Однако в системе казачьего самоуправления отсутствовали механизмы самозащиты в случае наступления неблагоприятных перемен и попыток отдельных групп казачества узурпировать власть и навязать свою волю войсковому кругу. Несовершенство войскового права, отсутствие писаного права и поста войскового судьи, юридическая неоформленность ведущих институтов казачества атаманства и войскового круга предопределили печальную судьбу казачьей квазигосударственности. Когда на Дону усилился приток беглых крестьян, увеличилось число голытьбы, и одновременно возросли амбиции казачьей старшины, казачья военная демократия стала давать сбои и вошла в состояние кризиса.
Московское правительство в ходе своей вынужденной политической экспансии на окружающие враждебные территории постоянно стремилось урезать и территории «казачьего присуда», как рассадник своеволия и бунтарства. При царе Борисе Годунове казаки отказались «замириться» с ногайцами и крымскими татарами. Уже в 1593 г. царь попытался наложить руку на донцов и превратить их в служилых казаков Московского государства. Однако донцы отвергли царское посольство во главе с Нащокиным, и в результате возникла непосредственная конфронтация с московской властью. Причем, донские казаки всегда вели себя дерзко и самоуверенно. Например, казаки на Волге ограбили экспедицию родственника царя окольничего Семена Годунова и передали власти вместе с отпущенными пленными: «Вот мы казаки, скоро придем в Москву» [17]. Борис Годунов даже угрожал Дону войной и прекратил поставки казачеству припасов, т. е. начал своеобразную блокаду Дона. Только пресечение царствующей династии и «великая смута», которую иногда называют «казачьей революцией», помешали самодержавию своевременно закончить этот процесс.
А. Л. Станиславский показал противоречивость казачьего движения в то трагическое время. С одной стороны, Дон направил в центр страны свои отряды, с другой стороны, в результате «показачивания» сформировалось широкое казачье движение, ставшей одной из ведущих сил в развитии Смуты. Отдельные современные историки несколько идеализируют роль казачества, представляя его чуть ли не главным спасителем Отечества. Во время «великой смуты» казачество занимало позиции, которые одни историки называют антинациональными, другие антигосударственными, третьи разбойными или даже революционно-освободительными. В реальной действительности в этот период действовали различные группы казачества служилое казачество польской Украины, «воровские» казаки, жаждавшие наживы, а также донские вольные казаки, стремившиеся не только к «зипунам», но и к народоправству и круговой демократии. Вообще исследователи выделяют в историческом пространстве России 7 типов казаков [18]. В рамках каждой группы казачества существовали свои противоречия и особенности, что также сказывалось на политической позиции. Говорить, что все они в это время уважали русского самодержца как национального вождя и Божьего помазанника можно только условно.
В 1601 г., когда объявился самозванец Лжедмитрий I, донское казачество первоначально увидело в его поддержке возможность укрепить свои позиции и победоносно выйти из конфликта с московским правительством. Круг отправил к самозванцу несколько тысяч казаков и выдал ему на суд ставленника Годунова Петра Хрущева. Атаманы Корела и Нежаков били челом самозванцу. Именно казаки во многом обеспечили временную победу Лжедмитрию 1-му. Однако, несмотря на то что самозванец подчеркивал свой демократизм и любовь к казачьей вольнице, казаки не присягнули ему на верность. После гибели самозванца казачество стало активным участником масштабного повстанческого движения под началом И. И. Болотникова, что объяснялось казачьими идеалами личной свободы и круговой демократии. Сам Болотников прожил часть своей полной приключений жизни в казачьей среде, был даже некоторое время атаманом и усвоил все стереотипы поведения казачьего атамана. Само казачество сыграло значительную роль в ряде побед Болотникова. Поражение движения Болотникова не означало отказа казачества от вооруженных действий. Когда объявился второй Лжедмитрий, казаки поддержали и его, выставив большой отряд под началом Заруцкого в его поддержку. Кстати, по мнению Р. Г. Скрынникова, новая самозванческая интрига была организована именно повстанцами Болотникова при непосредственном участии атамана Заруцкого. Именно тогда возник термин «казатчина», который отражал место казаков, и «воровских», и донских, и прочих, в общем политическом раскладе сил в русской «смуте». После убийства «тушинского вора» часть казаков пошла за атаманом Заруцким, но большая часть во главе с князем Трубецким поддержала в 1612 г. нижегородское ополчение К. Минина и Д. Пожарского, которое и сыграло самую главную роль в разгроме интервентов. После этого донские казаки приняли активное участие в сражении с поляками, в частности, взяли приступом Китай-город и отбили от Волоколамска отряды польского короля Сигизмунда. В целом донское казачество сыграло значительную роль в развитии Смуты, продемонстрировав боярской Москве свою опасную силу и социальную специфику [19].
