Український історик В. Замлинський вказує: «уже ті перші битви (під Жовтими Водами і Корсунем) дарували Богданові на все життя побратимів – Максима Кривоноса, Данила Нечая, Івана Богуна, Івана Ганжу, Михайла Кричевського… З ними були виграні всі наступні битви Визвольної війни».
Сучасна історикиня козацтва Т. Яковлєва-Таїрова, навпаки, заперечує участь І. Богуна у перших битвах 1648 року: під Жовтими Водами, Корсунем, Пилявцями, пояснюючи це тим фактом, що у цей час він перебував у районі Сіверського Дінця. Історикиня вважає, що беззаперечною є участь І. Богуна у подіях періоду 1650–1656 рр.: в обох оборонах Умані, Брацлавля, Дрижиполя, поході 1657 р. на допомогу Ракочі (схоже, йдеться про трансильванського князя Ракоці Дєрдя ІІ (відомого також як Георгій та Юрій ІІ); сполучення cz в угорських власних назвах означає звук, близький до Ц, на відміну від польскої мови, де воно означає Ч). Вона також вважає, що Богуна призначено полковником до наступу військ Богдана Хмельницького на Львів (1648 р.).
В. Шевчук у коментарях до т. І «Літопису» Самійла Величка подає інформацію, що «Богун Іван був з лютого 1649 р. подільский полковник».
Сучасний український історик О. Гуржій зазначає: «I. Богун зайняв найвищий ранг у полку в період між складанням «Реєстру Війська Запорозького», яке здійснювалось восени 1649 р., й початком серпня 1650 року. Для України то був дуже складний і тривожний час».
Український історик Григорій Казмірчук знайшов в архівах документи, у яких записано: «5 грудня 1649 р. був висвячений на кальницького полковника старшиною кальницького, уманського, черкаського полків і архимандритом дияконом Онуфрієм Іван Богун. На предмісті містечка Кальник ним власноручно був посаджений дуб, який символізує могутність козацького роду». Цей здоровий і міцний, з великою й густою кроною дуб, в обхваті понад чотири метри, висотою понад 20 м, і нині зростає у селі Кальник Іллінецького району на Вінниччині.
У 1650 р. за виняткову хоробрість, непримиренність до ворогів і військові здібності Богдан Хмельницький призначає Івана Богуна полковником Вінницького полку, який мав обороняти західні кордони визволеної території України.
1650 року за організаторські здібності та військовий талант Івана Богуна призначено ще і кальницьким полковником.
З січня 1651 року І. Богун – кальницький і вінницький полковник.
У ці ж роки полковник І. Богун стає активним учасником дипломатичної діяльності гетьмана Богдана. Богун часто-густо перебував поряд з Хмелем і не лише мав уже певний вплив на нього, а й деякою мірою визначав зовнішню політику Козацької держави.
Так, у 1650 р., як вказує історик О. Гуржій, він активний учасник переговорів українського гетьмана, польського короля, кримського хана і російського уряду про подальшу долю України. «Уже казалось, все шло на лад, вдруг в одно мгновенье что-то новое; разные перемены, тяжелые и вреднье случайности и вмешательства, которых разум не может предотвратить и постичь. Потому письмо к вам я должен начать с того, что там и высланный ко мне староста черкаський, мой родной брат, застал все в спокойствии; все испортил потом один бунтовщик, какой-то полковник Богун, и моей близости к запорожскому гетьману так помешал, что я едва смог снова ее возобновить», – писав у листі до польського короля з приводу переговорів його з Хмельницьким сенатор і київський воєвода Адам Кисіль.
У тому ж 1650 році відбулася козацька рада в Чигирині. На ній були присутні посли: від російського царя – князь Василь Бутурлін, польського короля – канцлер Любомирський та Адам Кисіль, турецького султана – Осман-ага й сілістрійський паша Узук-Алі (Узух-Алі). Кожний з них від імені свого сюзерена пропонував Б. Хмельницькому заступництво.
В оточенні гетьмана думки з цього приводу розідилися. Сам же керманич з деякими своїми «старими» прибічниками схилявся до протекції московської. Богун з «молодими» («нововписаними») козаками нібито виступив проти такого рішення, пояснюючи це тим, шо у Московській державі панує невільництво і кріпацтво.
Для України це був дуже складний і тривожний час. На Поділля Іван Богун прибув за наказом Богдана Хмельницького «для наведення порядку і заспокоєння бідних людей, щоби вже більше крові пролито не було». «Наказую, щоб ніхто надалі не смів на Поділля до Кам’янця війська приводити… що він має намір карати будь-яких порушників кордонів, але все-таки вважає, що краще буде, щоб ми в довірі жили, як предки наші, волею Божею», – звертався полковник до всього населення.
Отже, незаперечним залишається той факт, що І. Богун – активний прихильник гетьмана Богдана Хмельницького у його справі боротьби за національне визволення українського народу. Військова кар’єра Івана Богуна була довготривалою, що забезпечило йому роль одного з найбільш наближених до гетьмана Б. Хмельницького полковників, який, як згадано вище, не лише мав певний вплив на нього, але й деякою мірою визначав політику в Козацькій державі 50—60-х рр. ХVІІ ст.
Розділ другий
Славетний оборонець Вінниці
З січня 1651 року І. Богун – кальницький і вінницький полковник.
Військова кампанія 1651 р., підготовка до якої йшла з осені 1650 р. і продовжувалася у січні 1651 р., розпочалася на початку лютого 1651 р., коли коронний гетьман Мартин Калиновський, порушивши умови Зборівського миру (1649 року) і розіславши наказ про збір військ, повів польські війська у напрямку Бару, готуючись до виступу проти «бунтівного хлопства».