«Русским заграничным историческим архивом» (РЗИА) в Праге (основан в 1923 году) было собрано колоссальное количество документов по истории русской революции и Гражданской войны, а также газет, книг и брошюр. В 1934 году в РЗИА влился также «Донской казачий архив» (основан в 1919 году, вывезен в Константинополь, затем в Белград, перевезен в Прагу в 1925 году). Фонды сохранились до окончания Второй мировой войны, а после освобождения страны Красной армией большая их часть была передана правительством Чехословакии АН СССР. В СССР материалы были рассредоточены по различным архивохранилищам (большая часть хранилась в ЦГАОР) и вплоть до конца 1980-х находились на специальном (закрытом для большинства исследователей) хранении.
После прихода к власти в Германии нацистов российские эмигранты еврейского происхождения, а также социалистической и либеральной ориентации вынуждены были перебраться во Францию и другие страны. Политика гитлеровского режима приветствовалась на страницах «Возрождения»; антифашистскую позицию заняли «Последние новости» и другие издания либерально-демократического направления. В условиях нарастания военной угрозы раскол в эмиграции еще более углубился. Часть эмигрантов считала, что следует защищать Россию от внешнего врага, кто бы в ней ни правил, другие возлагали надежду на то, что Красная армия, разгромив внешнего врага (Германию), повернет оружие против советской власти (А. И. Деникин и др.), третьи возлагали надежды на спасение России от большевизма Германией (П. Н. Краснов, А. А. фон Лампе и др.). Эмигранты, которые пришли к убеждению в необходимости защиты СССР, организовали уже в 1935 году «Союз оборонцев» (печатный орган – «Голос отечества»). В период гражданской войны в Испании несколько сот эмигрантов, главным образом молодого поколения (полковник В. Г. Глиноедский, И. И. Остапченко, А. В. Эйснер и др.), сражались против фашизма в Интернациональных бригадах. Но русские эмигранты (генералы А. В. Фок, Н. В. Шинкаренко, полковник Н. Н. Болтин и др.) воевали и в армии генерала Ф. Франко, где из них было сформировано специальное подразделение. В период советско-финской войны часть видных эмигрантов (В. А. Маклаков и др.) отказались осудить советскую агрессию, полагая, что советская власть решает национальную задачу.
После начала Второй мировой войны многие русские эмигранты во Франции были мобилизованы в армию, некоторые (Г. В. Адамович) вступили в армию добровольно. После оккупации Франции нацистами начался исход части эмигрантов за океан – в США перебрались Алданов, Вишняк, Керенский, Николаевский и др. Гитлеровцы распустили эмигрантские организации, в том числе Эмигрантский комитет, руководство которого во главе с Маклаковым некоторое время содержалось в тюрьме (1942). Нацисты создали Управление по делам русских эмигрантов во Франции во главе со своим ставленником Ю. С. Жеребковым.
После нападения Германии на СССР руководитель Объединения русских военных союзов в Германии и оккупированных ею странах Центральной Европы фон Лампе обратился к германскому командованию с просьбой направить бывших военнослужащих на советско-германский фронт. Однако нацисты использовали поначалу лишь отдельных добровольцев в основном в качестве переводчиков. Генерал Краснов возглавил Управление казачьих войск, в формировании военных частей в помощь вермахту принимали участие А. Г. Шкуро и др. В Югославии в помощь германским войскам был сформирован Русский охранный корпус (командующие – генералы М. Ф. Скородумов, затем Б. А. Штейфон), который участвовал в боевых действиях против югославских партизан. За годы войны в корпусе служило более 17 тыс. человек, свыше тысячи было убито, свыше 2 тыс. ранено. Эмигранты служили, в том числе на командных должностях, в Русской освободительной армии А. А. Власова (генералы А. В. Туркул, В. Г. Науменко и др.). В нацистских изданиях, выходивших на русском языке в Париже («Парижский вестник», 1942–1944, ред. П. Н. Богданович, Н. В. Пятницкий и др.) и Берлине («Новое слово», 1933, ред. с 1934 года В. М. Деспотули), печатались И. С. Шмелев, И. Д. Сургучев, возглавивший прогитлеровский союз писателей в Париже, генерал Н. Н. Головин и др.
Русские эмигранты приняли участие в борьбе с нацистами во Франции. Более 100 из них погибли. Одними из основателей движения Сопротивления были молодые ученые-этнографы Б. Вильде и А. Левицкий, выходцы из эмигрантских семей, расстрелянные фашистами 23 февраля 1942 года. Мученическую смерть приняли княгиня Вики Оболенская, мать Мария (Е. Ю. Кузьмина-Караваева), Ариадна Скрябина (дочь известного русского композитора) и др. В нацистских лагерях погибли Бунаков-Фондаминский, Ю. В. Мандельштам, Фельзен и др. Антинацистскую и патриотическую пропаганду вела «группа Маклакова», призвавшая пересмотреть отношение к советской власти. П. Н. Милюков в статье «Правда большевизма» (1942) признал достижения советской власти в деле воссоздания российской государственности и защите страны. В Париже с ноября 1943 года действовал Союз русских патриотов, нелегально выпускавший листок «Русский патриот», в котором публиковались сводки Совинформбюро, обращения к русским эмигрантам и советским военнопленным.
После освобождения Парижа сенсацией стал визит в советское посольство группы эмигрантов во главе с Маклаковым 12 февраля 1945 года. В ходе приема посол А. Е. Богомолов и его посетители-эмигранты обменялись речами. Союз русских патриотов был переименован в Союз советских патриотов, а его орган – в «Советский патриот» (1945–1948, ред. Д. М. Одинец). Просоветские позиции заняла выходившая в Париже с 1945 до 1970 года газета «Русские новости» (ред. А. Ф. Ступницкий).
Однако иллюзии некоторых эмигрантов по поводу возможности примирения с советской властью быстро рассеялись. Советская власть хотела не примирения, а капитуляции эмиграции, а основное условие «примирения», сформулированное Маклаковым в статье «Советская власть и эмиграция» (май 1945 года) – «соблюдение прав человека», – по-прежнему было для коммунистического режима неприемлемым. После оккупации Советской армией ряда стран Восточной и Юго-Восточной Европы и Маньчжурии советскими спецслужбами были проведены аресты и депортации эмигрантов. Были вывезены в Москву и казнены Краснов, Шкуро, Г. М. Семенов, бывший министр финансов колчаковского правительства И. А. Михайлов и др. Был депортирован в СССР и умер в 1945 году в заключении наиболее заметный харбинский поэт А. И. Несмелов. Однако репрессии коснулись не только тех, кто принимал участие в вооруженной борьбе против советской власти или сотрудничал с нацистами или японской администрацией. В Чехословакии были арестованы, в частности, литературовед А. Л. Бем (погиб в заключении), престарелый кн. Петр Д. Долгоруков, С. П. Постников, депортированные в СССР и приговоренные к различным срокам заключения, в Югославии – В. В. Шульгин, осужденный на 25-летнее заключение, и др.
В годы войны центром интеллектуальной и культурной жизни российской диаспоры стали США. В 1942 году в Нью-Йорке Алдановым и М. О. Цетлиным был основан «Новый журнал» (ред. в 1946–1959 годах М. М. Карпович, в 1959–1986 годах соредактором или главным редактором был Р. Б. Гуль), сменивший «Современные записки» в роли наиболее популярного «толстого» литературно-политического журнала Русского зарубежья (издается до настоящего времени), здесь же выходили литературно-художественный журнал «Новоселье» (1942–1950 годы, с 1948 года в Париже, ред. С. Ю. Прегель) и меньшевистский «Социалистический вестник».