Одно из направлений политики Гёте в Иене сводилось к тому, чтобы вместо реформирования собственно университетской корпорации, невозможность чего в силу укорененных там средневековых предрассудков Гёте отлично понимал, окружить университет свежими научными силами, разместив их с помощью государственных субсидий на должностях экстраординарных профессоров. Подбору и приглашению таких новых ученых в Иену Гёте отдавал много сил и времени, одновременно способствуя активизации научной деятельности университета. Когда в 1806 г. при занятии Иены наполеоновскими войсками над университетом нависла угроза закрытия, Гёте направил докладную записку французскому интенданту с пространным "оправданием Иенского университета", стремясь доказать, что Aima mater Salana хотя и сохранила традиционную корпоративную форму, но "по свидетельству немецкой и иностранной публики в ней в течение последних тридцати лет особенно культивируются науки и искусства", а университет "окружен научными обществами и другими полезными учреждениями, почитаемыми в ученом мире". Как и в Гёттингене, в Иене была решена главная проблема "модернизации" - повысить "усердие профессоров", т. е. качество образования, причем в роли регулирующего механизма и там, и там выступало государственное вмешательство, поскольку именно государство, а не университетская корпорация, могло обеспечить необходимый для этого подбор ученых, а также закупку научного оборудования, книг и проч.
Обновленный облик Иенского университета на рубеже XVIII–XIX вв. послужил для В. фон Гумбольдта важным звеном при формировании своего последующего идеала "университета науки". Действительно, те люди, с которыми он непосредственно общался в Иене, один за другим формулировали в эти годы фундаментальные положения философии неогуманизма применительно к высшему образованию. Первые семена здесь заронил Ф. Шиллер: его лекция "Что такое всеобщая история и с какой целью ее следует изучать" (1789) содержала явное противопоставление людей, приобретающих ученость "ради куска хлеба" (т. е. представителей трех высших факультетов, дающих профессиональное образование в медицине, юриспруденции и богословии) и "философских умов": первые являются препятствием прогресса человеческого духа, а вторые единственно и могут быть годными для науки. В 1794 г. в своей вступительной лекции "О назначении ученого" другой представитель иенского кружка философ И. Г. Фихте провозгласил, что именно подлинная наука призвана измерять продвижение вперед человечества и указывать ему направление, и что поэтому философия имеет всеохватное значение в любой сфере деятельности, представляя собой "соединенную цельность знаний". Закрепил развитие этих мыслей в 1802 г. еще один иенский профессор Ф. В. Шеллинг в своих "Лекциях о методе академического исследования", вошедших в фундамент немецкой классической философии и получивших широкую известность. Таким образом, представления о единстве научного знания, обязательном присутствии науки в университетах через соединение исследования и преподавания (Forschung und Lehre) уже существовали в общественной мысли Германии, прежде чем были реализованы в проведенных Гумбольдтом университетских реформах.
В феврале 1809 г. В. фон Гумбольдт был назначен на должность директора департамента образования в Министерстве внутренних дел Пруссии, и в течение шестнадцати месяцев своего пребывания на этом посту успел заложить основы всей новой образовательной системы государства, от начальных школ, гимназий до высшей ступени - нового университета. Как уже говорилось, благодаря сочетанию ряда факторов, идея открытия в столице Пруссии "высшего научного учреждения" витала тогда в воздухе. Его проекты выдвигали многие: так, например, предшественнику Гумбольдта в должности К. Ф. Бейме это учреждение представлялось родом "сверхуниверситета", который должен заниматься подготовкой высших государственных чиновников из лучших выпускников всех остальных университетов. Заметно сказывалось в эти годы и противостояние немецкой и французской образовательных моделей. Революционная Франция, распустив свои университеты, продемонстрировала затем эффективность новой системы, в основу которой был положен принцип организации под контролем государства специализированных профессиональных высших школ, где каждая ведет преподавание лишь в своей определенной области знаний. Блестящий пример нового учебного заведения такого рода, оказавший немалое влияние на Европу, возник в 1794 г. с открытием Политехнической школы в Париже. Некоторые государственные деятели в Пруссии начала XIX в. также склонялись к заимствованию французского пути, который бы положил конец развитию немецких университетов.
Но все же обсуждение проектов "высшего научного учреждения" в Берлине показало, что большинство авторов видели его именно в форме университета, однако лишенного всех прежних "цеховых предрассудков". Развернутый план нового университета, важный в свете дальнейшего решения его судьбы, представил И. Г. Фихте, назначенный его первым ректором. Впрочем, в этом проекте система преподавания и организации оказалась весьма деформированной, поскольку была представлена в полном соответствии с собственной философской системой самого Фихте, что отдаляло проект от возможности его практической реализации. Но почти одновременно с планом Фихте в 1808–1809 гг. вышли в свет еще несколько текстов неогуманистов, где давалось больше ключей к конкретному воплощению новой университетской идеи, как оно, в конечном итоге, и получилось в реформах Гумбольдта.
Два текста здесь должны быть названы прежде всего: это вновь, как и у Шеллинга, написанное в форме лекций программное сочинение его друга, профессора из Галле Г. Штеффенса "Об идее университета", а также "Размышления об университетах в немецком смысле", принадлежащие перу замечательного философа и теолога, который позднее возглавил богословский факультет Берлинского университета, Ф. Шлейермахера.
Оба произведения свободно используют новую научную методологию, в предложениях по структуре университета опираясь на названные выше работы Канта и Шеллинга. К этому в них добавляются и другие анализируемые проблемы, из которых главная - взаимосвязь университета, науки, с одной стороны, и государства, с другой. И Штеффене, и Шлейермахер не сомневаются в действенности государственной поддержки науки, что уже продемонстрировали модернизированные университеты, однако, подчеркивают необходимость предоставления ученым относительной свободы, выступают против вмешательства государства в сам научный процесс. Особенно четко эти мысли выражены у Штеффенса, который пишет, что задача государства заключается в том, чтобы организовывать, помогать развитию университетов, а затем - терпеть их свободу.
Шлейермахер первым в публицистике остановился на описании университетских свобод - свободы преподавания для профессоров и свободы обучения для студентов - как неотъемлемых составляющих немецкого университета. "Истинный дух университета состоит в том, чтобы внутри каждого факультета могла царить как можно большая свобода… Предписывать профессору, что он в установленное время из года в год должен повторять одно и то же, означает настраивать его против собственного же занятия, а также брать на себя вину в том, что его талант тем скорее увянет. Конечно, следует позаботиться о том, чтобы в течение такого промежутка времени, какой обычно проводят в университетах, все существенное из каждой области действительно бы читалось. Но если только присутствует надлежащий полный состав преподавателей в своих областях, то в этом не будет трудностей. Указание же каждому преподавать свой особенный предмет должно быть как можно менее формализованным и более гибким, так что два преподавателя без дальних толков могли бы обмениваться обязательствами, которые им были поручены. Итак, каждому будет сохранена свобода, и целое тем самым не пострадает, но выиграет".