Испанские власти, получавшие треть из конфискованного имущества, не возражали против деятельности инквизиции. За чрезвычайную жестокость доведенные до отчаяния жители Арагона в октябре 1485 года зарезали главного инквизитора Петра Арбуэ. Тут же сарагосские тюрьмы были переполнены узниками, виновными только в критике инквизиции. С трудом, в течение многих лет инквизиция огнем и мечом подавила волнения народа в Сарагоссе, Толедо, Теруэле, Валенсии, Лериде, Барселоне, на островах Майорке и Минорке. Томас Торквемада совершенствовал и совершенствовал инквизиционный процесс. Все жители Испании от мала до велика по первому звону колоколов спешили на богослужения. Общались между собой только близкие друзья. Все боялись друг друга, родители – детей, хозяева – слуг, бедные и невежественные с удовольствием доносили на богатых. В инквизицию бежали разные темные личности и ничтожества, сводя давнишние счеты с соседями, выплескивая затаенные недовольства и злобу. Инквизиторы с охотой выслушивали доносчиков и заносили все сказанное в учетные книги. Многие доносили потому, что недонесение было объявлено таким же тяжким преступлением, как и ересь. Обвиненных ждала мрачная и сырая монастырская камера в пять шагов длины и четыре ширины, половину которой занимала постель с грязной, сгнившей соломой и маленькое окошко. В этой камере находились шесть узников, мужчины не отделялись от женщин. Жалобы не разрешались. Если в камере поднимался шум, всех выгоняли в коридор и избивали. Женщинам обещали свободу и удовлетворяли свою похоть. У богатых вымогали деньги. Всякое милосердие к узнику объявлялось соучастием в преступлении. Большинство жертв быстро теряли здоровье и перед судом инквизиции представали живые мертвецы. Только полное признание справедливости обвинении могло уменьшить наказание подсудимого и к этому прибегали часто, чтобы избежать ужасов полного следствия.
Одну и ту же пытку запрещалось применять более часа. Узника долго пытали на дыбе. Вторым испытанием была вода. Жертву клали на стол в форме корыта, покрытый гвоздями остриями сверху, крепко связывали веревками, закрывали нос и рот мокрой тряпкой и медленно лили на нее воду. Жертва захлебывалась, у нее из носа, рта и ушей шла кровь. Третьей пыткой был огонь. Ноги узника вгоняли в колодки, смазывали подошвы маслом и придвигали к огню. Кожа трескалась, кровь текла, кости обнажались. При этой пытке заключенные часто умирали. Многие любыми способами кончали жизнь самоубийством. Остальные пытки авторы не будут описывать. Они ужасны. Несмотря ни на что, даже пройдя все эти муки ада, находились люди, не подписывавшие ложное признание в ереси. Их было немало.
Преследованиям подвергались люди, ненавистные инквизиторам, или имевшие сильных покровителей. Сильные мира сего ускользали от трибунала, даже если их настоящие преступления были известны всей Испании. Инквизиторы поделили всех испанцев на легко – подозрительных, levi, сильно – подозрительных, vehementi, обращенных, reconciliati, упорных, obstinati, и оправданных. Впрочем, оправданные тоже считались подозрительными. Горе было оправданным, если они опять попадали в руки инквизиции. Их тут же называли рецидивистами, relaps, и им не было пощады.
Ауто-да-фе давали общие и частные. Частные совершались насколько раз в год, во время постов. Общие ауто-да-фе происходили по случаям важных событий в государственной жизни, восшествия на престол нового короля, рождения наследника.
За месяц до события члены трибунала со знаменем впереди отправлялись на главную площадь и объявляли народу о дне ауто-да-фе. Герольды инквизиции под звуки труб и барабанов объявляли дату по всем улицам и площадям города. На площади против королевского балкона возводился помост в двадцать шагов. У балкона строили трибуны, покрытые коврами, с балдахином на верхней ступени для великого инквизитора. В середине помоста устанавливали меньший помост с двумя рядами деревянных клеток, куда вводили узников на время чтения приговора. Для народа также строились трибуны.
Накануне ауто-да-фе к помосту шла процессия, впереди которой шли угольщики, поставлявшие дрова для костров – цех, неприкосновенный для инквизиции. За ними шли доминиканцы и конвой. На помосте водружалось знамя инквизиции и зеленый крест, обвитый черным крепом. До глубокой ночи на площади доминиканцы пели псалмы.
