Когда улеглись революционные и антисемитские беспорядки 1905 года, возобновил работу и кирпичный завод. Иона Зайцев, сахарный магнат, вкладывал доходы от фабрики в поддержание еврейской хирургической больницы, передового медицинского учреждения, оказывавшего бесплатную помощь неимущим пациентам всех вероисповеданий и построенного на средства Зайцева в 1894 году в честь бракосочетания Николая II и Александры Федоровны. Он и другие видные евреи надеялись, что подобные полезные учреждения послужат доказательством заботы киевских евреев об общем благе и их лояльности режиму. Погром 1905 года стал катастрофическим шагом назад, но благотворительная больница продолжала работать. Можно сказать, что, работая заводским приказчиком, Мендель Бейлис тоже прилагал усилия, чтобы завоевать расположение русских людей и государства.
Через неделю после случившегося Андрея похоронили на кладбище Лукьяновки. Панихиду служил бывший духовник Андрея, который, произнося нараспев слова православного богослужения, вдруг заметил, что в открытую могилу летят клочки бумаги. Это были листовки, которые гласили, что Андрюшу Ющинского «замучили жиды», каждый год перед своей Пасхой (еврейская Пасха в том году выпала на 31 марта) убивающие христианских детей, чтобы смешать христианскую кровь с мацой и таким образом отпраздновать смерть Спасителя, которого они замучили, распяв на кресте.
Судебные доктора нашли, что Андрея Ющинского перед страданиями связали, раздели и голого кололи, причем кололи в главные жилы, чтобы побольше добыть крови! Жиды сделали пятьдесят уколов Ющинскому!
Русские люди! Если вам дороги ваши дети, бейте жидов! Бейте до тех пор, пока хоть один жид будет в России! Пожалейте ваших детей! Отмстите за невинных страдальцев! Пора! Пора!
Вскоре по подозрению в подстрекательстве к насилию и раздаче провокационных листовок полиция арестовала некоего Николая Павловича. Киевская охранка подтвердила, что двадцатидвухлетний Николай «известен отделению» как член черносотенной организации «Союз русского народа» и местного общества правой молодежи «Двуглавый орел». Тайная полиция не спускала глаз с любой сколько-нибудь значимой политической организации, пусть даже внешне преданной царскому режиму. Павлович, время от времени работавший механиком, был мелким преступником и типичным представителем «Черной сотни», в которую входил и криминальный элемент люди, не брезговавшие насилием, грабежом и убийством. При этом «Черная сотня» была первым движением правого толка, объединившим все социальные классы России крестьян, рабочих, духовенство, лавочников, дворян для защиты царя от его врагов. Николай II благосклонно относился к «Черной сотне». В декабре 1905 года, когда год, принесший России столько потрясений, подошел к концу, он заявил: «Я верю, что с вашей помощью мне и русскому народу удастся победить врагов России».
Черносотенцы появились в хаосе революции 1905 года, поставившей под угрозу существование трехсотлетней династии Романовых. Революционное движение в России зародилось давно, но настоящей революции страна не видела до 1905 года. Правда, сказать, что до первой революции в государстве царили мир и спокойствие, нельзя: предыдущее поколение русских людей фактически изобрело политический терроризм в его современной форме. В 1881 году народовольцы убили Александра II, деда последнего императора; это было первое в истории убийство, совершенное террористом-смертником. При этом «царь-освободитель», отменивший крепостное право, был самым либеральным правителем за всю историю России. В первые годы ХХ века счет царских чиновников, убитых членами других радикальных организаций, преемниками народовольцев, прежде всего эсерами, шел на тысячи. С осени 1905 года по осень 1906-го, рекордный по количеству жертв год, число убитых составило 3611. Вкус радикалов к кровопролитию скорее зачаровывал, чем отталкивал значительную часть либеральной общественности, видевшей во взрывах, убийствах и грабежах (или «экспроприациях») акты романтического и героического отчаяния. Сочувствие революционерам считалось, по словам одного из современников, признаком хорошего тона, показывающим, что человек занимает правильную позицию в истории. В 1905 году революционеры внезапно превратились в серьезную угрозу для одряхлевшего самодержавия, ослабленного войной с Японией.
В этот тяжелый год черносотенные организации по собственному почину занимались охраной порядка или функционировали как военизированные группы, поддерживавшие царский режим. Известно, что черносотенцы творили произвол, подстерегая на улицах людей особенно евреев и студентов, которых подозревали в непокорности властям, и заставляя их становиться на колени перед портретом царя. Скандальную славу им принесли жестокие погромы, устроенные по всей империи в 19051906 годах, в том числе в Киеве. Вопреки представлениям современников и потомков, историки полагают, что такие акции нельзя считать обдуманными и запланированными. При этом были убиты около трех тысяч евреев, тысячи получили увечья, мародеры набрасывались на людей посреди улицы, разоряли еврейские жилища и предприятия.
Сам Николай II никогда не призывал открыто к насилию в отношении евреев, но так писал матери, вдовствующей императрице Марии Федоровне в октябре 1905 года:
В первые дни после манифеста нехорошие элементы сильно подняли головы, но затем наступила сильная реакция, и вся масса преданных людей воспряла. Результат случился понятный и обыкновенный у нас: народ возмутился наглостью и дерзостью революционеров и социалистов, а так как девять десятых из них жиды, то вся злость обрушилась на тех отсюда еврейские погромы.
Царь покровительствовал одному из самых одиозных подстрекателей-черносотенцев, «безумному монаху» Илиодору, который пропагандировал идеологию правых в чистом виде, построенную, по словам историка Джейкоба Лангера, на «представлении о евреях как народе, наделенном сверхчеловеческой силой и распространяющем зло в библейских масштабах». Илиодор, живший в Царицыне (нынешнем Волгограде), проповедовал перед многотысячными толпами. Он утверждал, что евреи пьют человеческую кровь, что для них убийство христианина благочестивый поступок, что Антихрист родится среди евреев, что они прокляты Богом, что от них все зло на свете. «Безумный монах» обладал таким обаянием, что доводил некоторых слушавших его женщин до истерических рыданий.
Премьер-министр П. А. Столыпин в частных разговорах называл Илиодора «фанатиком» и распространителем «черносотенной пропаганды», расшатывавшим авторитет правительства. Но Илиодору удалось втереться в доверие к ближайшему окружению императора. Он заручился покровительством «святого старца» Григория Распутина, гипнотическое воздействие которого на царскую семью на тот момент достигло апогея. Церковь попыталась отослать Илиодора в отдаленную епархию, но царь воспрепятствовал высылке по его словам, «из жалости» к приверженцам этого праведника.
История Илиодора иллюстрирует парадоксальные правила игры, установившиеся на закате царской России. Мишенью Илиодора оказалась не только «сатанинская шайка» во главе с евреями, но также богатые капиталисты и помещики; он даже призывал казнить премьер-министра. Николай же видел в нем не врага, подрывающего государственные устои, а одного из «массы преданных людей», защищающей его от «наглости» настоящих врагов, «девять десятых» которых якобы составляли евреи.