В 1898 году Роман Иванович окончил Санкт-Петербургскую духовную академию по первому разряду со степенью кандидата богословия с правом на получение степени магистра богословия без устного испытания. Кандидатское сочинение им было написано на тему: «Приход, как основная форма церковной жизни». В соответствии со своими нравственными и религиозными пожеланиями он 1 сентября того же года был назначен регентом и проповедником при церкви святого Иоанна Предтечи на Выборгской стороне.
Живя в Петербурге, Роман Иванович познакомился с протоиереем Иоанном Кронштадтским и, став его духовным сыном, ничего впоследствии не предпринимал без его благословения. Духовное окормление отца Иоанна оказало на него большое влияние, и, рукоположенный во священника, он центром своей деятельности сделал литургическое служение, и были периоды, когда он служил ежедневно.
12 августа 1899 года Роман Иванович был назначен помощником инспектора Литовской духовной семинарии. Ректором семинарии был тогда архимандрит Палладий (Добронравов), инспектором Иосиф Васильевич Щербицкий, а затем священник Евстафий Сергеевич Гроздов, надзирателем Владимир Кузьмич Ходкин. Все были выходцами из Западных и Северо-Западных губерний Российской империи Могилевской, Виленской, Ковенской и Люблинской.
В 1900 году в семинарии произошло событие, которое потрясло всех, и не столько своим непосредственным содержанием, ибо нет ничего более обычного и привычного на земле, чем смерть, сколько своей внезапностью. В последних числах мая утонул ученик 5 класса Всеволод Парчевский. Это произошло столь стремительно, что никто не успел оказать ему помощь, а затем прошло еще некоторое время, пока полицейские смогли отыскать его тело. После отпевания, совершенного в семинарской церкви, гроб был отнесен семинаристами на кладбище. И здесь, у открытой могилы, Роман Иванович сказал надгробное слово, в котором отразилось его стремление проникнуть в тайны жизни за гробом: «Еще несколько мгновений и сырая земля навсегда скроет от нас прах возлюбленного брата нашего, воспитанника Всеволода. В эту минуту тяжкой разлуки последнее слово должно принадлежать тебе, брат наш Всеволод!
Ты знаешь теперь больше нас. Ты знаешь тайну жизни и тайну смерти, и мы не ошибемся, когда скажем, что твоя откровенная душа хотела бы поделиться с нами твоим новым знанием. Увы! безмолвные уста закрылись навеки и не откроются никогда. Тщетно с напряженным вниманием мы будем прислушиваться к твоему праху. Но твоя душа жива. Ее не видят телесные очи, не слышат земные уши. Но у людей веры есть видение веры, и у людей любви есть слух любви. Проникая в твою душу, это видение и этот слух слышат, что из-за пределов смерти ты обращаешься ко всем нам с тихой мольбой. Она есть плод новоузнанной тайны твоей и того тихого покоя, который должны были возбудить в тебе молитвы Святой Церкви.
Послушайте же, братья и сестры, эту последнюю мольбу Всеволода. Он надеется, что мы выслушаем его внимательно. Он видел, сколько любви проявили его товарищи в отыскании и в заботах о его бренных останках. Он ощущает и те добрые чувства, которыми одушевлены все мы здесь, у его могилы. Послушаем же, что скажет Всеволод. Вот его слова: Молитесь обо мне; это самый лучший ваш дар для меня. Вы обещали молиться всегда. Благодарю вас. Молитва возношение человеческого существа к Богу. Мне теперь ясно, откуда раздается и она, и сладостная вера. Я знаю, те из вас, души которых застилают тягостные сомнения, не могут молиться. Но и вы можете мне дать драгоценный дар. Живите добром. Дорожите всякой искрой добра в себе и в других! Раздувайте ее в яркое пламя. Нежно обходитесь с этим благородным растением в себе и других. Живите добром. Не изменяйте ему. Знайте, что все ручейки добра нашей Богозданной природы текут в одно море Божией любви. Жизнь добром приведет вас к вере, любви и молитве. Не ослабевайте же, живите добром и надейтесь, трудитесь в добре. И моя радость будет совершенной, когда вы так вживетесь в небесную правду добра, что смерть не станет вам страшной. Большего я не могу желать, чем то, когда тяжелое смущение, трепет, вызванные моей неожиданной смертью, заменятся в вас той радостью, которую испытывали мученики первых веков перед смертью».
