При своем назначении Ф.А.Головин получил звание «начального президента государственной посольской канцелярии». Как генерал-адмирал Ф.А.Головин одновременно управлял флотом, возглавлял оружейную палату, монетный двор, малороссийский приказ. Кроме личного участия в переговорах с иностранными государствами и заключения договоров с ними, Головин руководил деятельностью русских послов за рубежом, оказывал большое влияние на внешнюю политику России в период Северной войны. Под непосредственным наблюдением Ф.А.Головина работало «цифирное» отделение.
Уже в самом начале XVIII века Петром I была создана «Походная посольская канцелярия», что сосредоточила в своем ведении важнейшую политическую переписку. Создание ее было вызвано частыми поездками Петра I. «Походная канцелярия» была преимущественно личной канцелярией императора, откуда выходили его важнейшие распоряжения по всем отраслям управления. Сюда стекались на его решение дела из всех ведомств. Но главной её функцией было ведение дипломатических дел, почему к её названию добавлялось слово «посольская».
Первое упоминание в документах о «Походной канцелярии» относится к 1702-му году. В это время царь отправился «в поход» на Архангельск. В поездке его сопровождал начальник «Посольского приказа», первый министр Ф.А.Головин. Несмотря на то, что все государственные дела продолжали проходить через «Посольский приказ», а «печатанье государственной печатью грамот» должно было в дальнейшем находиться под контролем бояр, наиболее важные дела решались Петром І уже в Архангельске.
В 1706 году «Посольский приказ» возглавил Гавриил Иванович Головкин (1660-1734), который был родственником Петра І по материнской линии. После смерти Ф.А.Головина, 23 сентября 1706 года помощником Г.И.Головкина был назначен Петр Павлович Шафиров (1669-1739), который с 1703 года работал «тайным секретарём» при «Походной канцелярии».
До 1710 года «Походная канцелярия» окончательно обосновалась в Петербурге и из временного учреждения стала постоянной, причём с 1709 года её стали называть просто «Посольской канцелярией». Именно там была сосредоточена вся работа по зашифровыванию и расшифровыванию переписки Петра І и его приближенных с разными корреспондентами, а также по созданию шифров и рекомендаций по их использованию.
В период с 1710 по 1718 годы эта Канцелярия стала главным органом внешних отношений России. Компетенция её расширилась в ущерб «Посольскому приказу», который остался в Москве. Выросла численность личного состава Канцелярии. В 1709 году Г.И.Головкин был назначен государственным канцлером, а П.П.Шафиров вице-канцлером. Именно эти первые лица государства руководили деятельностью русской криптослужбы.
Канцлер и вице-канцлер давали указания по созданию новых шифров, замене обветшалых, обеспечению шифрами корреспондентов дипломатов, военачальников, других государственных деятелей. Непосредственно им докладывались отчёты о создании новых шифров и добыче иностранных шифров.
Касательно русских «цифирных азбук» и ключей 1700-1720-х годов, то они были шифрами замены, где элементы, открытого текста, которые в дальнейшем будем называть шифровеличинами, заменяются условными обозначениями шифробозначениями. Шифруемые тексты писались на русском, французском, немецком и даже греческом языках. В разных шифрах шифровеличинами выступали отдельные буквы, слова и стандартные выражения.
Как шифробозначения использовались элементы, как правило, алфавитов, специально составлявшиеся с этой целью, которые могли быть буквами кириллицы, латиницы, других азбук (например, глаголицы), цифры, особые значки. Часть из таких значков, имевших иногда причудливые контуры, были нейтральны по значению, другие же были символами, до нашего времени почти абсолютно забытыми и известными лишь узкому кругу лиц, а в ту далёкую эпоху несли определенную смысловую нагрузку. К этим последним относились и астрологические символы планет, которые одновременно были и символами металлов.
В шифрах петровской эпохи использовались только индоарабские цифры, что было, вероятно, следствием того, что именно Петром I в начале XVIII ст. была выведена из применения архаичная буквенная кириллическая нумерация, которая применялась до этого. Реформировал Пётр и кириллическое письмо, введя новый вид шрифтов, определивших современный вид русской письменности. Однако старые графемы (минимальные единицы письменной речи) продолжали использоваться в качестве тайнописи.
Употреблялись как шифробозначения и буквенные сочетания. Таким образом в то время в России использовались однобуквенные, двубуквенные, цифровые, буквенно-составные шифрозамены. Первые государственные шифры были шифрами простой или взаимнооднозначной замены, в которых каждой шифровеличине соответствовало только одно шифробозначение, и каждому шифробозначению одна шифровеличина.
В русские шифры этого периода, как правило, вводятся «пустышки» шифробозначения, которым не соответствует ни один знак открытого текста. Хотя обычно как пустышки использовалось всего 5-8 шифровеличин, понятно, что введение их в шифротекст, получавшийся в результате замены элементов открытого текста шифробозначениями, отражало стремление создателей шифров осмыслить дешифрование шифропереписки.
Эти пустышки разбивали структурные лингвистические связи открытого текста и, в известной степени, изменяли статистические закономерности, то есть именно те особенности текста, которые использовали, в первую очередь, при дешифровке шифра простой замены. Кроме того, они изменяли длину открытого сообщения, которое осложняло привязку текста к шифросообщению. Поэтому, по-видимому, не случайно, по данным Д.Кана, первый такой русский шифр был дешифрован англичанами лишь в 1725 году.
Кроме того, в некоторых шифрах щифрообозначения-пустышки могли использоваться для зашифрования точек и запятых, содержавшихся в открытом тексте. Как правило, это особо оговаривалось в кратких правилах пользования шифром, которые вставлялись в этих случаях в шифры.
Внешне шифр петровской эпохи представлял собой лист бумаги, на котором от руки была написана таблица замены: под горизонтально расположенными в алфавитной последовательности буквами кириллической или другой азбуки, соответствующей языку открытого сообщения, были подписаны элементы соответствующего шифроалфавита. Ниже могли размещаться пустышки, краткие правила пользования, а также небольшой словарь, который назывался «суплементом» и содержал некоторое количество слов (имён собственных, географических наименований) или каких-то стойких словосочетаний, которые могли активно использоваться в текстах, предназначенных для зашифрования с помощью данного шифра.
Самым ранним шифром описанного типа была «цифирная азбука» 1700 года для переписки Коллегии иностранных дел (далее КИД) с русским послом в Константинополе Петром Толстым. Она была шифром простой замены, в котором кириллической азбуке соответствовал специально составленный алфавит. Здесь же были две записи. Первая из них: «Список с образцовой цифирной азбуки, какова написана и послана в Турскую землю с послом и стольником с Толстым сими литеры». Второй особенно интересен: «Такову азбуку азволнил [изволил] во 1700 г. написать своею рукою Великий государь по друго диво еси же». Из этого выходит, что автором данного шифра был сам Пётр Великий.