Последовавшее затем вступление Германии в эпоху Реформации послужило побудительной причиной возникновения нового поколения университетов. Первым из них стал университет в Марбурге (1527). Особенностью его основания явилось не только то, что его открыли немецкие протестанты: главное, что создавало новизну ситуации, было открытие университета без папской и императорской привилегии (последняя, впрочем, все же последовала, но спустя лишь четырнадцать лет,). Ландграф Гессена Филипп Великодушный, будучи одним из первых князей - сторонников Лютера, санкционировал учреждение высшей школы в своем государстве самостоятельно, не нуждаясь, по его мнению, больше в подтверждении прав университета у светского и церковного престола (которые, естественно, в ситуации того времени не могли одобрить учреждение, распространявшее "новую веру"). Таким образом, начиная с Марбурга, мы встречаемся в немецких землях с университетами, напрямую обязанными своим возникновением и существованием местным государям, которые сами гарантировали их привилегии в прежнем объеме "академических свобод", что и раньше, а также частично осуществляли их финансирование и использовали университеты в политической жизни своего государства. Эта особенность, которой среди всей Европы обладали именно немецкие университеты, была первым шагом к их дальнейшему превращению в государственные учреждения, произошедшему в XIX веке.
Другим следствием возросшего влияния в университетской жизни Германии местных правителей, явилось ограничение территории их действия, превращение в т. н. "земельные университеты" (Landesuniversitäten), тенденция к чему обозначилась уже в XV в. Такие университеты могли быть очень маленькими, насчитывая не более десятка профессоров (которые, однако, для признания себя "полным университетом" все равно делились на четыре факультета) и до сотни студентов. Появление их в том или ином немецком государстве служило в первую очередь делом усиления его престижа. Ландграф, покровительствовавший своему университету был, естественно, заинтересован в том, чтобы именно здесь учились его подданные, что делало университет центром подготовки местной элиты, иногда совсем в крошечных масштабах. Для того чтобы поддержать его репутацию, власти стремились зачастую ограничить возможности своих подданных перемещаться в другие университеты. В то же время шел и обратный процесс: университеты, количество которых в Германии XVII века приблизилось к четырем десяткам, в условиях тесноты немецких княжеств конкурировали между собой за привлечение студенческих потоков. В том, чтобы возвысить свой университет, были заинтересованы и городские коммуны, ведь в успешно существующем университетском городе студенты составляли до половины всего взрослого населения, которое, конечно, значительно выигрывало от этого в своих доходах, так что иногда вся городская экономика была направлена на обслуживание студентов.
Еще одной новой чертой немецких университетов, проявившейся с середины XVI в., была их все углубляющаяся конфессиональная дифференциация. После волны оснований протестантских университетов в противовес им в католических землях империи появились высшие школы (коллегии), находившиеся под контролем иезуитов. Разработанная иезуитами учебная система (Ratio studiorum) отличалась стройностью и последовательным восхождением от начальных предметов (инфимы, грамматики, риторики) к высшим (логике, математике, физике, этике и метафизике), после которых уже следовало изучение церковных католических дисциплин: догматической теологии, катафатической теологии, церковного права и проч. Система преподавания в иезуитских коллегиях распространялась в XVII в. и на землях восточной Европы, значительно повлияв на начальный этап развития западнорусских школ (см. главу 2). В ее основе, таким образом, лежало сочетание предметов традиционных артистического (философского) и богословского факультетов. Неудивительно поэтому, что когда иезуитам удавалось установить контроль над католическими университетами или даже утвердить в этом статусе свои коллегии, как было в Бамберге (1648) и Бреслау (1702), в них развивались именно эти факультеты в ущерб остальным (так, университет Бреслау в XVIII веке так и не стал "полным университетом", поскольку юридический и медицинский факультеты в нем отсутствовали). К началу XVIII в. учебная система католических университетов уже значительно отличалась от протестантских, что затрудняло взаимодействие между ними, обмен студентами и профессорами, постепенно обособляя их в отдельные группы внутри немецкого университетского пространства .
Однако и протестантские университеты не оставались едиными. Уже в начале XVII века в них возникли противоречия между лютеранскими и кальвинистскими течениями. Так, например, в 1605 г. гессен-кассельский ландграф Мориц, несмотря на противодействие горожан и части профессоров, самовластно утвердил кальвинизм господствующим течением в Марбургском университете, в ответ на что через два года, в 1607 г. лютеранской частью профессуры был основан новый университет в соседнем городе Гиссене, принадлежавшем Гессен-Дармштадту. Некоторым университетам под воздействием подобных обстоятельств приходилось по несколько раз менять свою конфессиональную принадлежность. Гейдельбергский университет поставил здесь, пожалуй, рекорд: в 1558 г. в нем победило лютеранство, уже через год кальвинизм, в 1629 г. на два года контроль над ним получили иезуиты, в 1631 г. он вновь стал лютеранским, в 1652 г. - кальвинистским и, наконец, в 1700 г. установилось хрупкое равновесие: католики вновь взяли верх, но при этом профессорам-кальвинистам удалось сохранить несколько богословских кафедр, так что университет получал как бы два конфессионально разделенных богословских факультета. Конечно, такая конфессионализация была возможна только при доминировании в жизни университета богословского факультета над всеми остальными, что сохранялось вплоть до начала XVIII в. как в католических, так и в протестантских землях. Главным оплотом лютеранской теологии изначально был крупнейший в XVI - начале XVII в. Виттенбергский университет; в других университетах степень влияния теологов могла быть несколько меньше, но везде они сохраняли контроль над учебной жизнью, ведая, например, университетской цензурой. Таким образом, конфессиональные изменения сказывались на содержании учебы, но в то же время сама жесткая форма университетской корпорации, отношения факультетов между собой, методы преподавания, заложенные здесь еще средневековым господством католической схоластики, оставляли многое в внешнем облике немецкого университета без перемен.
В частности, корпоративное управление и права немецких университетов оставались практически неизменными до XVIII в. Даже если взглянуть на подписанные в 1737 г. курфюрстом Ганновера (и одновременно английским королем) Георгом II привилегии самого "прогрессивного" на тот момент в Германии Гёттингенского университета, то увидим, что они мало отличаются от средневековой буллы. Не изменялась и возникшая в Средневековье система ученых степеней, высшей из которых была степень доктора, наделяющая ее обладателя правом ubique docendi - читать лекции, причем не только в том университете, где была получена степень, но и в любом другом. Ясно, что в условиях Нового времени, которое характеризовалось "перепроизводством" академических ученых, это право не могло быть реализовано, поэтому и институт ученых степеней постепенно клонился к упадку и требовал изменения самого содержания научной аттестации.