После окончания академии Роман Иванович был намерен отказаться от брака и всего себя посвятить служению Господу, но, увидев Анну Николаевну Невзорову, которая училась тогда на медицинских курсах в Санкт-Петербурге вместе с его сестрой Ольгой, он стал колебаться в своем решении, и ему подумалось: Господь показывает ему, что и в браке возможно святое, ревностное служение Господу. И 19 октября 1900 года он сделал Анне Николаевне предложение. 9 декабря того же года Роман Иванович был уволен с должности помощника инспектора семинарии, согласно своему прошению, и, готовясь к рукоположению в сан священника, уехал в Санкт-Петербург.
В Петербурге ему было предложено несколько священнических мест, и митрополит Санкт-Петербургский Антоний (Вадковский) обещал поддержать его выбор. Тогда же с особенной настойчивостью его стали звать на место священника в Крестовоздвиженское трудовое братство, находившееся в Глуховском уезде Черниговской губернии. В конце концов Роман Иванович склонился к служению в Крестовоздвиженском братстве и, остановившись на этом решении, как он говорил, все другие предложения стал воспринимать как помеху, соблазн, который, «чем более шумит и хочет кружить голову, тем опаснее».
Проблемы христианской общины
В 1901 году 7 января Роман Иванович обвенчался с Анной Николаевной Невзоровой, дочерью священника, служившего в церкви в Старорусском уезде Новгородской губернии. 22 января 1901 года епископ Черниговский и Нежинский Антоний (Соколов) назначил Романа Ивановича на место священника в Крестовоздвиженскую церковь на хуторе Воздвиженске и 25 февраля рукоположил его во диакона, а 4 марта во священника.
Хутор Воздвиженск и храм располагались в имении помещика Николая Николаевича Неплюева, который был не только основателем, административным главой, но и духовным руководителем Крестовоздвиженского трудового братства. Приехав на место своего первого пастырского служения, отец Роман был в какой-то степени ошеломлен порядками, имевшимися в приходе. Если до своего приезда он обещал редакции «Миссионерского обозрения», что будет регулярно посылать в журнал свои статьи, описывая в них жизнь знаменитого Крестовоздвиженского братства, то теперь он понял, что еще долго не сможет выполнить своего обещания, потому что ему самому еще предстояло во всём разобраться. Только через год он смог писать о Братстве, не возводя напраслины, не преувеличивая и не преуменьшая его достоинств.
Изложив свои соображения относительно Братства письменно, в виде отчета о своей деятельности за минувший год епархиальному архиерею, епископу Черниговскому и Нежинскому Антонию, отец Роман сначала предполагал послать доклад по почте, но затем подумал, что к нему могут понадобиться и устные разъяснения, тем более необходимые, что в течение года он ничего не писал о проблемах в Братстве, и потому решил лично встретиться с епископом и, если будет нужно, ответить на все могущие быть недоумения.
Объяснения действительно потребовались; для епископа прежде всего было неясно, почему священник столь долго молчал. Отец Роман объяснил, что молчал потому, что не хотел ошибиться, высказать в столь важном вопросе что-то скоропалительное и, может быть, ошибочное, что не вполне бы соответствовало действительности. На уяснение неординарного религиозного и социально-общественного явления, внутри которого он оказался, потребовался год. Но теперь он мог вполне взвешенно высказать епископу Антонию взгляд на свое положение в Братстве как пастыря Православной Церкви. Епископу Антонию сказанное священником показалось столь существенным, что он пожелал, чтобы отец Роман лично сообщил об этом Святейшему Синоду.