тюремно-лагерных заведений стало самой кощунственной формой использования. Монастырский ансамбль Спасо-Андроникова, расположенный недалеко от Садового кольца столицы стал одним из двух концлагерей такого типа. Такую же печальную участь разделил и ансамбль Ново-Спасского монастыря.
Лагерь просуществовал в стенах бывшей обители Спасо-Андроникова до 1923 года. За это время его администрация грубо обращалась с временно переданными лагерю в эксплуатацию зданиями братских келий начала XVIII века и трапезной XV века. При большой скученности людей и частом разведении огня, особенно в холодное время, в те годы пострадали многие бывшие монастыри России. Так в начале 1919 года территорию бывшего Спасо-Андроникова монастыря посетил большой пожар – горели трапезная и несколько административных зданий ансамбля[1].
После ликвидации концлагеря в 1923 году все памятники бывшего монастыря были переданы в основном под заселение рабочим завода «Гужона» и служащим военно-строительного управления московского военного округа. А к 1930 году на территории бывшего монастыря были закрыты и приходские храмы. Все это стало началом разрушительного процесса, приведшего к началу 1930-х годов уникальный монастырский комплекс Спасо-Андроникова монастыря в полуруинное состояние. Кладбище на его территории было уничтожено уже в 1920-е годы. Даже древние захоронения с редкими надгробиями XVI–XVII веков были разбиты, вывезены или закопаны в землю. От первоначальной ограды монастыря (стен и башен постройки второй половины XVII века) остались лишь часть восточной стены и башня XVII–XVIII веков.
Из Центральных государственных реставрационных мастерских (ЦГРМ) в Спасо-Андроников для обследования в феврале 1933 года была направлена специальная комиссия. Известный советский историк, профессор А.И. Некрасов, осматривал ансамбль совместно с сотрудниками ЦГРМ на предмет сохранения или сноса его памятников. В заключении он констатировал:
«…все стены, башни, жилые дома и, частью храмы монастыря находятся в ужасающем состоянии и, в общем, вряд ли могут быть поддержаны и реставрированы (Курсив мой. – Д.А.), т. к. требуют громадных расходов, но и после них вряд ли могут быть употреблены в дело.
Поэтому полагаю, что: 1) стены и башни подлежат полному сносу, не представляя к тому же никакой исторической или художественной ценности… 3) комплекс трапезного храма из разновременных построек, большей частью XVII в., представляет «нарышкинский» стиль известный по ряду первоклассных памятников отличной сохранности, а потому означенный комплекс в Андроньевом монастыре сохранению не подлежит. Имеющаяся в комплексе часть начала XVI века представляет одно из ранних подражаний Грановитой палате, но ввиду наличия последней и других подражаний (см. Симонов монастырь и др.), может также быть уничтожена, т. к. лишенная связи с каким-либо ансамблем, самостоятельно существовать не может, не представляя практического интереса, и будучи искажена снаружи. Однако перед уничтожением этой части XVI в. следует ее тщательно обмерить и фиксировать, а равно вынуть все фигурные изразцы внешнего пояса для передачи в музеи. 4) От всего монастыря следует, безусловно, сохранить собор 1420-х годов…»[2].
Таким образом, древнейший средневековый архитектурный комплекс ближайшего Подмосковья XV–XVII веков почти полностью обрекали на снос или разборку. Право на существование предоставлялось лишь белокаменному собору первой четверти XV века. В древнейшем из сохранившихся храмов столицы России предполагали поместить архив ОГПУ. Но, видимо, благодаря стараниям сотрудников Центральных государственных реставрационных мастерских, существовавших последний год, из-за межведомственных проволочек и столкновений полуразрушенные памятники бывшего монастыря пребывали в небытии и разрухе еще около 15 лет. Но за эти годы проблема восстановления утраченного наследия настойчиво заявила о себе. Это особенно стало заметно в годы Великой Отечественной войны и после неё. Война пробудила массовое чувство героизма и самопожертвования, вызвала к жизни глубокий патриотизм великорусского народа. В ходе войны русский народ вынес основную тяжесть борьбы с германским нацизмом в Европе, завоевал право в глазах всех народов мира сохранять и развивать свою традиционную культуру. Накануне и в ходе войны стали меняться и идеологические установки советского руководства, сделавшего ставку на прославление героического и культурного прошлого России. Сразу после войны советское правительство распорядилось восстановить разрушенные войной средневековые памятники Смоленского кремля, Новгорода, Пскова, Иван-города, Орешка (Шлиссельбурга), Ново-Иерусалимского монастыря и других средневековых ансамблей и центров культуры. Здесь же началась организация музеев-заповедников и историко-краеведческих музеев.
Уже в 1943–1945 годах советским руководством были сделаны первые еще робкие шаги навстречу сложному (в рамках политической и идеологической системы социализма), противоречивому процессу – восстановлению тысячелетнего духовного наследия великорусского народа и культуры Русской православной церкви. Начало этому процессу было положено 21 апреля 1946 года с момента передачи части памятников ансамбля Троице-Сергиевой лавры в ведение Московской патриархии, создания духовной академии, восстановления там православного монастыря. О начале процесса возрождения традиционных ценностей возвестил благовест лаврских колоколов, восстановленной Троице-Сергиевой лавры, её семинарии и академии.