За обнаружение и анализ феромонов отвечает специальный орган, относящийся к обонятельной системе, вомер (его также называют вомероназальным органом или органом Якобсона). Анализируя феромоны, собака совершает очень определенные и легко узнаваемые действия: кончиком языка дотрагивается до метки, мелко стучит зубами, напрягает губы, слегка выпучивая глаза. Так собака «проталкивает» запах в вомер. При этом может начаться сильное слюноотделение и выступить пена. Это мелкое частое движение нижней челюстью называется флеменом. Информация о запахе поступает из вомера через обонятельную луковицу в гипоталамус часть мозга, которая, помимо прочего, обладает функцией контроля гормонального состояния. Проходя через вомер, запахи влияют на гормональное состояние собаки. Например, пропустив через вомер запах, оставленный готовой к спариванию суки, организм кобеля готовится к поиску дамы сердца для предложения ей любви, «большой и чистой».
Вомероназальный орган участвует во многих аспектах жизни нашего питомца от агрессии к соплеменникам до полового и материнского поведения. Если удалить вомер у собаки в раннем возрасте, некоторые типы поведения у нее никогда не разовьются (например, не будет образовываться привязанность матери к детенышу, самец может не распознать самку в течке).
Огромное количество информации передают мочевые и фекальные метки.
С помощью мочевой метки собаки заявляют о себе, перемечают важные с точки зрения собак запахи «это мое», а также используют их в качестве «визитной карточки» в напряженных ситуациях. Например, если к собаке одновременно подбегает несколько других собак, ей может быть сложно выдержать такой объем интенсивного внимания, и она предпочтет отойти в сторонку и оставить мочевую метку, сместив акцент внимания других собак на ее изучение. После изучения метки внимание к самой собаке будет не столь интенсивным.
Химический состав мочи каждой отдельной собаки является ее «личной подписью», в которой она сообщает свою видовую принадлежность, пол, информацию о здоровье, фазе полового цикла, социальном статусе.
Маленькие щенки писают приседая. Щенки-суки просто присаживаются (как и взрослые суки). Щенок-кобель немного вытягивается вперед, чуть сгибая задние лапы. По мере взросления кобель начинает задирать лапу. Некоторые начинают задирать лапу раньше: например, терьеры и собаки аборигенных пород пород, близких волку, задирают лапу примерно в 46 месяцев, иные породы, например ретриверы, позже. Некоторые кобели некрупных пород писают не просто задрав лапу, а целиком стоя на передних. Ученые полагают, что это связано с уверенностью кобеля в себе и с тем, что он старается оставить метку повыше, ведь чем крупнее кобель, тем выше его метка. Некоторые взрослые суки могут писать, приподнимая одну заднюю лапу, а то и вовсе вставая на передние лапы. Существует мнение, что такой характер мочеиспускания также связан с уверенностью в себе, с гормональным фоном (так может делать сука в течке или с повышенным уровнем тестостерона).
Фекальные метки также занимают важную роль в запаховом общении собак. При дефекации в экскременты попадает секрет параанальных желез, который несет важную информацию о «владельце». Некоторые собаки стараются ходить в туалет в укромном месте, иные же, наоборот, на возвышенностях, камнях или даже оставляя фекальные «розочки» на кустах или стволах деревьев. Есть мнение, что оставлять фекалии на заметных, возвышенных местах предпочитают уверенные в себе особи.
Существует ошибочное мнение, что, когда собака закапывает за собой после того, как сходит в туалет, так она «убирает» за собой. Однако собаки крайне редко царапают то место, где справили нужду чаще разгребание земли происходит «по соседству». Разгребая почву, собака оставляет визуальную и запаховую метку своим соплеменникам. Вид свежеподнятой земли привлекает других собак, а когда они приближаются к месту разгребания, улавливают не только запах самой метки, но и запах выделений межпальцевых желез, дополняющих информацию об их хозяине. Таких желез на лапах у собаки целых два вида: одни расположены в подушечках лап (они называются мерокринными), вторые (их называют сальными) на волосистых участках кожи между пальцами.