В Барселоне царила чума и морской порт был закрыт. Монополию на перевозку паломников в Святую Землю имели только корабли трех больших итальянских приморских городов. Из-за эпидемии чумы сообщение с Иерусалимом было прервано на неопределенный срок. Пилигрим Иниго Лойола остановился в манреском госпитале святого Луки, желая жить среди нищих и больных. Он отказался спать в постели или на соломе, только на голой земле. Иниго опоясал себя железной цепью и трижды в день публично бичевал себя ею. Трижды в день он молился в церкви в течение семи часов, читая историю Страстей Господних, питался хлебом и водой, по воскресеньям съедал немного вареных овощей. Из смирения и чтобы не быть узнанным, пилигрим Иниго отрастил волосы, бороду, ногти, огрубел и перестал заботиться о чистоте тела. Под холщевой одеждой он носил жесткую власяницу, добавляя к железной цепи пояс из очень колючих трав. В состоянии почти постоянного нервного возбуждения он стал галлюцинировать наяву. Выдерживать все эти тяжелейшие испытания Иниго было очень тяжело. Он стал сомневаться, сможет ли он выдержать такой крест в течение всей своей жизни. Иниго повторил в Манресе трехдневную генеральную исповедь. Он боялся, что Бог его не примет. Ему казалось, что вся его жизнь – грех и ничего нельзя изменить. Несколько раз к нему приходили мысли о самоубийстве. Позднее современники отмечали, что подобную и очень похожую внутреннюю душевную борьбу пережил и первый реформатор Мартин Лютер, бывший старше Иниго Лойолы всего на семь лет. Для Лютера могучей основой его учения стало Священное Писание. Лойола не очень впечатлялся догмами. Он разбирался в своей душе, о злом и добром в ней. При внушениях от доброго духа душа испытывает радость и утешение, при внушениях от злого духа – утомление и муку. Лютер не принимал никаких внушений и видений, Лойола жил во внутреннем созерцании, расцвеченном неуемными фантазиями.
К концу лета 1523 года Лойола потерял душевное равновесие. Он перестал радоваться и не находил успокоения в молитве, и тут же приходил в восторг. Иниго обратился за советом к пророчице Беате Манресской и услышал в ответ: "О, если бы Христос явился тебе!" Эти слова потрясли Иниго, у которого вырвалось: "Господи, я ничего не хочу делать, что могло бы оскорбить Тебя!"
Иниго Лойола решил подвергнуть себя более суровому испытанию. В полукилометре от Манреса, на скалистом берегу впадающей в Средиземное море реки Льобрегат, он нашел пещеру, куда с трудом можно было взобраться ползком по непроходимой тропинке через колючий репейник. В пещере Иниго бичевал себя, бил в грудь камнем, не ел по несколько дней, потом съедал плесневелый хлеб и коренья, когда чувствовал приближение голодного обморока. Иниго попытался лишить себя сна, сильно ослаб и часто терял сознание. Лойола сделался существом не от мира сего, потеряв чувство времени и пространства. Видения окружали его, который то боролся со злыми духами, являвшимися искушать его, то приходил в полный восторг от вида небесных чудес и явлений, то потрясенный падал в обморок после бесед с Богом. В манреской пещере в голове Иниго Лойолы начали складываться "Духовные упражнения", изменившие первого духовного рыцаря и давшие начало истории ордена иезуитов. Многие современники впоследствии заявляли, что написать такую могучую книгу без непосредственного содействия Бога было невозможно. Впоследствии десять долгих месяцев в Манресе Игнатий Лойола разделил на период покоя, период сомнений и борьбы, и период великих озарений и полного преображения. "Что же это за новая жизнь начинается сейчас?" – говорил будущий святой.
Однажды случайно прохожие нашли его в глубоком обмороке у входа в пещеру. Полумертвого от истощения Лойолу принесли в манреский госпиталь, где хороший уход вернул ему здоровье. Позднее Игнатий говорил, что в борьбе со злым духом он сумел не впасть в один из страшных грехов – грех гордости. Будущий святой в Манресе понял, что может одерживать духовные победы и преодолевать великие искушения силой молитвы: "Помоги мне, Господи, помоги! От тебя одного жду успокоения моего духа. Я не откажусь от руководителя, посланного Тобой, даже если это будет собачка, присланная руководить мною и успокаивать мою взволнованную душу. Я бы ей повиновался как своему господину и следовал бы за ней, как за путеводителем". Позднее первый генерал Общества Иисуса вспоминал, что Бог обращался с ним как школьный учитель с учеником, обучая и наставляя его. Иниго понимал порядок мироздания, таинство Евхаристии, тайну Святой Троицы, получал откровения Священного Писания.
