Видение этого ужасного конца не приводило иеромонаха Фаддея в состояние уныния. Он понимал, что таковы судьбы Божии, которых Господь не скрыл от любящих Его. Он писал: «Оставим тщетные надежды и мечты лжеименных мудрецов века сего о том, будто жизнь на земле никогда не может истощиться, но бесконечно будет обновляться, изменяться, развиваться и совершенствоваться. <> Сохранившиеся в наше время скудные остатки веры разве немногих христиан побуждают еще жить по духу Богом внушенной любви, по которой только и могут быть отличены истинные последователи Христовы от прочих людей мира. <> Однако в столь печальные времена, когда для Церкви Христовой как бы не будет уже места на земле по причине гонений и притеснений её со стороны неверующих во Христа сынов противления (Еф. 2: 2), должно ли приходить в смущение и уныние малое стадо Христово (Лк. 12: 32)? О, нет!»
Ставшее для иеромонаха Фаддея постоянным преподавание на курсах подвигло его написать для учителей церковно-приходских школ практическое пособие: «Записки по дидактике (общей и методике Закона Божия и славянского языка)», которое он опубликовал в 1902 году, чтобы каждый преподаватель мог им воспользоваться вне курсов. Эта книга стала основой преподавания в школе в ней было заявлено определенно, что фундаментом обучения и подлинного просвещения является христианство, что любая форма воспитания и передачи знаний вне этого фундамента может человека развратить, убить его душу и сердце.
Преподавая на педагогических курсах учителям земских школ, иеромонах Фаддей внимательно присматривался к своим ученикам, призванным разносить знания по городам и весям России. Они могли бы оказать некоторое религиозное влияние на воспитание народа, так как земские школы понемногу замещали церковно-приходские, руководясь часто неверующими чиновниками. Печалило отца Фаддея и то, что учителя земских школ, не отрицая православной веры явно, сами на практике не исповедовали ее, не посещали богослужений даже в двунадесятые праздники, относясь к этому вполне легкомысленно, не видя в отсутствии в их жизни церковного, а значит и христианского начала ничего дурного.
Прощаясь с преподавателями земских школ при закрытии курсов, иеромонах Фаддей обратился к ним с назидательным словом. «Может быть, скажут многие в ответ, что взамен того приобрели они такие сокровища умственные, ради которых следует признать извинительным и стеснение религиозных требований духа? с некоторой укоризной сказал он им. В подобном-то ответе и сказывается неискоренимая привычка к тому иностранному, западноевропейскому порабощению свободной русской мысли и жизни, на которое столь давно еще начали указывать наши русские писатели. Доселе русский народ не чувствует потребности освободиться от нигилистического ига Запада, которое всё сильнее и сильнее ложится на высшие потребности духа, вытравливая в сердце его потребность веры в Бога и правды в жизни. Ибо какие приобретения ума могут заменить ту душу живую, которая столь необходима в деле обучения, особенно же воспитания? Пусть на уроках русского чтения дети постигнут всё совершающееся во внешней природе, строение растений, жизнь животных и так далее, неужели к знанию этого более всего стремится их душа? Что сделается с нею, если, постигши всё это, она останется в неизвестности относительно величайших сторон собственной жизни и ее жизнь не приобщится к жизни Лозы истинной (Ин. 15: 1), к которой она привилась бы, как одна из ветвей? Что будет с детской душой, когда взор ее будет всецело устремлен вне себя и не будет совсем различать совершающегося внутри?»
С иным по содержанию словом иеромонах Фаддей обратился к учителям церковно-приходских школ: «Ныне, в день вашего разъезда, должен сказать вам, возлюбленные братья, словами апостола, что проповедь наша к вам была не тщетна и вход наш к вам был не бездейственным (1 Кор. 15: 14; 1 Фес. 2: 1). Поистине пришлось нам видеть, что проторжеся вода в пустыни и дебрь в земли жаждущей (Ис. 35: 6), призыв к жаждущим идти на воды (55: 1) нашел отклик в сердцах многих, если не всех вас. С каким усердием и охотою занимались вы всем, касающимся близкого вашему сердцу дела воспитания и обучения детей! Как много и безропотно переносили вы труды и как мало при этом дозволяли себе развлечений! С какою любовью и доверием относились вы к тем, кто призван был передать вам необходимые знания и наставления, хотя бы и сам он не чужд был многих недостатков! Пусть в ваших собственных занятиях с детьми не было заметно особенно какой-либо обработанности приемов преподавания и воспитания, но зато как заметна была в них душа живая! Пусть в вашем пении также было, может быть, немало недостатков, которые неприятны для изящного слуха, но зато какое одушевление слышалось в словах молитв, которые вы пели в церкви, или во время учебных занятий, или утром и вечером!»
Занятия, проведенные иеромонахом Фаддеем, оказали большое влияние на слушателей курсов; при их закрытии один из курсистов, обращаясь к нему, сказал: «Примите нашу посильную благодарность за то светлое нравственное влияние, которое Вы оказывали на всех нас во время пребывания нашего на курсах через Ваши полные христианской любви и правды поучения в храме, через Ваши чтения по общей дидактике, осветившие нам много в нашей учительской деятельности и научившие нас любить Христа и Его Святую Церковь, через Ваши образцовые уроки по славянскому языку, показавшие нам, как нужно вести преподавание последнего, чтобы оно оказывало действительно благотворное влияние на детскую душу, а не ограничивалось лишь механическою стороною дела, как это ведется в некоторых школах; наконец, через Ваше сердечное, простое обращение с нами, позволявшее нам откровенно беседовать с Вами и пользоваться Вашими добрыми советами.
Спасибо Вам и за драгоценный подарок общую дидактику, составленную Вами для учителей церковно-приходских школ, которой мы и будем руководствоваться в нашей педагогической деятельности».
В Уфе иеромонах Фаддей закончил работу над диссертацией «Единство книги пророка Исаии», за которую ему была впоследствии присвоена степень магистра богословия и дана премия. Рецензенты писали о ней как об исследовании, отличавшемся обстоятельностью и полнотой, составившем ценный вклад в русскую богословскую науку. Для того чтобы состоялась защита диссертации, ее текст нужно было отдать в типографию для напечатания, а для этого требовалось около 500 рублей, что значительно превышало имеющиеся у иеромонаха Фаддея средства, и ему пришлось занять недостающую сумму у сослуживцев. По существовавшим на тот момент правилам, академия могла выдать готовившимся к защите денежное пособие, если они обратились за ним в период, не превышающий двух лет со дня подачи документов на соискание научной степени. Иеромонах Фаддей написал ректору академии епископу Арсению, чтобы тот походатайствовал о выдаче такого пособия. Епископ откликнулся на просьбу, и иеромонаху Фаддею были присланы из академии 347 рублей.
«Весьма благодарю Ваше Преосвященство за содействие в оказании мне этой денежной помощи. Она освободит меня от многих долгов, в которые пришлось впасть мне, благодаря печатанию сочинения, писал он епископу Арсению. Приехав в Уфу после магистерского коллоквиума, я по-прежнему принялся с ревностью за свое богословие. Хотя вообще мне приходится готовиться, и остается пока время для постороннего чтения, но зато присоединились трудности другого рода нынешний год труднее заинтересовать воспитанников после того, как они в прошлом году уже испытали сладость и горечь моих речей. Шестой класс ленивее сделался, чем он был в прошлом году. Вообще же своим положением доволен и всецело занят своим здешним делом, которого весьма много».