Рано утром на площадь набивался народ. В семь часов утра на балконе появлялся король, королева, высшие чины и духовенство. Звон колоколов возвещал о начале действия. Ее открывали сто угольщиков с пиками и мушкетами, за ними с крестом шли доминиканцы, несли знамя инквизиции из дорогой материи красного цвета. На одной его стороне изображался испанский герб, на другой – окруженный лавровым венком меч и святой Доминик. За ним шла вереница босых осужденных. Впереди двигались примиренные с церковью, в одежде кающихся в виде мешков с желтыми крестами на груди и спине. За ними шли обреченные на бичевание и тюремное заключение. Потом еле передвигаясь осужденные на костер, упорные еретики и вторично впавшие в ересь, со свечами в руках. У тех, кто хотел или мог прокричать народу о зверствах и преступлениях инквизиции, рот был завязан бычьим пузырем. На их одежде изображался дьявол и пламя костра. У подписавших признание после пытки на одежде пламя направлялось вниз – их сначала удавливали, потом сжигали. Палачи не должны были ошибиться. Каждого осужденного на смерть вели два конвоира и два монаха. За живыми осужденными несли изображения скрывшихся и умерших еретиков, вместе с их костями. В хвосте процессии ехали инквизиторы, духовенство, дворянство и великий инквизитор в фиолетовом с большой охраной. Все рассаживались. Священник начинал церковную службу. Великий инквизитор надевал митру, подходил к королевскому балкону и принимал у короля клятву покровительствовать инквизиции и помогать ей преследовать еретиков. Произносилась проповедь:
"Если Бог веками терпит наши беззакония, то люди вполне справедливо посвящают хотя бы один день, чтобы отомстить за поношение Бога. Святой трибунал являет сегодня свое усердие к славе Господа, и это место, покрытое преступниками, ожидающими наказания – живое представление того, что мы увидим однажды в долине Иосафата. Как царь небесный и земной придет судить людей, окруженный своим воинством и все святые с ним, так мы видим на суде святой инквизиции величайшего из монархов света, его советников и всех грандов королевства. Когда евреи, читаем мы в святом писании, выбирали царя, они вручали ему вместе с короной книгу закона, и это означало, что той же рукой, которой он принимал скипетр, он должен был принуждать своих подданных следовать предписаниям религии. Утверждать, что люди свободны веровать по желанию и что не следует наказывать еретиков, значит утверждать, что не нужно наказывать грабеж, волшебство и смертоубийство. О ты, святейший трибунал веры, оставайся непоколебимым по скончании веков и сохраняй нас чистыми и твердыми в нашей религии. О, как говорит это зрелище об усердии и заботливости инквизиторов! Их величайший триумф – эта толпа преступников, и я могу сказать о трибунале то же, что сказано о церкви: Прекрасна подруга моя, как шатры кедарские, как палатки Соломоновы. Этот день – день торжества и славы трибунала. Он наказывает сегодня лютых зверей, врагов религии, и овладевает их достоянием".
После проповеди читали приговор, который осужденные выслушивали в клетках на коленях:
"Мы объявили и объявляем, что обвиняемый признан еретиком, в силу чего наказан отлучением и полной конфискацией имущества в пользу королевской казны. Объявляем, что обвиняемый должен быть предан, как мы его предаем, в руки светской власти, которую мы просим и убеждаем, как только можем, поступить с виновными милосердно и снисходительно". Костры, впрочем, уже ждали свои жертвы.
Осужденных обычно сжигали не на помосте, а за городом. Для каждого был свой костер. К шесту на костре привязывали жертву. Некоторых душили, затем одновременно под всеми кострами разводили огонь.
Считается, что Торквемада спалил более десяти тысяч человек. Общее число сожженных инквизицией называют до сорока тысяч человек. Униженных, разоренных, изгнанных, замурованных заживо, осужденных насчитывают сотни тысяч.
В 1490-х годах Торквемаде удалось добиться у "католических королей" разрешения на изгнание из Испании мавров и евреев.
После битвы при Хоресе-де-ла Фронтера 26 июня 711 года Пиренейский полуостров оказался во власти арабов. Только в горах Астурии, Бискайи и Кастилии остались независимые испанские княжества. Испанцам этого оказалось достаточно и к началу XIII века мавры были отброшены на юг полуострова, где за ими остался только халифат Гренада. Собирание испанской земли закончили во второй половине XV века Изабелла Кастильская и Фердинанд Арагонский. Среди королевских вельмож и духовенства распространилась идея: "Испания – для испанцев и все испанцы католики".