В Минске сбылась заветная мечта иеромонаха Фаддея стать учителем. С 21 июня по 3 августа 1899 года он преподавал Закон Божий и церковнославянский язык на временных педагогических курсах, организованных для учителей и учительниц церковно-приходских школ. С 19 июня по 31 июля 1900 года он преподавал методику по Закону Божию и церковнославянской грамоте и дидактике на временных педагогических курсах для учителей и учительниц церковно-приходских школ и школ грамоты Минской епархии. 19 апреля иеромонах Фаддей был награжден наперсным крестом. С 19 июня по 27 июля он исполнял должность ректора Минской духовной семинарии и председателя Минского епархиального училищного совета.
Он понимал, насколько тяжело жилось тогда преподавателям церковных школ, почти никем не поддерживаемым и имевшим большое число противников в лице преподавателей и администраций конкурирующих с ними государственных школ, проводящих линию исключительно светского, не имевшего отношения к христианству и его нравственной составляющей образования и в своей педагогической деятельности практически уже произведших отделение школы от Церкви. Иеромонах Фаддей всячески старался поддержать учителей церковных школ подвижников на поприще христианского просвещения. «Но если даже одушевленная преданность своему делу по временам и охладевает в учителе, говорил он им, и в некоторые минуты его жизни неспособна поддержать его, то приходит на помощь размышление. Чувство само по себе непостоянно, подобно волнам то поднимающимся, то опускающимся, беспристрастное размышление спокойно и делает безопасным от непрестанных волнений. В минуты упадка духа учитель может поддержать себя размышлением о всей высоте и важности своего служения».
С принятием монашеского пострига, священного сана и назначением преподавателем семинарии иеромонах Фаддей усугубил подвиги, и в особенности поста. Что еще он мог сделать и как потрудиться, чтобы возгореться еще большей ревностью на пути нравственного совершенствования и подвига любви к своим питомцам? на них он смотрел как на врученных ему Богом, а на преподавание как на святое, данное ему Богом послушание. Этот его подвиг поначалу не встретил ни уважения, ни сочувствия со стороны его коллег-преподавателей. На ревностного труженика посыпались оскорбления, тем более неудержимо злобные, что сталкивались они с кротостью и даже безответностью подвижника. Ни одного слова ропота или осуждения не сошло с его уст. Он уже избрал свой идеал служения Богу монашество, пастырство и учительство и его держался твердо, вопреки всем искушениям.
Иеромонах Фаддей писал тогда, что пастырь «должен быть готов не только с любовью встречать тех, кто охотно идет на его зов, но и иметь мужество встретить времена, когда, по слову Христову, поражен будет пастырь, и рассеются овцы стада (Мф. 26: 31), когда сердце самого пастыря будет терзаться от уныния и скорби, а овцы стада, невзирая на это и как бы не чувствуя близости своей погибели, всё более и более рассеиваются по путям погибели, с которых хочет возвратить их пастырь. Он должен быть превыше обычных немощей, свойственных людям, дабы не иметь нужды по вся дни прежде о своих гресех жертвы приносити, потом же о людских (Евр. 7: 27), дабы легка была его молитва, возносимая за грехи людские. Далеко должно быть от него всякое тщеславие и памятование обид, дабы кротостью его с большим удобством было побеждаемо упорство непослушных. Он должен иметь такую веру, чтобы, видя совершенное бессилие своего слова, возложить упование на всесильную благодать, которая и наиболее огрубевшие души смягчает, отверзая для восприятия слова пастыря даже сердца людей, желавших искусить беззлобство его (Прем. 2: 19)».
Ректору семинарии, архимандриту Тихону, не нравилась та ревность, с какой совершал иеромонах Фаддей свое служение в Минске, она невольно обличала его и некоторых других с ним солидарных, и 27 июля 1900 года иеромонаха Фаддея с понижением в должности перевели преподавателем основного, догматического и нравственного богословия в Уфимскую духовную семинарию, куда его с радостью принял епископ Антоний (Храповицкий), назначенный 14 июля 1900 года правящим архиереем Уфимской епархии и, по-видимому, со своей стороны предпринявший усилия, чтобы избавить иеромонаха Фаддея от «минских» искушений.