Особенно ярко это проявилось в ходе избрания нового русского царя. 23 февраля 1613 г. ворвавшиеся в зал заседаний Земского собора простые москвичи и донские казаки решили исход выборов. Такое избрание царем 16-летнего подростка Михаила Романова не было актом особого государственного патриотизма, как пишут иногда публицисты. Избрание на царство не умного Ф. И. Мстиславского, не авторитетных вождей ополчения Д. Т. Трубецкого и Д. М. Пожарского, а «слабого умом Мишки», явившегося полезной компромиссной фигурой для противоборствующих боярских группировок, было полезно и для вольнолюбивых донских казаков, не желавших укрепления центральной политической власти и установления ее контроля над собой. Поэтому казаки отказались дать царю присягу на верность, и большинство из них ушло на Дон. По мнению ряда историков, этот уход казаков и оказаченных масс привел к образованию вольных казачьих войск не только на Дону, но и на Яике и Тереке.
Избрание такого царя вовсе не означало реального окончания Смуты. Пришедшие к власти бояре Романовы, Салтыковы, Шереметьевы, Михалковы отстранили от дел лидеров земского движения. Они не проводили политики национального возрождения, а использовали государственную власть для своего личного обогащения. Итогом таких действий стали новые социальные волнения, в том числе казачье движение атамана Заруцкого, которое принесло власти очень много неприятностей. После разгрома казачьих повстанцев их атамана Заруцкого посадили на кол. Не менее опасным было движение казаков-ветеранов земского движения во главе с атаманом Иваном Баловня. Царское правительство обманом заманило якобы для переговоров вождей повстанческого движения казаков и уничтожила их, а простых казаков просто расстреляли картечью. Весть об этом восстании деморализовала русские войска, пытавшиеся в это время освободить Смоленск. Польский король Сигизмунд подготовил новую интервенцию и одновременно на севере активизировались шведы. Михаил Романов был вынужден созвать новый Земский собор, на котором ему земцы высказали все, что думают о его совершенно бездарном правлении. Дело нового спасения русского государства было поручено возглавить вождям былого ополчения К. Минину (вскоре умершему) и князю Д. Пожарскому. За князем пошли казачьи станицы, дворянские сотни и служилые люди. С огромным трудом Д. Пожарскому удалось в 1617 г. заключить Столбовский мирный договор со шведами и начать борьбу с поляками. Когда войска Речи Посполитой во главе с гетманом Ходкевичем нанесли ряд тяжелых поражений русским войскам, Д. Пожарскому ценой огромных усилий, но без помощи казаков, пришлось отражать новый штурм интервентов Москвы в 1618 г. По итогам Деулинского перемирия Россия потеряла Черниговщину, Смоленщину, но королевич Владислав отказался от претензий на русский престол. Страной стал руководить вернувшийся из плена отец М. Романова, хитрый политик Филарет, ставший патриархом Русской православной церкви. Именно тогда, наконец, закончилось Смутное время. Донское казачество на этом действительно заключительном этапе Смуты не принимало большого участия, что сыграло свою позитивную роль.