Отец Роман отправился в Санкт-Петербург и 8 июля 1902 года представил свой доклад о положении дел в Братстве обер-прокурору Синода К. П. Победоносцеву, также направил копии докладов митрополиту Санкт-Петербургскому Антонию, архиепископу Харьковскому Флавиану (Городецкому), которого он знал по его деятельности епископом Люблинским, а затем Холмско-Варшавским, и некоторым другим.
Вопросы, которые поставила священнику жизнь во время его служения в Крестовоздвиженском братстве, оказались исключительно важными, так как Братство, состоя из людей православных, являлось в то же время замкнутой социально-экономической общиной, как бы небольшим государством со своими уже сложившимися правилами и обычаями, так что предстояло решить, что пастырь считает принципиальным и существенным для себя, от чего ему ни в коем случае не следует отступаться, столкнувшись с уже установившимися в Братстве порядками. Служение в общине побудило отца Романа четче сформулировать для себя задачи пастырства. В дополнение к докладу он написал большую статью под названием: «Какими принципами я руководствуюсь в своей пастырской деятельности?»
В ней он, в частности, писал: « молю Бога, чтобы и мое пастырство не было тщетным, но вполне бы соответствовало носимому мною сану православного иерея <>, чтобы быть верным служителем Пресвятой Троицы. Я понимаю, что пастырство есть высшее служение для христианина на земле, и не дай Бог ни мне, ни всякому другому пастырю служение Богу променять на служение человеку, каковы бы ни были его личные достоинства и высокое земное положение. Высота пастырского служения несравнима. <>
Способы пастырского руководства <> не могут быть однообразными. Одно можно сказать с совершенной несомненностью. Везде громадное значение имеет исповедь как констатирование во всей действительной наготе настоящей действительности. Исповедь есть лот, которым определяется церковная глубина и отдельного христианина, и христианских обществ. Без неё невозможно определить настоящего уровня церковной жизни, сохранить правду церковную и нормальное развитие вперед. Исповедь является как бы почвой всего христианского делания, основное выражение любви пасомых к пастырю и пастырей к высшим руководителям христианской жизни. Равно и обратно: духовническое руководство высшая форма любви к пасомым. Исповедь и нормальное ее положение вырастает в первостепенный вопрос для Церкви и государства, потому что она есть истинное самопознание, без которого немыслимо никакое христианское движение. А пастырское разрешение и вязание является самым интенсивным охранителем церковной целости, высоты и роста. Дело необычайной важности и трудности для каждого пастыря. <>
Пастырство есть основной узел к разрешению всех христианских проблем. Вопрос о пастырстве вырастает в первостепенный вопрос Церкви и христианского государства. И едва ли прозвучит неправдой, если мы скажем, что только должное решение его даст надежду, что наконец мгла, облегающая наше Отечество, рассеется, Церковь и христианское государство прочно станут на свои исторические устои»
Отец Роман не скрывал своего отношения к духовным проблемам Братства, как он их видел, не пытался выстроить «лояльных» отношений с братчиками в ущерб христианским принципам, но, наоборот, попытался публично указать на их недостатки, чтобы тем вернее найти путь к их исправлению. Священнику было не по душе, что самой формой устроения Братства и установками его руководителя у людей была отобрана свобода нравственного поступка, возможность относиться ко всякому человеку по-христиански, вне зависимости от того, является ли он или нет членом Братства. Не по душе было и то, что жизнь в Братстве устраивалась на условиях лидерства одного человека, председателя Братства, которому было выгодно держать остальных в некотором невежестве, не давая им права на свои собственные воззрения. Прискорбным было и то, что руководитель Братства не испытывал ревности относительно исполнения церковного устава, например поста. Но, не желая показать свою слабость перед подчиненными ему членами Братства, он оправдывал себя казуистическими рассуждениями с ложными ссылками на Священное Писание, чтобы иметь возможность и самому не поститься, и подталкивать к тому же других. Свободное обращение с церковным уставом и ничем не оправданное отступление от него приводило к душевному и телесному расслаблению членов Братства.
В 1902 году отец Роман, в соответствии с уставом Крестовоздвиженского трудового братства, подал в общее собрание всех полноправных и приемных его членов заявление о религиозно-нравственной стороне жизни Братства. В нем он попытался ответить на кардинальные для Братства вопросы: «Сознательно ли православно Братство? Насколько Братство восприняло истины православия? Каково в Братстве братское общение? Каков в Братстве труд?»
Особенно поразило отца Романа нехристианское отношение к людям, не состоящим в Братстве. «В отношениях к не братьям, писал он, рекомендуется жесткость и бесчувственность через принципиальное отвержение необходимости для себя частной благотворительности. Это показывает, что высшая систематическая благотворительность Братства мертвая умственная выкладка для замаскирования своего эгоизма и скупости, а не составляет истинной потребности Братства на основе жалости к человеческому горю. <> Отсекать от себя частную благотворительность значит <> отсекать от себя питающие соки живого чувства, значит застраховать себя от возможного сознания своих ошибок и мертвости своего дела через встречу с истинной человеческой бедой».
Отец Роман заметил руководителю Братства Н. Н. Неплюеву, что тот сознательно держит членов Братства в невежестве. «Усвоения православного учения почти нет, писал он. Первоначальное научение в начальной школе и то же первоначальное научение в низших сельскохозяйственных школах при одном-двух уроках в неделю и только этого времени для приобретения полноты учения Церкви крайне недостаточно. Так дело обстоит в школах. В Братстве еще хуже. <> Учредитель Братства не желает большого умственного развития для членов Братства; он прямо боится его и считает излишним»
Эти общие установки Братства создавали тяжелые отношения между членами Братства и служившими здесь священниками ни один из них не смог прослужить в Братстве в течение сколько-нибудь продолжительного времени. Столкновения с жесткими порядками Братства подтолкнули отца Романа к тому, что он вынужден был определить четко для себя самого, каким он видит образ христианского пастыря, что считает идеалом и от каких христианских принципов считает невозможным отказаться. Его церковные представления о месте пастыря в приходе и принципы, которыми руководствовалось Братство, оказались в непримиримом противоречии.
Отец Роман писал по этому поводу в своем заявлении общему собранию Братства: «Братство доселе еще не стало на путь чистого, святого добывания хлеба. Этому мешают винокуренный завод [с наемными рабочими] и смешение помещичьего хозяйства с чисто братским. <> Настоящая экономическая организация Братства грозит обратить его в коллективного помещика, весьма тяжелого для округи, поскольку всякая частная благотворительность является запрещенной по уставу. Получается самая жесткая форма капиталистического строя без всякого приражения не только христианских, но и просто человеческих чувств. Труд Братства потерял нравственно оздоровляющее значение, следовательно, по своему жизненному принципу Братство неуклонно стремится в самоуслаждение. Между прочим, это доказывается и отношением Братства к постам Церкви. Напрасно оно не решается до конца послушать ее сделать у себя все ее посты обязательными. В уважении христианской свободы у Церкви только надо учиться.