Зафиксировав, таким образом, необходимость развития "свободного духа" среди профессоров, Шлейермахер те же начала усматривал и в студенческой организации университета. "Свобода студентов, которой они в сравнении с выпускающей их школой пользуются в университете, заключена преимущественно в отношении их умственной деятельности. В университете студенты не подчинены никакому принуждению, никто их не подгоняет, но и ничто от них не закрыто. Никто не приказывает им посещать ту или иную лекцию, никто не может им сделать упрек, если они это делают неаккуратно или совсем прекращают посещение. Над всеми их занятиями нет никакого иного контроля, кроме того, который они сами добровольно предоставляют своему преподавателю. Они знают, что от них будет потребовано, когда они покинут университет, и какие экзамены им предстоят, но с каким рвением они захотят готовиться к этой цели, и как его равномерно или неравномерно распределить, это остается полностью на их собственное усмотрение. Университет заботится лишь о том, чтобы им хватало вспомогательных средств для более глубокого усвоения учебы, однако насколько хорошо или плохо они ими пользуются, об этом (хоть такое и заметно) непосредственно все-таки никто не дает отчета".
По мнению Шлейермахера, такой организации учебы несправедливо бросать упрек в том, что она позволяет молодым людям "безответственно и без пользы для себя тратить лучшее время своей жизни". Напротив, писал он, она нужна потому, что "целью университета является не учеба сама по себе и ради самой себя, но познание, и здесь не только наполняется память и обогащается ум, но в юношах должна возбуждаться, если это только можно, совсем новая жизнь, высший, истинно научный дух. А это уж никак не удастся по принуждению; такую попытку можно предпринять только в атмосфере полной свободы духа". При этом возможность такого преображения учащегося юношества под действием науки Шлейермахер связывал именно с национальными особенностями немецкого характера. "Эта часть студенческой свободы зависит от нашего национального воззрения на достоинство науки, и нам было бы невозможно иначе обращаться с теми, кому мы предназначили стать обладателями этих знаний".
Немаловажно и то, что выдвигая свои программы, и Штеффене, и Шлейермахер в качестве "высшего научного учреждения", вмещающего в себя новые идеи, которые они отстаивали, представляли именно университет, несмотря на всю ту критику, которую его старая корпоративная модель выдержала в эпоху Просвещения. Вопреки распространявшемуся мнению, что университет есть "в корне гнилой" плод старого режима (которое и привело, как мы видели, к их полному закрытию во Франции), представители неогуманизма видели для университетов будущее - в возвращении к их исконному "немецкому смыслу", в превращении их в свободные "республики духа". Напротив, направление специализации высшей школы, предложенное Францией, по мнению Шлейермахера, в корне противоречило этому немецкому смыслу образования, и там, где на месте университетов возникли бы профессиональные училища, произошел бы отход назад в науке и "усыпление духа". Именно в русле этих мыслей лежали и основные направления реформ В. фон Гумбольдта: главный выбор им также был сделан в пользу "немецкого университета", хотя даже он употреблял это слово с осторожностью - например, в собственном проекте, представленном королю, Гумбольдт пользовался термином "учебное заведение", делая акцент таким образом не на корпоративной природе университета, а на его принадлежности к государственным институтам.
Обобщая сказанное об идейном пространстве, в котором зарождался Берлинский университет, следует еще раз подчеркнуть, что основание нового университета получало свое воплощение в присутствии целого поля новых мнений о роли науки и образования в обществе и государстве. Однако именно В. фон Гумбольдту как реформатору и ученому принадлежала главная заслуга - соединить философские рассуждения и концепции с конкретной работой по основанию университета, воплотить их в ясные принципы новой организации высшего образования.
Среди проектов Гумбольдта особое место занимает записка, озаглавленная "О внутренней и внешней организации высших научных учреждений в Берлине". Этот незаконченный текст, написанный между 1809 и 1810 гг., можно скорее назвать даже не запиской, а меморандумом (точное его назначение в планах Гумбольдта до сих пор не установлено), и тем не менее он без сомнения носит характер программного документа, где сконцентрировались все знаменитые формулы "гумбольдтовской модели". Редкий историк, пишущий о классическом университете, обошел этот текст вниманием, и, пожалуй, можно сказать, что это наиболее часто обсуждаемые строки во всей университетской истории.
Уже в первом предложении Гумбольдт выражает свое неогуманистическое понимание высшего научного учреждения (т. е. университета) как "вершины, к которой сходится все, что делается непосредственно ради нравственного усовершенствования нации". Общественная функция этого учреждения заключается в осуществлении перехода от школьной учебы к самостоятельной творческой деятельности, и поэтому единственной точкой зрения, с которой оно должно рассматриваться, является чистая наука, одно присутствие которой уже гарантирует университету, несмотря на возможные отклонения, правильное развитие.
Как же понимает Гумбольдт науку? Для него наука предстает не в виде какого-либо сформулированного набора истин, но является именно процессом. Четко противопоставив школу и университет, он подчеркивает, что школа "имеет дело с уже готовым и отделанным знанием", тогда как "характерной особенностью высшего научного заведения служит то, что оно всегда обращается с наукой как с еще не полностью разрешенной проблемой и поэтому всегда остается в поиске". Отсюда Гумбольдт выводит руководящую мысль внутренней организации университета - все в ней должно поддерживать принцип: "рассматривать науку как нечто, еще не вполне найденное, и как то, что никогда не может быть найдено до конца; но именно как таковую ее неустанно искать". Если же прекратить поиск или решить, что науку "больше не следует извлекать из глубин человеческого духа, но достаточно пополнять и упорядочивать как коллекцию", то для высшего образования будет все потеряно. Поэтому именно участие в научном поиске составляет главную суть обучения в "гумбольдтовском университете", а преподавание в нем неразрывно должно быть соединено с исследованием (Forschung und Lehre).
Условия для такой научной деятельности в высшем заведении, находящемся под покровительством государства, Гумбольдт определяет в еще одном принципе - "уединение и свобода" (Einsamkeit und Freiheit). Течение науки трактуется им как "непреднамеренное и непринужденное взаимодействие" людей, каждый из которых, побуждаемый собственным внутренним долгом ученого, одновременно ободряет и вдохновляет своей успешной деятельностью других. Государство поэтому должно взять на себя задачу сохранять и поддерживать в непрерывности этот процесс, стараясь сделать его как можно более активным и интенсивным. В то же время оно должно понимать, что само по себе не является причиной этого процесса, но зато способно стать препятствием его развития, если не предоставит ему достаточной свободы. Однако угроза свободе исходит не только от государства, но и изнутри университета, когда в нем начинает преобладать "один определенный дух, а ростки другого подавляться". Таким образом, непосредственная задача университетской политики государства, согласно Гумбольдту, - в подборе подходящих людей, чтобы обеспечить "мощь и разносторонность духовных сил", а затем свободу их деятельности.