Недалеко от Манреса над рекой Кардонер стоял очень древний монастырь Сан-Пабло-и-Вальдаура, подчинявшийся цистерцианскому ордену. В начале осени 1522 года пилигрим Лойола вдоль реки шел поклониться древнему алтарю. Он ненадолго присел лицом к реке, протекавшей внизу. Глядя в глубину, Лойола вдруг почувствовал, что постигает тайны веры. Внутренними глазами "он видел и узнавал множество духовных вещей, понимал все то в науках, что могло относиться к вере". Великое озарение открывало ему тайны бытия, которых он понимал множество. Лойола получил великую ясность понимания природы вещей и тайн веры и длилось это очень долго. Он стал глубоким психологом, изучившим иллюзии души, страсти сердца, мучения совести. Он знал, как излечивать больные души, и какое давать им образование. Он понял, какие ему нужны соратники и ученики. То, о чем он думал, думал, думал, вдруг приобрело строгие очертания, превратилось в четкую систему. Иниго Лойола встал с камня на берегу реки Кардонер другим человеком. Он понял, что пойдет на смерть за эту веру, которую он не только исповедовал, но и воочию увидел. Видения раскрыли ему тайны католических догматов и заставили их пережить. Лойола теперь мог входить в состояние особого возбуждения чувства и особого просветления разума. От озарения на реке Кардонер у него осталось чудесное впечатление, как будто тогда он был другим, иным человеком, с другим, иным умом. Лойола называл это событие "уроком катехизиса, данным самим Богом". Озарения приходили к Игнатию Лойоле всегда, когда ему было нужно принять важное решение. Сам первый генерал ордена иезуитов никогда не сомневался в реальности этих озарений. Он чувствовал, как перед ним раскрывается Небо, а Господь, Троица, Мадонна виделись ему во всем своем величии, силе, полноте и милосердии. Иниго Лойола продолжил работу над "Духовными упражнениями". Воображение духовного рыцаря стало жить среди католических догматов, и всецело подчинялось его жизненной воле и контролю его изощренного ума. Иниго Лойола становился тем, кем хотел быть, творил и формировал свое "я" по определенному идеалу. Первый духовный рыцарь имел необычную единственную в своем роде силу воли, командовавшую всеми эмоциями и чувствами. Эта сила воли дисциплинированно повиновалась ему и претворяла в образы и переживания все то, что занимало душу Иниго. Исключительное влияние его личности на современников, последователей и учеников основывалось именно на его страшной власти над своим "я". Он стал анти – Лютером, потому что не стал Лютером. Неожиданный характер будущего святого формировался в среде воинственно-религиозного воодушевления испанского рыцарства, строгой католической набожности Испании, глубокой религиозной мистики. Иниго Лойола взял из окружающей атмосферы то, что отвечало его природе и создал свое "я", использовав характер и силу воли. Сильная личность всегда казалась современникам таинственной, своеобразной и необъяснимой. Духовный рыцарь уже не сомневался в том, что должен защищать истинную веру, католическую церковь и папу, как непосредственного представителя Бога на земле.
Иниго часто говорил в Манресе со своим духовником, который убеждал его в том, что прославиться можно обращением в истинную веру язычников, а не строгими лишениями и самоистязаниями: "Ценнее всего проповедь, проникающая в сердце, и каждый язычник, обращенный в христианство, может считаться ступенью великой лестницы, по которой можно достичь неба". Для проповедования на востоке, для обращения неверных нужны здоровье и силы. Иниго отказался от своего строгого поста, привел себя в порядок, переоделся в одежду пилигрима. Он не будет простым паломником. Он станет миссионером. В середине февраля 1523 года Лойола пришел в Барселону. В середине марта он высадился в Гаэте и пешком пошел в Рим. Лойола обошел все святые места Вечного города, а в великую Пятницу 5 апреля на площади у Собора Святого Петра он находился среди тысяч богомольцев, которых благословил папа Адриан VI. В середине апреля Иниго из Рима пешком пошел в Венецию. В Италии свирепствовала эпидемия чумы. Люди прятались друг от друга, города закрывали ворота от мнимых и настоящих чумных. Иниго голодал и ночевал на сырой земле. В середине мая он незамеченным и без документа о состоянии здоровья прошел в ворота города на воде. Два месяца Лойола прожил в Венеции, ночуя на площади святого Марка, у дворца Бьянко Каппело. Там он встретил богатого и знатного испанца, герцога Андреа Гритти. Земляк помог ему, и после аудиенции у венецианского дожа Лойола получил бесплатное место на правительственной галере, в середине июля вышедшей из городской гавани на Кипр. На протяжении всего долгого пути он говорил, что непосредственно беседует с Господом, Иисусом Христом и Девой Марией. Иниго даже стал обличать экипаж корабля в неправедной жизни и только чудом не был высажен командой на необитаемый остров. В середине августа он благополучно сошел на кипрский берег. На корабле с паломниками Иниго в конце августа доплыл до Яффы. С караваном богомольцев 4 сентября первый духовный рыцарь вошел в Иерусалим. Иниго Лойола не раз посетил все места в святом городе, связанные с земной жизнью Спасителя. С 5 по 23 сентября пилигрим причащался у Гроба Господня, проходил Крестным путем, посетил Вифанию, Елеонскую гору, Вифлеем, Иордан, Гору Искушений, несколько дней оставался у потока Кедрон.