Надеясь подчинить себе самовольных казаков, контролировавших южные границы России, новое правительство от имени царя Михаила направило в 1614 г. на Дон царское знамя, насеку, бунчук и др. регалии. В 1623 г. казаки поступили в ведомство Посольского приказа в Москве. С этого времени возникает целая наградная система, поощрявшая определённые слои казачества и их лидеров. С целью приручения казаков и их включения в политическую и военную систему правительство организовало поставки материальных средств жизнеобеспечения, которые казаки могли получать сами только в виде принудительного заимствования. В 1618 г. было установлено ежегодное жалованье («отпуска») казакам, которое составляло при царе Михаиле Федоровиче 2000 рублей, 400 четвертей хлеба, 50 ведер вина, 40 пудов пороха, 40 пудов свинца и сукна 40 поставок. Причем жалованье посылалось на Дон и после крупных военных походов, произведенных с санкции правительства. В последующем (в XVIII веке) атаманы и старшины Войска Донского получали земли, чины, оружие, утварь, предметы роскоши и т. д.
В своих грамотах казакам царское правительство взамен требовало: «В море на грабеж не ходите и тем нас с турецким султаном не ссорьте. Послушайтесь, тем службу прямую нам покажете. Если паче чаяния и после сего нашему делу с турками какую поруху учините, опалу на вас наложим, в Москву для ласки никогда не призовем, велим на место вашего раздора поставить свою крепость, изгоним с Дону». Несмотря на все это, войско еще полвека не присягало самодержавию на верность, предпочитая вольный режим своего функционирования в рамках системы добровольной и частичной (по избранным направлениям) службы Московскому государству.
Важнейшим источником существования казачества по-прежнему являлись пресловутые походы за «зипунами» (добычей) грабежи торговых караванов, взимание дани с населенных мест по берегам Азовского, Черного и Каспийского морей. Донские казаки совместно с запорожскими братьями теперь совершали походы на Трапезунд и Синоп, в Молдавию и Силистрию, на персидские города и селения по побережью Каспийского моря [20]. По мнению ростовского историка В. Н. Королева, в течение всей первой половины XVI в. донские казаки вместе с запорожскими казаками провели ряд военно-морских операций, которые стали настоящей «Босфорской войной». [21].
Своевольные действия казаков стали больным местом для внешней политики Москвы. За беззаконные действия патриарх даже временно отлучил в 1630 г. казаков от церкви. Но уже в 1633 г. во время военных действий у Смоленска возникла новая «казачья вольница» под началом Болдина. Венцом своеволия и самостоятельности донцов является Азовская эпопея. В 1637 г. донские казаки после двухмесячной осады отбили у турок крепость Азов крупное фортификационное сооружение с 200 пушками и 4-тысячным гарнизоном. Азов стал для казаков новым плацдармом для ведения морской войны с Турцией. Казаки самостоятельно защищали Азов около четырех лет, отразив 24 приступа. Это было высшее военное достижение казачьей охлократической республики, но это и стало ее концом. Силы казачества были истощены, и оно предложило царю «из рук наших» принять в свою государеву вотчину Азов-град и послать для его защиты людей ратных, в противном случае придется казакам «заплакав ева покинута». Русское правительство не имело достаточных сил даже с помощью казаков отстоять этот важный стратегический пункт в борьбе против Османской империи и ее вассалов. Война с Турцией в этот период не входила в планы правительства, испытывавшего недостаток сил и средств в войне с Польшей. Взятие Азова полностью отвечало геополитическим устремлениям Русского государства к Черному морю, однако Земский собор в январе 1642 г. принял решение: войны с Турцией не начинать. Азова от донских казаков не брать, обязать их оставить город. Более того, ведший в Москве агитацию за принятие Азова и написавший «Поэтическую повесть об Азовском осадном сидении» войсковой дьяк Федор Порошин, бывший холоп князя Н. И. Одоевского, был задержан и сослан в Сибирь [22]. Слишком образованный и литературно даровитый казак мог стать настоящим идеологом донского казачества, что было очень опасно для российского самодержавия. На наш взгляд, именно отсутствие у донского казачества большого числа таких Порошиных во многом предопределило судьбу казачьей квазигосударственности, ибо однотакого образованца явно недостаточно для создания писаного права и развития собственной государственности. Например, в 1655 г. Иван Разин (брат Степана Разина) отказался воевать, просто поднял мятеж и самовольно увел с боевых позиций отряд казаков, за что был повешен.
К середине XVII в. произошло образование военно-политического объединения верхних и нижних казачьих юртов в единое Войско Донское, что имело принципиальное значение. С этого времени понятие «Войско Донское» стало означать все казачьи земли, примыкающие к Дону на всем его протяжении. Этот процесс объединения наметился еще в конце XVI в., Смута задержала его оформление, но централизаторская политика новой царской династии стимулировала объединительный процесс как в рамках территории «казачьего присуда» Дона, так и в плане присоединения Дона к московскому государству. По некоторым данным именно с 1645 г. земля Войска Донского стала рассматриваться царской властью как составная часть Московского государства.
Казачество как субэтническая общность могло реализовать себя и свои интересы в Российском государстве только через феодально-сословный принцип организации общины, доминировавшей в средневековом обществе. Реализовавшийся путь развития обусловливался совокупностью объективных факторов, прежде всего, внутренним социально-экономическим положением субэтноса, неполитическим и экономическим давлением Московского государства, борьбой с мусульманской Османской империей, наконец, имманентной потребностью выражать интересы русского народа. Развитие донского казачества в Российском государстве осуществлялось за счет усиления связей с ландшафтом и изменения характера трудовой деятельности. Обретение казачеством сословных признаков, прав и привилегий не исключало развития субэтнических элементов, но отводило их на второй план.
Признание казачества в качестве самостоятельной военной и политической силы явилось первым шагом на пути превращения его в сословие. Противоборствующие политические силы Московское государство и Османская империя с разных сторон стали учитывать казачество как геополитический фактор, стараясь всеми силами привлечь его к достижению собственных целей. Закрепление за всеми представителями казачьего субэтноса личной свободы и имущественных прав, источников доходов (беспошлинная торговля, рыболовство, добыча соли и т. д.) становится необходимым условием материального обеспечения казаков. Данное развитие событий удовлетворяло и московское государство и казачество. Для правительства расширялись легальные и легитимные возможности использовать казачество в своих целях, а для казачества права и привилегии служили юридической формой защиты от чиновничьего произвола, социально-экономических и политических притязаний других этносов и социальных групп. Уже первые приобретенные казачеством права и привилегии превратили его в соучастника государственной власти.