«Се что добро, или что красно, но еже жити братии вкупе»
На новом месте служения в Уфе, вспоминая все те насмешки и унижения, которые ему пришлось пережить в Минске, и тот бесценный опыт, который благодаря им он приобрел, иеромонах Фаддей лишь укрепился в своей решимости при всех тесных обстоятельствах оставаться прежде всего учеником Христовым. Он писал: «Чтобы приобрести истинную любовь, человек постоянно должен быть готовым встретить неприятности и ненависть со стороны людей, которым он желает добра. И это есть для него то крещение огненное, которым он должен креститься! Только испив сию чашу и приняв такое крещение, он приобретет истинную любовь к людям. Тогда он научится искать во всем не того, что ему самому приятно, а того, к чему побуждает его любовь к другим людям. И как каждый человек всеми силами порывается сделать что-либо доброе и приятное тому, кого он любит, так должен он стараться расположить себя и в отношении ко всем».
С 1901 года по 8 января 1903 года иеромонах Фаддей состоял членом Уфимского епархиального училищного совета; с 13 июня по 15 июля 1901 года он преподавал учительницам церковно-приходских школ общую дидактику и методику Закона Божия и церковнославянский язык на летних учительских курсах.
Открывая курсы, иеромонах Фаддей сказал: «Озирая лицо земли Русской, со скорбью мы видим, что из высших, иногда лишь по имени только, интеллигентных классов общества волна разнузданности мысли и воли всё более идет в народ и грозит опустошить любимое достояние его веру Христову. Еще по преданию и привычке он крепко держится этой веры, но холод страстей может корень и его жизни погубить, сделав его маложизненным, как подточен он уже сомнениями в большей части так называемого интеллигентного общества. И может случиться с ним то же, что с одной из древних христианских церквей: ты носишь имя, будто жив, но ты мертв (Апок. 3: 1). Не за то ли постигают его и постоянные бедствия: то голод, то засуха, то град, то землетрясения, что он оставляет веру отцов и не держится ее всем сердцем. Не оттого ли высшие классы общества озираются в недоумении, где найти исход из современного печального порядка вещей, и нигде не видят помощи человеческой, ибо бессильной оказывается эта помощь там, где необходима высшая помощь Божественная
И вот ныне все мы, призванные быть просветителями народа, что должны положить в основание этого просвещения, как не веру Христову?.. Сохраним в себе этот свет Христова учения, глубоко внедренный в сердца наши еще при самом вступлении в мир сей, и взыщем его как драгоценное сокровище, ради которого мы готовы были бы оставить всё, лишь бы его приобрести прежде всего! И весь разнородный материал просвещения, из которого духовно созидается человек, постараемся приспособить к единой высшей цели человеческого существования! Цель же сия приготовить в душе каждого внутреннюю храмину для обитания Христа, Который бы был светом вечным и истинным, просвещающим всякого человека грядущего в мир! (Ин. 1: 9)».
Основывая свое видение окружающего на Священном Писании, педагог-подвижник не мог не замечать глубокого нравственного неблагополучия в обществе, грозящего всем большими бедствиями. «Но если исполнились слова Господа об Израиле, то должны исполниться и о нас, писал иеромонах Фаддей. Мы один из тех народов, которому отдано Царствие Божие, вместо Израиля, дабы принести плоды в назначенное время. Уже девять веков прошло с того времени, когда русский народ призван к деланию в винограднике Царствия Христова. С тех пор он возрос в мужа силы. Обладая богатыми духовными дарованиями, он превзошел другие народы: обессилевшими и умаленными являются они пред этим народом, далеко распространившим свои пределы в Европе и Азии и занявшим шестую часть всей земли. Велико должно быть и назначение такого народа для Царствия Божия. <> Но вот уже издавна начались и продолжают совершаться в жизни этого великого и прекрасного народа болезненные расстройства и потрясения. Они всё более сильно и глубоко начинают колебать те основы, на которых зиждется прочное здание, им воздвигнутое. Всё более усиливается неверие во Христа, бывшего от начала истинным краеугольным Камнем этого здания. <> Быть может, некогда и в России произойдет столь же общее отступление от Бога, какое наблюдается во многих странах Запада, и тогда настанет конец тем более ужасный, чем более вверено было нашему великому народу. Хотелось бы всем нам, любящим Россию, воскликнуть: да не будет!».